| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1136225 | 195 (0.960) | 12 (0.070) | 9/142 | NT | 6.2% | intergenic (+81/+73) | rpmF/isdB | 50S ribosomal protein L32/Iron‑regulated surface determinant protein B |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1136249 | 192 (1.060) | intergenic (+105/+49) | rpmF/isdB | 50S ribosomal protein L32/Iron‑regulated surface determinant protein B | |||||
GAAGTAGCAGCTAAATAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1136127‑1136225‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taattggcgGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCAATTATTTTTCGCAATATAAAAAGTCCCACTTAAAACAATCATTTTAAGCGGGACTTTTTA < USA300TCH1516_ALE/1136249‑1136161 GAAGTAGCAGCTAAATAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAAT > 1:2807548/1‑91 AAGTAGCAGCTAAATAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATA < 1:122665/91‑1 AAGTAGCAGCTAAATAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATA < 1:123554/91‑1 AAGTAGCAGCTAAATAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATA > 1:1752478/1‑91 AGTAGCAGCTAAATAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAA > 2:1827625/1‑91 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GCAGCTAAATAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGG < 1:2436250/91‑1 GCAGCTAAATAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGG < 2:1163360/91‑1 GCAGCTAAATAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGG > 1:1237281/1‑91 GCAGCTAAATAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGG > 2:614019/1‑91 GCAGCTAAATAATGTTAGTTACTCAATATAAAAGGTCCCGCTTAAAATGATTGTTGTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGG < 1:1305550/91‑1 CAGCTAAATAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGC < 2:2164656/91‑1 AGCTAAATAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCG > 1:2231345/1‑91 TACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTATCCAGTTA < 1:1351238/91‑1 ACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAATGAGGTATCCAGTTAC < 1:2308824/91‑1 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ATTGGCGGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCAATTATTTTTCGCAATATAAAAAGTCCCACTTAAAACAATCATTTTAAGCGGGACT < 1:1229937/91‑1 ATTGGCGGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCAATTATTTTTCGCAATATAAAAAGTCCCACTTAAAACAATCATTTTAAGCGGGACT < 2:3118645/91‑1 ATTGGCGGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCAATTATTTTTCGCAATATAAAAAGTCCCACTTAAAACAATCATTTTAAGCGGGACT < 2:2614164/91‑1 ATTGGCGGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCAATTATTTTTCGCAATATAAAAAGTCCCACTTAAAACAATCATTTTAAGCGGGACT < 2:2355866/91‑1 ATTGGCGGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCAATTATTTTTCGCAATATAAAAAGTCCCACTTAAAACAATCATTTTAAGCGGGACT > 2:696968/1‑91 ATTGGCGGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCAATTATTTTTCGCAATATAAAAAGTCCCACTTAAAACAATCATTTTAAGCGGGACT < 1:2994336/91‑1 TTGGCGGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCAATTATTTTTCGCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTT < 1:1677936/91‑1 TTGGCGGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCAATTATTTTTCGCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTT < 1:2717579/91‑1 TTGGCGGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCAATTATTTTTCGCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTT < 1:3916699/91‑1 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GAAGTAGCAGCTAAATAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1136127‑1136225‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taattggcgGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCAATTATTTTTCGCAATATAAAAAGTCCCACTTAAAACAATCATTTTAAGCGGGACTTTTTA < USA300TCH1516_ALE/1136249‑1136161 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |