| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1144506 = | 212 (1.040) | 24 (0.130) | 10/142 | NT | 11.5% | intergenic (+57/‑327) | isdG/USA300HOU_RS05685 | Heme oxygenase (staphylobilin‑producing) 1/Putative TrmH family tRNA/rRNA methyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1144538 = | 182 (1.010) | intergenic (+89/‑295) | isdG/USA300HOU_RS05685 | Heme oxygenase (staphylobilin‑producing) 1/Putative TrmH family tRNA/rRNA methyltransferase | |||||
TCAAAGCACATTCAAATCAAACTATGTTTTAGCAATTTGTTGTTAGCATGTTTGTGTTCATTAAAAAAACGACCATCATCGGTATCATGTATGGTCGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1144604‑1144506‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atggtcgttTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGTTTGATTTGAATGTGCTTTGAAAATAATCATCAATTATATCATT > USA300TCH1516_ALE/1144538‑1144627 TCAAAGCACATTCAAATCAAACTATGTTTTAGCAATTTGTTGTTAGCATGTTTGTGTTCATTAAAAAAACGACCATCATCGGTATCATGTA < 1:2368823/91‑1TCAAAGCACATTCAAATCAAACTATGTTTTAGCAATTTGTTGTTAGCATGTTTGTGTTCATTAAAAAAACGACCATCATCGGTATCATGTA < 1:2368706/91‑1 CAAAGCACATTCAAATCAAACTATGTTTTAGCAATTTGTTGTTAGCATGTTTGTGTTCATTAAAAAAACGACCATCATCGGTATCATGTAT > 1:3811460/1‑91 CAAAGCACATTCAAATCAAACTATGTTTTAGCAATTTGTTGTTAGCATGTTTGTGTTCATTAAAAAAACGACCATCATCGGTATCATGTAT < 1:2045662/91‑1 CAAAGCACATTCAAATCAAACTATGTTTTAGCAATTTGTTGTTAGCATGTTTGTGTTCATTAAAAAAACGACCATCATCGGTATCATGTAT < 1:2045650/91‑1 CAAAGCACATTCAAATCAAACTATGTTTTAGCAATTTGTTGTTAGCATGTTTGTGTTCATTAAAAAAACGACCATCATCGGTATCATGTAT > 1:1617653/1‑91 CAAAGCACATTCAAATCAAACTATGTTTTAGCAATTTGTTGTTAGCATGTTTGTGTTCATTAAAAAAACGACCATCATCGGTATCATGTAT > 1:3594987/1‑91 AAAGCACATTCAAATCAAACTATGTTTTAGCAATTTGTTGTTAGCATGTTTGTGTTCATTAAAAAAACGACCATCATCGGTATCATGTATG < 1:1608914/91‑1 AAAGCACATTCAAATCAAACTATGTTTTAGCAATTTGTTGTTAGCATGTTTGTGTTCATTAAAAAAACGACCATCATCGGTATCATGTATG > 2:3237500/1‑91 AAAGCACATTCAAATCAAACTATGTTTTAGCAATTTGTTGTTAGCATGTTTGTGTTCATTAAAAAAACGACCATCATCGGTATCATGTATG > 1:3444218/1‑91 AAAGCACATTCAAATCAAACTATGTTTTAGCAATTTGTTGTTAGCATGTTTGTGTTCATTAAAAAAACGACCATCATCGGTATCATGTATG > 1:3444176/1‑91 atggACATTCAAATCATACTATGTTTTAGCAATTTGTTGTTAGCATGTTTGTGTTCATTAAAAAAACGACCATAATCGGTATCATGTATGG < 2:1819044/87‑1 AGCACATTCAAATCAAACTATGTTTTAGCAATTTGTTGTTAGCATGTTTGTGTTCATTAAAAAAACGACCATCATCGGTATCATGTATGGT > 2:1913620/1‑91 AGCACATTCAAATCAAACTATGTTTTAGCAATTTGTTGTTAGCATGTTTGTGTTCATTAAAAAAACGACCATCATCGGTATCATGTATGGT > 2:3861339/1‑91 AGCACATTCAAATCAAACTATGTTTTAGCAATTTGTTGTTAGCATGTTTGTGTTCATTAAAAAAACGACCATCATCGGTATCATGTATGGT > 2:1914427/1‑91 GCACATTCAAATCAAACTATGTTTTAGCAATTTGTTGTTAGCATGTTTGTGTTCATTAAAAAAACGACCATCATCGGTATCATGTATGGTC < 2:1321147/91‑1 CACATTCAAATCAAACTATGTTTTAGCAATTTGTTGTTAGCATGTTTGTGTTCATTAAAAAAACGACCATCATCGGTATCATGTATGGTCG > 2:832085/1‑91 CACATTCAAATCAAACTATGTTTTAGCAATTTGTTGTTAGCATGTTTGTGTTCATTAAAAAAACGACCATCATCGGTATCATGTATGGTCG > 1:2914331/1‑91 CACATTCAAATCAAACTATGTTTTAGCAATTTGTTGTTAGCATGTTTGTGTTCATTAAAAAAACGACCATCATCGGTATCATGTATGGTCG < 1:2170196/91‑1 CACATTCAAATCAAACTATGTTTTAGCAATTTGTTGTTAGCATGTTTGTGTTCATTAAAAAAACGACCATCATCGGTATCATGTATGGTCG < 1:2169918/91‑1 CACATTCAAATCAAACTATGTTTTAGCAATTTGTTGTTAGCATGTTTGTGTTCATTAAAAAAACGACCATCATCGGTATCATGTATGGTCG < 1:1545864/91‑1 ACATTCAAATCAAACTATGTTTTAGCAATTTGTTGTTAGCATGTTTGTGTTCATTAAAAAAACGACCATCATCGGTATCATGTATGGTCGT > 1:2793458/1‑91 ACATTCAAATCAAACTATGTTTTAGCAATTTGTTGTTAGCATGTTTGTGTTCATTAAAAAAACGACCATCATCGGTATCATGTATGGTCGT < 1:835703/91‑1 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ATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGTTTGATTTGAATGTGCTTTGAAAATAATCATCAATT < 1:2415253/91‑1 TGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGTTTGATTTGAATGTGCTTTGAAAATAATCATCAATTA > 2:1833789/1‑91 TGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGTTTGATTTGAATGTGCTTTGAAAATAATCATCAATTA < 2:1781719/91‑1 GGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGTTTGATTTGAATGTGCTTTGAAAATAATCATCAATTAT > 2:766743/1‑91 GTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGTTTGATTTGAATGTGCTTTGAAAATAATCATCAATTATA > 1:2437478/1‑91 TCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGTTTGATTTGAATGTGCTTTGAAAATAATCATCAATTATAT > 2:3108690/1‑91 TCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGTTTGATTTGAATGTGCTTTGAAAATAATCATCAATTATAT > 2:3937777/1‑91 TCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGTTTGATTTGAATGTGCTTTGAAAATAATCATCAATTATAT > 2:3937718/1‑91 TCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGTTTGATTTGAATGTGCTTTGAAAATAATCATCAATTATAT > 1:2226688/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |