| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1144506 = | 212 (1.040) | 24 (0.130) | 10/142 | NT | 11.5% | intergenic (+57/‑327) | isdG/USA300HOU_RS05685 | Heme oxygenase (staphylobilin‑producing) 1/Putative TrmH family tRNA/rRNA methyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1144538 = | 182 (1.010) | intergenic (+89/‑295) | isdG/USA300HOU_RS05685 | Heme oxygenase (staphylobilin‑producing) 1/Putative TrmH family tRNA/rRNA methyltransferase | |||||
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
ACATATGATATAGGCTATAGTTACATGAAATAATTGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGTTTGATTTGAATG > USA300TCH1516_ALE/1144417‑1144596 | atgatataattgatgattattttcaaagcacattcaaatcaaactatgttttagcaatttgttgttagcatgtttgtgttcattaaaaaaa > 2:1996789‑M1/90‑91 (MQ=255)aCATATGATATAGGCTATAGTTACATGAAATAATTGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTaa < 2:1460086/91‑1 (MQ=255) tgatataattgatgattattttcaaagcacattcaaatcaaactatgttttagcaatttgttgttagcatgtttgtgttcattaaaaaAAc < 2:3448175‑M1/3‑1 (MQ=255) gatataattgatgattattttcaaagcacattcaaatcaaactatgttttagcaatttgttgttagcatgtttgtgttcattaaaaaAACg > 1:1047048‑M1/88‑91 (MQ=255) atatGATATAGGCTATAGTTACATGAAATAATTGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACg > 1:604159/1‑91 (MQ=255) atatGATATAGGCTATAGTTACATGAAATAATTGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACg < 2:2387069/91‑1 (MQ=255) atatGATATAGGCTATAGTTACATGAAATAATTGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACg > 2:2978829/1‑91 (MQ=255) atatGATATAGGCTATAGTTACATGAAATAATTGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACg > 1:674189/1‑91 (MQ=255) atataattgatgattattttcaaagcacattcaaatcaaactatgttttagcaatttgttgttagcatgtttgtgttcattaaaaaAACGa > 1:2221858‑M1/87‑91 (MQ=255) atataattgatgattattttcaaagcacattcaaatcaaactatgttttagcaatttgttgttagcatgtttgtgttcattaaaaaAACGa > 1:2226688‑M1/87‑91 (MQ=255) tataattgatgattattttcaaagcacattcaaatcaaactatgttttagcaatttgttgttagcatgtttgtgttcattaaaaaAACGAc > 1:2437478‑M1/86‑91 (MQ=255) ataattgatgattattttcaaagcacattcaaatcaaactatgttttagcaatttgttgttagcatgtttgtgttcattaaaaaAACGAcc > 2:766743‑M1/85‑91 (MQ=255) taattgatgattattttcaaagcacattcaaatcaaactatgttttagcaatttgttgttagcatgtttgtgttcattaaaaaAACGACCa < 2:1781719‑M1/8‑1 (MQ=255) aattgatgattattttcaaagcacattcaaatcaaactatgttttagcaatttgttgttagcatgtttgtgttcattaaaaaAACGACCAt < 2:792861‑M1/9‑1 (MQ=255) aGGCTATAGTTACATGAAATAATTGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACAt < 1:2275345/91‑1 (MQ=255) ggCTATAGTTACATGAAATAATTGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATg < 1:637803/91‑1 (MQ=255) cTATAGTTACATGAAATAATTGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGAt < 2:3102733/91‑1 (MQ=255) ataGTTACATGAAATAATTGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATAc > 1:3548323/1‑91 (MQ=255) aGTTACATGAAATAATTGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATTATACCg < 1:3075149/91‑1 (MQ=255) aGTTACATGAAATAATTGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCg < 2:3852277/91‑1 (MQ=255) aGTTACATGAAATAATTGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCg < 2:374955/91‑1 (MQ=255) aGTTACATGAAATAATTGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCg > 2:205796/1‑91 (MQ=255) gTTACATGAAATAATTGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCga > 2:580766/1‑91 (MQ=255) gTTACATGAAATAATTGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCga < 1:548159/91‑1 (MQ=255) gTTACATGAAATAATTGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCga > 2:3128884/1‑91 (MQ=255) tttcaaagcacattcaaagcaaacgatgttttagcaatttgttgttagcatgtttgtgttcattaaaaaGACGACCATCCATGATACCgat > 2:721542‑M1/70‑91 (MQ=255) ttACATGAAATGAGTGAAGTTAAAGAGGTGGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCgat < 2:2501235/91‑1 (MQ=255) ttACATGAAATAATTGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATAACgat > 2:2847852/1‑91 (MQ=255) tcaaagcacattcaaatcaaactatgttttagcaatttgttgttagcatgtttgtgttcattaaaaaAACGACCATACATGATACCgatga > 1:900267‑M1/68‑91 (MQ=255) cATGAAATAATTGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCgatgat > 2:3949107/1‑91 (MQ=255) cATGAAATAATTGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCgatgat > 1:1419649/1‑91 (MQ=255) aaagcacattcaaatcaaactatgttttagcaatttgttgttagcatgtttgtgttcattaaaaaAACGACCATACATGATACCGatgatg > 1:1365686‑M1/66‑91 (MQ=255) aTGAAATAATTGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGatgatg < 1:3854062/91‑1 (MQ=255) tGAAATAATTGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATgg < 2:1416944/91‑1 (MQ=255) tGAAATAATTGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATgg < 1:920232/91‑1 (MQ=255) tGAAATAATTGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATgg < 1:919917/91‑1 (MQ=255) aagcacattcaaatcaaactatgttttagcaatttgttgttagcatgtttgtgttcattaaaaaAACGACCATACATGATACCGATGATgg > 1:2038512‑M1/65‑91 (MQ=255) gAAATAATTGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGt < 1:108632/91‑1 (MQ=255) cacattcaaatcaaactatgttttagcaatttgttgttagcatgtttgtgttcattaaaaaAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCg > 1:3132716‑M1/62‑91 (MQ=255) cacattcaaatcaaactatgttttagcaatttgttgttagcatgtttgtgttcattaaaaaAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCg > 2:391392‑M1/62‑91 (MQ=255) aataatTGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCg < 1:1344910/91‑1 (MQ=255) ataatTGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGt > 2:2208072/1‑91 (MQ=255) ataatTGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGt > 1:2176165/1‑91 (MQ=255) ataatTGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGt < 1:852277/91‑1 (MQ=255) acattcaaatcaatctatgttttagcaatttgttgttagcatgtttgtgttcattaaaaaAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGt > 1:3354956‑M1/61‑91 (MQ=255) acattcaaatcaaactatgttttagcaatttgttgttagcatgtttgtgttcattaaaaaAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGt > 1:2577439‑M1/61‑91 (MQ=255) taatTGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGtt < 2:965321/91‑1 (MQ=255) taatTGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGtt > 1:2121523/1‑91 (MQ=255) attcaaatcaaactatgttttagcaatttgttgttagcatgtttgtgttcattaaaaaAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGttt > 1:2314585‑M1/59‑91 (MQ=255) atTGAATTTAAAGGGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGtttt > 2:1485594/1‑91 (MQ=255) atTGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACCCGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGtttt < 2:3423299/91‑1 (MQ=255) ttGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGttttt < 1:2490629/91‑1 (MQ=255) ttGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGttttt > 2:1816442/1‑91 (MQ=255) tGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGtttttt < 2:2266046/91‑1 (MQ=255) gAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGttttttt > 1:1615088/1‑91 (MQ=255) aaTTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTa > 2:2917740/1‑91 (MQ=255) aTTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTaa > 2:873747/1‑91 (MQ=255) aTTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTaa > 2:1677003/1‑91 (MQ=255) tttAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAAt < 1:3250203/91‑1 (MQ=255) tttAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGATTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAAt > 2:2640475/1‑91 (MQ=255) aaaGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGaa > 1:3598016/1‑91 (MQ=255) aaGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAac < 1:721176/91‑1 (MQ=255) aaGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAac > 1:1937999/1‑91 (MQ=255) agagGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAaca < 2:1087000/91‑1 (MQ=255) agagGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAaca < 2:2625146/91‑1 (MQ=255) agagGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCATTTTTTTAATGAaca < 1:1462908/91‑1 (MQ=255) gagGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAacac > 2:825583/1‑91 (MQ=255) gTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACaaa > 2:2567554/1‑91 (MQ=255) gTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACaaa < 1:515990/91‑1 (MQ=255) ttGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAAc > 2:1890715/1‑91 (MQ=255) aGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGc < 2:1621309/91‑1 (MQ=255) gTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCt < 1:252662/91‑1 (MQ=255) cTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATCAACACAAACATGCTaac > 1:3383714/1‑91 (MQ=255) ttGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTaaca < 2:3307338/91‑1 (MQ=255) tATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAAcaacaa > 2:485903/1‑91 (MQ=255) aTGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACaaa < 1:3497435/91‑1 (MQ=255) cAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGc > 1:3258949/1‑91 (MQ=255) aaTTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCt < 2:436768/91‑1 (MQ=255) aTTGGTATTGTTAGCTTTTGTAAGGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAGTGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTa < 2:3022885/91‑1 (MQ=255) ttGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTaa > 1:1309639/1‑91 (MQ=255) tGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATCGCTaaa > 1:2944135/1‑91 (MQ=255) ggTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTaaaa < 2:261298/91‑1 (MQ=255) ggTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTaaaa > 2:3594903/1‑91 (MQ=255) gTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTTTTTTTTATAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAAc > 2:683384/1‑91 (MQ=255) tATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACa < 2:1408124/91‑1 (MQ=255) tATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACa < 2:1205043/91‑1 (MQ=255) aTTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACAt < 2:709784/91‑1 (MQ=255) ttGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTTTTTAACATAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATa > 2:5379/1‑91 (MQ=255) ttGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTATTGATCACAAACATGCTAACAACAAATTGCTCAAACATa > 2:3509002/1‑91 (MQ=255) ttGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATa < 1:1782573/91‑1 (MQ=255) ttGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATa < 1:115969/91‑1 (MQ=255) ttGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATa < 1:2172663/91‑1 (MQ=255) ttGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATa > 1:99095/1‑91 (MQ=255) tAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTGTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGttt < 2:3492343/91‑1 (MQ=255) gCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGtttga > 1:3304616/1‑91 (MQ=255) ttGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACCAATTGCTAAAACATAGtttgatttg > 2:214307/1‑91 (MQ=255) tGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGtttgatttga < 2:1092542/91‑1 (MQ=255) gTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAACTTGCTAAAACTTAGTTTGCTTTGaa > 1:282102/1‑91 (MQ=255) gTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGTTTGATTTGaa > 1:3929348/1‑91 (MQ=255) tAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGTTTGATTTGAAt > 1:532508/1‑91 (MQ=255) | ACATATGATATAGGCTATAGTTACATGAAATAATTGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGTTTGATTTGAATG > USA300TCH1516_ALE/1144417‑1144596 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |