| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1144506 = | 212 (1.040) | 24 (0.130) | 10/142 | NT | 11.5% | intergenic (+57/‑327) | isdG/USA300HOU_RS05685 | Heme oxygenase (staphylobilin‑producing) 1/Putative TrmH family tRNA/rRNA methyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1144538 = | 182 (1.010) | intergenic (+89/‑295) | isdG/USA300HOU_RS05685 | Heme oxygenase (staphylobilin‑producing) 1/Putative TrmH family tRNA/rRNA methyltransferase | |||||
Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
AATTGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGTTTGATTTGAATGTGCTTTGAAAATAATCATCAATTATATCATTT > USA300TCH1516_ALE/1144448‑1144628 | attcaaatcaaactatgttttagcaatttgttgttagcatgtttgtgttcattaaaaaAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGttt > 2:2449060‑M1/59‑91 (MQ=255)aatTGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGttt > 1:3292603/1‑91 (MQ=255) ttcaaatcaaactatgttttagcaatttgttgttagcatgtttgtgttcattaaaaaAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGtttt > 1:525744‑M1/58‑91 (MQ=255) atTGAATTTAAAGGGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGtttt > 2:1485594/1‑91 (MQ=255) tGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGACGGTCGtttttt > 1:3590460/1‑91 (MQ=255) tGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACACGATACCGATGATGGTCGtttttt > 2:254005/1‑91 (MQ=255) gAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGttttttt > 1:1369935/1‑91 (MQ=255) aTTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGttttttttt > 2:2900301/1‑89 (MQ=255) tttAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGATTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAAt > 2:2640475/1‑91 (MQ=255) aaaGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGaa > 2:3052088/1‑91 (MQ=255) aaGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAac > 1:1322499/1‑91 (MQ=255) ggagGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTGGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAaca < 2:3559455/90‑1 (MQ=255) agagGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAaca < 2:1087126/91‑1 (MQ=255) agagGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAaca < 1:2550442/91‑1 (MQ=255) agagGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAaca < 2:2625146/91‑1 (MQ=255) agagGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCATTTTTTTAATGAaca < 1:1462908/91‑1 (MQ=255) gagGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAacac > 2:2171785/1‑91 (MQ=255) gagGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAacac > 2:825583/1‑91 (MQ=255) agGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAAcaca < 2:692064/91‑1 (MQ=255) ggTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACaa < 2:759696/91‑1 (MQ=255) gTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACaaa > 2:2567554/1‑91 (MQ=255) gTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACaaa > 1:1857326/1‑91 (MQ=255) gTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACaaa > 1:2454686/1‑91 (MQ=255) gTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACaaa > 1:2892983/1‑91 (MQ=255) ttGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAAc < 1:1692773/91‑1 (MQ=255) tGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACa < 1:734868/91‑1 (MQ=255) aGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGc < 2:1621309/91‑1 (MQ=255) gTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCt < 1:252662/91‑1 (MQ=255) tACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTa < 2:3894751/91‑1 (MQ=255) aCTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTaa > 1:670808/1‑91 (MQ=255) cTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGCTACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACGCAAACATGCTaac > 1:3955767/1‑91 (MQ=255) cTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTaac < 1:1355681/91‑1 (MQ=255) cTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTaac > 1:1168894/1‑91 (MQ=255) ttGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTaaca < 2:873623/91‑1 (MQ=255) ttATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAacaaca > 2:1410066/1‑91 (MQ=255) tATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAAcaacaa > 2:485903/1‑91 (MQ=255) tGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAAt < 2:627174/91‑1 (MQ=255) cAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGc > 1:3258523/1‑91 (MQ=255) aaTTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCt < 2:436768/91‑1 (MQ=255) aTTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTa > 1:2296134/1‑91 (MQ=255) aTTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTa < 2:2939539/91‑1 (MQ=255) aTTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTa < 2:1785229/91‑1 (MQ=255) tGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATCGCTaaa > 1:2944135/1‑91 (MQ=255) ggTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGCTACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACGAACATGCTAACAACAAATTGCTaaaa < 2:261239/91‑1 (MQ=255) gTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAAc > 2:2996546/1‑91 (MQ=255) tATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATCCTAACAACAAATTGCTAAAACa > 2:3183172/1‑91 (MQ=255) ttGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTTTTTAACATAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATa > 2:5379/1‑91 (MQ=255) ttGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATa > 1:99095/1‑91 (MQ=255) ttGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATa < 1:2172732/91‑1 (MQ=255) ttGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATa < 1:2172663/91‑1 (MQ=255) gTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGt < 2:3311728/91‑1 (MQ=255) gTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGt < 1:535741/91‑1 (MQ=255) gTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGt > 1:2151712/1‑91 (MQ=255) ttAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGtt < 1:1090037/91‑1 (MQ=255) tAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTGTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGttt < 2:3492343/91‑1 (MQ=255) gCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGtttga > 1:3304660/1‑91 (MQ=255) ttttGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGtttgatt > 2:2040283/1‑91 (MQ=255) ttGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGtttgatttg < 1:631843/91‑1 (MQ=255) gTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGTTTGATTTGaa > 1:389488/1‑91 (MQ=255) gTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGTTTGATTTGaa < 2:3686048/91‑1 (MQ=255) gTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGTTTGATTTGaa > 1:1988462/1‑91 (MQ=255) tAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTCTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGTTTGATTTGAAt < 1:3502709/91‑1 (MQ=255) acgaccatcatcggtatcatgtatggtcgttTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGTTTGATTTGAAtgt > 2:1120781‑M2/32‑91 (MQ=255) acgaccatcatcggtatcatgtatggtcgttTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGATTGATTTGAAtgt > 1:3354956‑M2/32‑91 (MQ=255) cgaccatcatcggtatcatgtatggtcgttTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGTTTGATTTGAAtgtg > 1:3132716‑M2/31‑91 (MQ=255) cgaccatcatcggtatcatgtatggtcgttTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGTTTGATTTGAAtgtg > 1:3810799‑M2/31‑91 (MQ=255) CGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGTTTGATTTGAAtgtg < 1:1545864‑M1/91‑1 (MQ=255) ACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGTTTGATTTGAATGTGCt > 2:1914427‑M1/1‑91 (MQ=255) ccatcatcggtatcatgtatggtcgttTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGTTTGATTTGAATGTGCtt > 2:1314875‑M2/28‑91 (MQ=255) CCATACATGATACCGATTATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGTATGATTtgaatgtccat < 2:1819044‑M1/91‑5 (MQ=255) catcatcggtatcatgtatggtcgttTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGTTTGATTTGAATGTGCttt > 2:3575404‑M2/27‑91 (MQ=255) CATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGTTTGATTTGAATGTGCttt > 1:3444176‑M1/1‑91 (MQ=255) CATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGTTTGATTTGAATGTGCttt < 1:1608914‑M1/91‑1 (MQ=255) ATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGTTTGATTTGAATGTGCTTTg < 1:2045650‑M1/91‑1 (MQ=255) ATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGTTTGATTTGAATGTGCTTTg > 1:1617653‑M1/1‑91 (MQ=255) tcatcggtatcatgtatggtcgttTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGTTTGATTTGAATGTGCTTTGa > 1:900267‑M2/25‑91 (MQ=255) aCATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGTTTGATTTGAATGTGCTTTGaa > 1:908260/1‑91 (MQ=255) cATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACTAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGTTTGATTTGAATGTGCTTTGaaa < 2:213308/91‑1 (MQ=255) 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tcgttTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGTTTGATTTGAATGTGCTTTGAAAATAATCATCAATTatat > 2:3937718‑M2/6‑91 (MQ=255) tcgttTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGTTTGATTTGAATGTGCTTTGAAAATAATCATCAATTatat > 1:2221858‑M2/6‑91 (MQ=255) cgttTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGTTTGATTTGAATGTGCTTTGAAAATAATCATCAATTATATc < 1:279371‑M2/87‑1 (MQ=255) cgttTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGTTTGATTTGAATGTGCTTTGAAAATAATCATCAATTATATc > 1:1047048‑M2/5‑91 (MQ=255) gttTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGTTTGATTTGAATGTGCTTTGAAAATAATCATCAATTATATCa < 2:3448175‑M2/88‑1 (MQ=255) tttttAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGTTTGATTTGAATGTGCTTTGAAAATAATCATCAATTATATCAttt < 1:2593466/91‑1 (MQ=255) | AATTGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAACATAGTTTGATTTGAATGTGCTTTGAAAATAATCATCAATTATATCATTT > USA300TCH1516_ALE/1144448‑1144628 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |