| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1183547 = | 215 (1.060) | 16 (0.090) | 6/140 | NT | 8.0% | intergenic (+58/+51) | yfnB/USA300HOU_RS05910 | Putative HAD‑hydrolase YfnB/putative N‑acetyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1183585 = | 181 (1.020) | intergenic (+96/+13) | yfnB/USA300HOU_RS05910 | Putative HAD‑hydrolase YfnB/putative N‑acetyltransferase | |||||
Only 100 of 335 total aligned reads displayed.
TCATGGAAACAACTAAATGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCTTATGGTTTCCACAATAAGACATCATGTCCCTCTATATTT > USA300TCH1516_ALE/1183457‑1183637 | tCATGGAAACAACTAAATGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAG < 2:1654011‑M1/91‑1 (MQ=255) cATGGAAGCAACTAAATGATATTGTACGTTAAGAGAAATAATTTGAAGATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGA < 2:1697290‑M1/91‑1 (MQ=255) tGGAAACAACTAAATGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACA > 2:202031‑M1/1‑91 (MQ=255) tGGAAACAACTAAATGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACA > 2:1096672‑M1/1‑91 (MQ=255) tttacatcatggatttacagatgtggaagctaaaaatatagagggacatgatgtcttattgtggaaaccataagataataatattcGacac < 1:3086135‑M1/5‑1 (MQ=255) ttacatcatggatttacagatgtggaagctaaaaatatagagggacatgatgtcttattgtggaaaccataagataataatattcGACACt > 2:1746675‑M1/86‑91 (MQ=255) tacatcatggatttacagatgtggaagctaaaaatatagagggacatgatgtcttattgtggaaaccataagataataatattcGACACTa > 2:2611532‑M1/85‑91 (MQ=255) tacatcatggatttacagatgtggaagctaaaaatatagagggacatgatgtcttattgtggaaaccataagataataatattcGACACTa < 1:908178‑M1/7‑1 (MQ=255) aaaCAACTAAATGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTA < 2:664359‑M1/91‑1 (MQ=255) aacaacTAAATGATATTGTACGTTAAGACAATTAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTAC > 2:3024678‑M1/1‑91 (MQ=255) catcatggatttacagatgtggaagctaaaaatatagagggacatgatgtcttattgtggaaaccataagataataatattcGACACTACg < 2:808482‑M1/9‑1 (MQ=255) aacTAAATGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGaa > 1:1037179/1‑91 (MQ=255) aacTAAATGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGaa < 1:1671577/91‑1 (MQ=255) acTAAATGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGaaa > 1:263468/1‑91 (MQ=255) 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gATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAGAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCa < 2:1303710/91‑1 (MQ=255) gATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCa < 2:781152/91‑1 (MQ=255) tatTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCAtt < 1:3736261/91‑1 (MQ=255) tatTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTATAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCAtt < 2:3645894/91‑1 (MQ=255) ttGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCAtttt > 2:2669058/1‑91 (MQ=255) ttGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCAtttt < 1:402847/91‑1 (MQ=255) gTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCa > 2:580090/1‑91 (MQ=255) gTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCa > 2:2084889/1‑91 (MQ=255) tACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCAt < 2:3149334/91‑1 (MQ=255) tACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCAt > 2:2926010/1‑91 (MQ=255) aCGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAAGTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATg > 2:3570133/1‑91 (MQ=255) tggaagctaaaaatatagagggacatgatgtcttattgtggaaaccataagataataatattcGACACTACGAAAAGATGCATGTTCATGc > 2:506250‑M1/64‑91 (MQ=255) cGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGc < 1:3307752/91‑1 (MQ=255) ggaagctaaaaatatagagggacatgatgtcttattgtggaaaccataagataataatattcGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCt > 2:268560‑M1/63‑91 (MQ=255) gTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGCgcatgaaaatgcatctttt < 2:3744382‑M1/91‑20 (MQ=255) gTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCt > 1:58570‑M2/1‑90 (MQ=255) gaagctaaaaatatagagggacatgatgtcttattgtggaaaccataagataataatattcGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTc > 1:3218396‑M1/62‑91 (MQ=255) tAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAgcatgaaaatgcatcttttcg < 2:1848366‑M1/91‑22 (MQ=255) aaGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCtcgt > 1:1126738‑M2/1‑87 (MQ=255) aaGACAAATAACTTGAAAATGACATACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAACTGTAAAAAATACACTACGAgcatgaaaatgcatcttttcgt < 2:3009570‑M1/91‑23 (MQ=255) aGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCtcgta < 1:734437‑M2/91‑6 (MQ=255) gACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAgcatgaaaatgcatcttttcgtag < 2:1989975‑M1/91‑25 (MQ=255) gACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCtcgtag > 1:2486079‑M2/1‑85 (MQ=255) aCAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAgcatgaaaatgcatcttttcgtagt < 2:2550025‑M1/91‑26 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |