| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1245227 = | 205 (1.010) | 14 (0.080) | 9/146 | NT | 7.3% | intergenic (+32/‑211) | fabG/acpP | 3‑oxoacyl‑[acyl‑carrier‑protein] reductase FabG/Acyl carrier protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1245269 = | 169 (0.910) | intergenic (+74/‑169) | fabG/acpP | 3‑oxoacyl‑[acyl‑carrier‑protein] reductase FabG/Acyl carrier protein | |||||
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
ACAAAGCAAAATATATTACAGGTCAAACAATCCATGTAAATGGTGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCC > USA300TCH1516_ALE/1245137‑1245317 | ttttagaaacacttatcaatttattgattagtgtttcttagggagaaattctggaaccttatctaggttgcttagaatttcccccgcaaag < 2:277481‑M1/1‑1 (MQ=255) tttagaaacacttatcaatttattgattagtgtttcttagggagaaattctggaaccttatctaggttgcttagaatttcccccgcaaaGt > 1:2872176‑M1/90‑91 (MQ=255) aaaGCAAAATATATTACAGGTCAAACAATCCATGTAAATGGTGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGtt > 1:1380653/1‑91 (MQ=255) aaGCAAAATATATTACAGGTCAAACAATCCATGTAAATGGTGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTg < 2:2898305/91‑1 (MQ=255) aaGCAAAATATATTACAGGTCAAACAATCCATGTAAATGGTGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTg > 1:289668/1‑91 (MQ=255) aGCAAAATATATTACAGGTCAAACAATCCATGTAAATGGTGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGa < 2:675672/91‑1 (MQ=255) aGCAAAATATATTACAGGTCAAACAATCCATGTAAATGGTGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGa < 1:2230319/91‑1 (MQ=255) aGCAAAATATATTACAGGTCAAACAATCCATGTAAATGGTGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGa > 2:2751707/1‑91 (MQ=255) gaaacacttatcaatttattgattagtgtttcttagggagaaattctggaaccttatctaggttgcttagaatttcccccgcaaaGTTGAc > 2:617837‑M1/86‑91 (MQ=255) gaaacacttatcaatttattgattagtgtttcttagggagaaattctggaaccttatctaggttgcttagaatttcccccgcaaaGTTGAc > 1:2970039‑M1/86‑91 (MQ=255) cAAAATATATTACAGGTCAAACAATCCATGTAAATGGTGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACt < 1:3654984/91‑1 (MQ=255) aaacacttatcaatttattgattagtgtttcttagggagaaattctggaaccttatctaggttgcttagaatttcccccgcaaaGTTGACt < 2:1399215‑M1/7‑1 (MQ=255) aagatatatTACAGGTCAAACAATCCATGTAAATGGTGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑g < 2:23780/88‑1 (MQ=255) aaaaTATATTACAGGTCAAACAATCCATGTAAATGGTGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑g < 1:1065574/91‑1 (MQ=255) aaaTATATTACAGGTCAAACAATCCATGTAAATGGTGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑gg < 1:614955/91‑1 (MQ=255) aaaTATATTACAGGTCAAACAATCCATGTAAATGGTGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑gg > 1:2102186/1‑91 (MQ=255) aaaTATATTACAGGTCAAACAATCCATGTAAATGGTGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑gg < 1:2140802/91‑1 (MQ=255) aaTATATTACAGGTCAAACAATCCATGTAAATGGTGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGt > 2:76835/1‑91 (MQ=255) aaTATATTACAGGTCAAACAATCCATGTAAATGGTGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGt > 1:134159/1‑91 (MQ=255) aaTATATTACAGGTCAAACAATCCATGTAAATGATGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCGGTGGTTGACA‑GGt < 2:2533332/91‑1 (MQ=255) tatatTACAGGTCAAACAATCCATGTAAATGGTGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCa < 2:3454322/91‑1 (MQ=255) tatatTACAGGTCAAACAATCCATGTAAATGGTGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCa > 2:2338618/1‑91 (MQ=255) atatTACAGGTCAAACAATCCATGTAAATGGTGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCAt < 2:1770502/91‑1 (MQ=255) atatTACAGGTAAAAGAATCCATATAAATGGTGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCGCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCAt < 2:1016480/91‑1 (MQ=255) ttACAGGTCAAACAATCCATGTAAACGGTGGAGTGTACATGTAATAGACTCGAGCTCAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCa > 2:1622496/1‑91 (MQ=255) tACAGGTCAAACAATCCATGTAAATGGTGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCaa > 1:311874/1‑91 (MQ=255) ggTCAAACAATCCATGTAAATGGTGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGga > 1:100577/1‑91 (MQ=255) ggTCAAACAATCCATGTAAATGGTGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGga < 2:2005557/91‑1 (MQ=255) tCAAACAATCCATGTAAATGGTGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGgaga < 1:1566297/91‑1 (MQ=255) tCAAACAATCCATGTAAATGGTGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGgaga < 2:2977877/91‑1 (MQ=255) cgaaCAATCCATGTGAATGGTGGAATGTACATGTAATATATGTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGaa < 2:1851087/89‑1 (MQ=255) cAAACAATCCATGTAAATGGTGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGaa < 1:2762387/91‑1 (MQ=255) cAAACAATCCATGTAAATGGTGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGaa > 2:2486495/1‑91 (MQ=255) aaaCAATCCATGTAAATGGTGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAAt < 2:818527/91‑1 (MQ=255) aCAATCCATGTAAATGGTGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCACTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTg < 1:3324721/91‑1 (MQ=255) ttagtgtttcttagggagaaattctggaaccttatctaggttgcttagaatttcccccgcaaaGTTGACTAGGTCATCCAATGGAGAATTg > 2:526133‑M1/64‑91 (MQ=255) cAATCCATGTAAATGGTGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGt > 1:691059/1‑91 (MQ=255) agtgtttcttagggagaaattctggaaccttatctaggttgcttagaatttcccccgcaaaGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCt > 1:1036114‑M1/62‑91 (MQ=255) aTCCATGTAAATGGTGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCt < 1:3416211/91‑1 (MQ=255) aTCCATGTAAATGGTGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCt < 1:754345/91‑1 (MQ=255) aTCCATGTAAATGGTGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCt < 1:798731/91‑1 (MQ=255) cATGTAAATGGTGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGAc > 2:239252/1‑91 (MQ=255) cATGTAAATGGTGGAATGTACAGGTAATATAGTTGAGCTAAAGCTCATTGGCGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGAc < 2:2710068/91‑1 (MQ=255) tttcttagggagaaattctggaaccttatctaggttgcttagaatttcccccgcaaaGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGAcc > 2:1508677‑M1/58‑91 (MQ=255) aTGTAAATGGTGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGAcc > 2:3569219/1‑91 (MQ=255) aTGTAAATGGTGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGAcc < 2:1720039/91‑1 (MQ=255) aTGTAAATGGTGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGAcc < 2:1239423/91‑1 (MQ=255) tGTAAATGGTGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCt > 2:493111/1‑91 (MQ=255) tcttagggagaaattctggaaccttatctaggttgcttagaatttcccccgcaaaGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTa > 1:570773‑M1/56‑91 (MQ=255) gTAAATGGTGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTa > 1:441249/1‑91 (MQ=255) gTAAATCGTGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTa < 2:659818/91‑1 (MQ=255) ttagggagaaattctggaaccttatctaggttgcttagaatttcccccgcaaaGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGt > 1:3633508‑M1/54‑91 (MQ=255) agggagaaattctggaaccttatctaggttgcttagaatttcccccgcaaaGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCa > 1:94948‑M1/52‑91 (MQ=255) aTGGTGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCa < 1:2640070/91‑1 (MQ=255) ggtggAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAAc < 2:279804/91‑1 (MQ=255) gtggAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACt > 2:2217050/1‑91 (MQ=255) ggAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACttt > 1:186924/1‑91 (MQ=255) gAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTg < 2:2926088/91‑1 (MQ=255) aTGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCg > 2:3798950/1‑91 (MQ=255) gTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCggg < 2:41077/91‑1 (MQ=255) aCATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCggggg > 2:3625985/1‑91 (MQ=255) aCATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCggggg > 1:2324982/1‑91 (MQ=255) aCATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCggggg < 1:2037671/91‑1 (MQ=255) aCATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCggggg > 2:24314/1‑91 (MQ=255) cATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGa > 2:32945/1‑91 (MQ=255) cATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGa < 2:3396625/91‑1 (MQ=255) gTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAAt < 1:1220051/91‑1 (MQ=255) tAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAAtt < 2:1101102/91‑1 (MQ=255) atatatTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCt < 2:844506/91‑1 (MQ=255) tatatTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTa < 1:864987/91‑1 (MQ=255) tatatTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTa < 1:1627439/91‑1 (MQ=255) atatTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTaa > 2:2840081/1‑91 (MQ=255) tatTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAg < 1:2916608/91‑1 (MQ=255) tatTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAg > 1:1125451/1‑91 (MQ=255) atTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGGGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGc < 1:403128/91‑1 (MQ=255) tGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAAc > 1:3613166/1‑91 (MQ=255) gCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTa < 2:3044258/91‑1 (MQ=255) gCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTa < 1:2559355/91‑1 (MQ=255) cTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAg < 1:3260107/91‑1 (MQ=255) cTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAg < 1:2013335/91‑1 (MQ=255) cTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAg > 2:2040274/1‑91 (MQ=255) cTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAg < 1:2854422/91‑1 (MQ=255) tAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCttat < 2:2268020/91‑4 (MQ=255) ttaGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGAt > 1:518864/3‑91 (MQ=255) ttaGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGAt > 1:269244/3‑91 (MQ=255) aaaGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCttatc < 2:451736/91‑5 (MQ=255) aaaGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGAt > 1:3824273/1‑91 (MQ=255) taGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCCATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATa > 2:3328652/2‑91 (MQ=255) aGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATaa > 1:358440/1‑91 (MQ=255) aTTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTc < 2:529889/91‑1 (MQ=255) aTTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTc < 2:608650/91‑1 (MQ=255) ttGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTcc < 1:761449/91‑1 (MQ=255) gACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAg < 2:2113763/91‑1 (MQ=255) aCGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGa > 1:765395/1‑91 (MQ=255) gCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAAt > 1:123624/1‑91 (MQ=255) cAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAAtt < 1:3014547/91‑1 (MQ=255) gTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTtc > 1:1017552/1‑91 (MQ=255) tGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTtct < 1:1440429/91‑1 (MQ=255) tGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTtct < 1:3168643/91‑1 (MQ=255) GTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGCAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTcc < 1:37003‑M1/91‑1 (MQ=255) | ACAAAGCAAAATATATTACAGGTCAAACAATCCATGTAAATGGTGGAATGTACATGTAATATATTTGAGCTAAAGCTCATTGACGCAGTGGTTGACT‑GGTCATCCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCC > USA300TCH1516_ALE/1245137‑1245317 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |