| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1253236 | 155 (0.760) | 10 (0.050) | 6/152 | NT | 6.0% | intergenic (+43/‑392) | ffh/rpsP | Signal recognition particle protein/30S ribosomal protein S16 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1253273 | 168 (0.870) | intergenic (+80/‑355) | ffh/rpsP | Signal recognition particle protein/30S ribosomal protein S16 | |||||
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
GCAATCAAATGCAAAATATGTTAAAAGGTATGAATTTACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTGCT > USA300TCH1516_ALE/1253147‑1253326 | gCAATGAAATGCAAAATATGTTAAAAGGTATGAATTTACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGGGCAt < 2:3054002/91‑1 (MQ=255)gCAATCAAATGCAAAATATGTTAAAAGGTATGAATTTACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCAt < 1:2645291/91‑1 (MQ=255) cAATCAAATGCAAAATATGTTAAAAGGTATGAATTTACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATc < 1:2154408/91‑1 (MQ=255) tCAAATGCAAAATATGTTAAAAGGTATGAATTTACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCg > 2:2814935/1‑91 (MQ=255) tCAAATGCAAAATATGTTAAAAGGTATGAATTTACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCg < 2:175451/91‑1 (MQ=255) gcAAATGCAAAATATGTTAAAAGGTATGAATTTACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCg < 2:3924424/90‑1 (MQ=255) cAAATTCAAAATATGTTAAAAGGTATGAATTTACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCTATGAGATGTGCATCCCGa > 2:2446060/1‑91 (MQ=255) cAAATGCAAAATATGTTAAAAGGTATGAATTTACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGa > 2:20546/1‑91 (MQ=255) aTGCAAAATATGTTAAACGGTATGAATTTACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAg > 1:1211104/1‑91 (MQ=255) tGCAAAATATGTTAAAAGGTATGAATTTACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGt > 1:1137874/1‑91 (MQ=255) tGCAAAATATGTTAAAAGGTATGAATTTACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGt < 1:1784403/91‑1 (MQ=255) tGCAAAATATGTTAAAAGGTATGAATTTACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGt > 1:1805730/1‑91 (MQ=255) aaaaTATGTTAAAAGGTATGAATTTACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTtat < 2:1055194/91‑1 (MQ=255) aactatGTTAAAAGGTATGAATTTACCGTTTTAATGTTTAAGATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTtata < 2:342973/88‑1 (MQ=255) aaaTATGTTAAAAGGTATGAATTTACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTtata > 1:3706499/1‑91 (MQ=255) aaaTATGTTAAAAGGTATGAATTTACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTtata < 2:2538743/91‑1 (MQ=255) aaTATGTTAAAAGGTATGAATTTACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATAc > 1:3818413/1‑91 (MQ=255) aaTATGTTAAAAGGTATGAATTTACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATAc > 2:3627581/1‑91 (MQ=255) atatGTTAAAAGGTATGAATTTACTGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTTATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACt < 2:3671397/91‑1 (MQ=255) tatGTTAAAAGGTATGAATTTACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTa < 1:750709/91‑1 (MQ=255) tGTTAAAAGGTATGAATTTACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTaaa > 2:1578163/1‑91 (MQ=255) tGTTAAAAGGTATGAATTTACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTaaa < 2:758073/91‑1 (MQ=255) tGTTAAAAGGTATGAATTTACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTaaa < 1:694398/91‑1 (MQ=255) tGTTAAAAGGTATGAATTTACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTaaa > 1:455553/1‑91 (MQ=255) gTTAAAAGGTATGAATTTACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAg > 1:1623015/1‑91 (MQ=255) aaaaGGTATGAATTTACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAat > 1:1024793/1‑91 (MQ=255) aaaGGTATGAATTTACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAata < 2:3140935/91‑1 (MQ=255) aaGGTATGAATTTACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAatat < 1:1361440/91‑1 (MQ=255) ggTATGAATTTACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATaa < 1:2884782/91‑1 (MQ=255) gTATGAATTTACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAAc < 1:2226121/91‑1 (MQ=255) tATGAATTTACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACt < 2:2683226/91‑1 (MQ=255) aTGAATTTACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACtt > 2:2292025/1‑91 (MQ=255) aTGAATTTACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACtt > 2:1142969/1‑91 (MQ=255) aTGAATTTACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACtt < 2:1156641/91‑1 (MQ=255) aTGAATTTACCGTGTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACtt < 1:3961785/91‑1 (MQ=255) tGAATTTACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTTTTATTAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACttt > 2:1678640/1‑91 (MQ=255) gAATTTACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGACGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTa < 1:3327145/91‑1 (MQ=255) aaTTTACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCAccccataaagttatattctttagtataactttc < 2:3253555‑M1/91‑34 (MQ=255) aTTTACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCAccccataaagttatattctttagtataactttcg < 1:631734‑M1/91‑35 (MQ=255) aTTTACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCAccccataaagttatattctttagtataactttcg < 1:1392460‑M1/91‑35 (MQ=255) aTTTACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATg < 2:3309313/91‑1 (MQ=255) tttACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCAccccataaagttatattctttagtataactttcgg < 2:1276971‑M1/91‑36 (MQ=255) tttACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCAccccataaagttatattctttagtataactttcgg < 1:1567711‑M1/91‑36 (MQ=255) tttACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATgg < 2:1475442/91‑1 (MQ=255) tttACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATgg > 2:800161/1‑91 (MQ=255) aCCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCAccccataaagttatattctttagtataactttcgggat < 1:1171949‑M1/91‑39 (MQ=255) 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ttAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCatat > 1:2581143/1‑91 (MQ=255) aTGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATAtttt < 1:251768/91‑1 (MQ=255) aTGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATAtttt < 1:2423066/91‑1 (MQ=255) tGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATAttttt < 2:3029017/91‑1 (MQ=255) ttAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGa < 1:2909737/91‑1 (MQ=255) atatAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTCATACTACAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATac > 2:379399/1‑91 (MQ=255) taACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATAcaca > 2:1794724/1‑91 (MQ=255) acacGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACaat < 1:3474736/91‑1 (MQ=255) acacGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACaat > 2:2768014/1‑91 (MQ=255) acacGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACaat < 2:2040268/91‑1 (MQ=255) acacGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACaat > 1:3827166/1‑91 (MQ=255) acacGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACaat > 2:561479/1‑91 (MQ=255) cacGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACaata < 1:932372/91‑1 (MQ=255) cTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACaataataa < 1:2968265/91‑1 (MQ=255) tGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACaataataat > 2:2364214/1‑91 (MQ=255) tGATATTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACaataataat > 2:3152478/1‑91 (MQ=255) 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accccataaagttatgttctttagtgtaactttcgggatgcacatctcattgcaacaaaaatcagcgtgttatattaaacattaaaacggt < 2:3422168‑M1/91‑91 (MQ=255) accccataaagttatattctttagtataactttcgggatgcacatctcattgcaacaaaaatcagcgtgttatattaaacattaaaacggt > 1:388731‑M1/1‑1 (MQ=255) accccataaagttatattctttagtataactttcgggatgcacatctcattgcaacaaaaatcagcgtgttatattaaacattaaaacggt < 2:1627368‑M1/91‑91 (MQ=255) accccataaagttatattctttagtataactttcgggatgcacatctcattgcaacaaaaatcagcgtgttatattaaacattaaaacggt > 2:2778028‑M1/1‑1 (MQ=255) aTCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTGCt > 2:2208010/1‑91 (MQ=255) aTCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAAATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTGCt < 1:2605734/91‑1 (MQ=255) | GCAATCAAATGCAAAATATGTTAAAAGGTATGAATTTACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTGCT > USA300TCH1516_ALE/1253147‑1253326 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |