New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1253236 | 155 (0.760) | 10 (0.050) | 6/152 | NT | 6.0% | intergenic (+43/‑392) | ffh/rpsP | Signal recognition particle protein/30S ribosomal protein S16 |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1253273 | 168 (0.870) | intergenic (+80/‑355) | ffh/rpsP | Signal recognition particle protein/30S ribosomal protein S16 |
Only 100 of 212 total aligned reads displayed.
TACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTGCTAGAACATGAGGTTATTGTTGCTAATATTAATAAGTTA > USA300TCH1516_ALE/1253183‑1253363 | tACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATgggg < 2:3628907/91‑1 (MQ=255) aCCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGt < 2:1627368‑M2/91‑2 (MQ=255) aCCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGt > 2:2778028‑M2/1‑90 (MQ=255) ccGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGtg < 1:2694111‑M2/91‑3 (MQ=255) ccGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGtg > 1:121848‑M2/1‑89 (MQ=255) ccGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTCTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGtg > 2:1754818‑M2/1‑89 (MQ=255) gTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGtgca > 1:3757069‑M2/1‑87 (MQ=255) ttttAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTTTAATGACATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTGTATGGGGTGCat > 2:2199655/1‑91 (MQ=255) ttAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCatat < 1:1921943/91‑1 (MQ=255) ttAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCatat > 1:2581143/1‑91 (MQ=255) aaTGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATAttt > 1:379100/1‑91 (MQ=255) aTGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATAtttt < 1:3594452/91‑1 (MQ=255) aTGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATAtttt < 2:2682186/91‑1 (MQ=255) gTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTa < 1:2624675/91‑1 (MQ=255) ttAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGa < 1:2909722/91‑1 (MQ=255) taACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATAcaca > 2:1794724/1‑91 (MQ=255) taACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATAcaca > 1:1812245/1‑91 (MQ=255) acacGCTGATTTTTTTTTTATTTATATGTGCATCCCGACCGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACaat > 2:3524024/1‑91 (MQ=255) acacGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACaat > 2:2768014/1‑91 (MQ=255) acacGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACaat > 2:561479/1‑91 (MQ=255) acacGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACaat > 1:625888/1‑91 (MQ=255) acacGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACaat < 2:2040268/91‑1 (MQ=255) acGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACaataa < 2:3744745/91‑1 (MQ=255) cTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACaataataa > 1:2521454/1‑91 (MQ=255) cTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACaataataa < 1:2968265/91‑1 (MQ=255) tGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACaataataat > 2:2364214/1‑91 (MQ=255) tGATATTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACaataataat > 2:3152478/1‑91 (MQ=255) gATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAAtt > 1:2352897/1‑91 (MQ=255) tttttGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTaa > 1:2998544/1‑91 (MQ=255) ttttGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTaaa < 2:470288/91‑1 (MQ=255) ttgttgCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTaaaaa > 1:105036/1‑91 (MQ=255) ttgttgCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTaaaaa < 2:342240/91‑1 (MQ=255) tgttgCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAAc > 1:3543527/1‑91 (MQ=255) tgttgCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAAc < 1:1744713/91‑1 (MQ=255) tgCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGa < 1:3711752/91‑1 (MQ=255) aaTGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAAt < 1:3448779/91‑1 (MQ=255) aaTGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAAt > 1:1978723/1‑91 (MQ=255) tGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTTAAATTg < 1:3076814/91‑1 (MQ=255) tGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTg < 2:1326846/91‑1 (MQ=255) tGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTg < 2:707834/91‑1 (MQ=255) gaTGTGCATCCCGACAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCCTATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTg > 2:1150134/1‑91 (MQ=255) aTGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGa < 2:3246214/91‑1 (MQ=255) tgtgCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGAt > 2:2834547/1‑91 (MQ=255) tgtgCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGAt > 1:3204729/1‑91 (MQ=255) gtgCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGAtt > 2:60923/1‑91 (MQ=255) gtgCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGAtt < 1:3005895/91‑1 (MQ=255) tgCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGAttt > 1:3786728/1‑91 (MQ=255) tgCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGAttt > 2:871639/1‑91 (MQ=255) gCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTg < 2:349001/91‑1 (MQ=255) gCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTg < 1:144915/91‑1 (MQ=255) aTCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGtgcacatctcattgcaacaaaaatcagcgtgttatattaaacattaaaacggt < 1:1171949‑M2/91‑54 (MQ=255) aTCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTGCt > 2:3568372/1‑91 (MQ=255) aTCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTGCt < 2:3038878/91‑1 (MQ=255) aTCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTGCt < 2:2539681/91‑1 (MQ=255) aTCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTGCt > 1:474626/1‑91 (MQ=255) aTCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTGCt > 1:804784/1‑91 (MQ=255) cccGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTGCTAg > 1:2954528/1‑91 (MQ=255) cccGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCAGATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTGCTAg < 2:3316329/91‑1 (MQ=255) ccGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGtgcacatctcattgcaacaaaaatcagcgtgttatattaaacattaaaacggtaaa < 2:1199692‑M2/91‑57 (MQ=255) ccGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGtgcacatctcattgcaacaaaaatcagcgtgttatattaaacattaaaacggtaaa < 2:1276971‑M2/91‑57 (MQ=255) ccGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTGCTAGa > 2:2209703/1‑91 (MQ=255) cGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGtgcacatctcattgcaacaaaaatcagcgtgttatattaaacattaaaacggtaaat < 1:1392460‑M2/91‑58 (MQ=255) cGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGtgcacatctcattgcaacaaaaatcagcgtgttatattaaacattaaaacggtaaat < 1:631734‑M2/91‑58 (MQ=255) cGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTGCTAGaa < 1:1581282/91‑1 (MQ=255) gAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTGCTAGAAc < 2:2260071/91‑1 (MQ=255) aaGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGtgcacatctcattgcaacaaaaatcagcgtgttatattaaacattaaaacggtaaattca < 1:2430779‑M2/91‑61 (MQ=255) aaGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTGCTAGAACAt > 1:218280/1‑91 (MQ=255) aGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTGCTAGAACATg < 1:2092328/91‑1 (MQ=255) aGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTGCTAGAACATg > 1:3893513/1‑91 (MQ=255) aGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTGCTAGAACATg > 2:3352480/1‑91 (MQ=255) 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taCTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTGCTAGAACATGAGGtt > 2:3413613/1‑91 (MQ=255) aaGAGTATAGCTTTATGGGGTGCATATTTTTAGAGGCTCAGTAGCGATTAGCAACTGCGTTTGCTGATTTGCTAGAACATGACGTGAttgt < 2:2356034/91‑1 (MQ=255) aaGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTGCTAGAACATGAGGTTAttgt < 1:2512136/91‑1 (MQ=255) aaGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTGCTAGAACATGAGGTTAttgt < 2:689775/91‑1 (MQ=255) aaGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTGCTAGAACATGAGGTTAttgt < 2:3861256/91‑1 (MQ=255) aaGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTGCTAGAACATGAGGTTAttgt < 1:2016193/91‑1 (MQ=255) aGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTGCTAGAACATGAGGTTAttgtt < 1:1545554/91‑1 (MQ=255) gAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTGCTAGAACATGAGGTTAttgttg > 2:2436417/1‑91 (MQ=255) aaTATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTGCTAGAACATGAGGTTATTGTTGc < 2:3433523/91‑1 (MQ=255) atatAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTGCTAGAACATGAGGTTATTGTTGCt > 1:919655/1‑91 (MQ=255) taACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTGCTAGAACATGAGGTTATTGTTGCTAat > 2:2316099/1‑91 (MQ=255) taACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTGCTAGAACATGAGGTTATTGTTGCTAat > 1:1518504/1‑91 (MQ=255) aaCTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTGCTAGAACATGAGGTTATTGTTGCTAata < 2:3695645/91‑1 (MQ=255) aaCTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTGCTAGAACATGAGGTTATTGTTGCTAata > 1:708275/1‑91 (MQ=255) aCTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTGCTAGAACATGAGGTTATTGTTGCTAatat < 1:2006948/91‑1 (MQ=255) aCTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTGCTAGAACATGAGGTTATTGTTGCTAatat > 1:3296836/1‑91 (MQ=255) aCTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTGCTAGAACATGAGGTTATTGTTGCTAatat > 2:1447908/1‑91 (MQ=255) ggggTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTGCTAGAACATGAGGTTATTGTTGCTAATATTAATAAg < 1:582317/91‑1 (MQ=255) ggggTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTGCTAGAACATGAGGTTATTGTTGCTAATATTAATAAg < 1:3847456/91‑1 (MQ=255) gggTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTGCTAGAACATGAGGTTATTGTTGCTAATATTAATAAGt < 1:1695397/91‑1 (MQ=255) gggTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTGCTAGAACATGAGGTTATTGTTGCTAATATTAATAAGt < 2:1084248/91‑1 (MQ=255) gTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTGCTAGAACATGAGGTTATTGTTGCTAATATTAATAAGTta > 1:881804/1‑91 (MQ=255) | TACCGTTTTAATGTTTAATATAACACGCTGATTTTTGTTGCAATGAGATGTGCATCCCGAAAGTTATACTAAAGAATATAACTTTATGGGGTGCATATTTTTAGATACACAATAATAATTAAAAACTGAAATTGCTGATTTGCTAGAACATGAGGTTATTGTTGCTAATATTAATAAGTTA > USA300TCH1516_ALE/1253183‑1253363 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |