| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1262900 = | 158 (0.780) | 23 (0.130) | 8/140 | NT | 13.3% | intergenic (+25/‑202) | sucD/lytN_1 | Succinate‑‑CoA ligase [ADP‑forming] subunit alpha/putative cell wall hydrolase LytN |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1262943 = | 162 (0.910) | intergenic (+68/‑159) | sucD/lytN_1 | Succinate‑‑CoA ligase [ADP‑forming] subunit alpha/putative cell wall hydrolase LytN | |||||
Only 100 of 294 total aligned reads displayed.
TCAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATT‑CC‑ATACTTT‑ATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACTTTTCATATTTTGGAAAGACAA > USA300TCH1516_ALE/1262810‑1262990 | tctttgttttataaagctattgtaggaggtaaaataattaacttgtctttccaaaatatgaaaagtgtactaaaattcatcgcacgacaaa < 2:1856327‑M1/1‑1 (MQ=255)tCAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTA < 2:3074005‑M1/91‑1 (MQ=255) ctttgttttagagagctctggtaggagggaaaataattaacttgtatttccagaagatgaaaagtgtactaaaattcatcgcacgacaaAt < 2:1119570‑M1/2‑1 (MQ=255) cAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTAT > 2:118256‑M1/1‑91 (MQ=255) cAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGACATAAATGGCTAT > 2:3291308‑M1/1‑91 (MQ=255) aCATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAG > 2:1697034‑M1/1‑91 (MQ=255) aCATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAG < 1:3535792‑M1/91‑1 (MQ=255) ttAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTCACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCC < 2:3549933‑M1/91‑1 (MQ=255) tAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCA > 1:1033104‑M1/1‑91 (MQ=255) tAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCA > 1:199369‑M1/1‑91 (MQ=255) tAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCA > 1:1842639‑M1/1‑91 (MQ=255) ttataaagctattgtaggaggtaaaataattaacttgtctttccaaaatatgaaaagtgtactaaaattcatcgcacgacaaATAGCCCAt < 2:2551628‑M1/9‑1 (MQ=255) aaTTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCAT > 1:2072708‑M1/1‑91 (MQ=255) aaGCTGCTAAAGAAGCAGGTATGTATGAATCATTATTAACTGTTAATAACTAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATT‑CC‑At < 2:3003553/91‑1 (MQ=255) aGCTTCTAAAGAAGAAGGTATTTATGAATTATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGAGATAGCCCATT‑CC‑ATa > 2:953047/1‑91 (MQ=255) aGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATT‑CC‑ATa > 1:3289257/1‑91 (MQ=255) gctgctAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAACTAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATT‑CC‑ATAc < 2:2709704/91‑1 (MQ=255) gctgctAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATT‑CC‑ATAc < 1:3171838/91‑1 (MQ=255) ctAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATT‑CC‑ATACTTt‑a < 1:1779704/91‑1 (MQ=255) aaaGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATT‑CC‑ATACTTt‑ata < 1:785099/91‑1 (MQ=255) aagaagCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATT‑CC‑ATACttttata < 1:2413409/91‑5 (MQ=255) agaagCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTtccgatacttttat < 1:3590547‑M1/91‑15 (MQ=255) agaagCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATT‑CC‑ATACTTT‑ATaaa > 1:571613/1‑91 (MQ=255) aagCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATT‑CC‑ATACTTT‑ATAAAAg > 1:1131868/1‑91 (MQ=255) aagCAGGTATTTAAGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGCTGATATAAATGGCTATAGCCCATT‑CC‑ATACTTT‑ATAAAAg > 2:3688347/1‑91 (MQ=255) gCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATATCGTTAAAAGATGATATAACTGGCTATAGCCCATT‑CC‑ATACTTT‑ATAAAAGtg > 2:3130437/1‑90 (MQ=255) gCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATT‑CC‑ATACTTT‑ATAAAAGTa > 1:3249582/1‑91 (MQ=255) gtaaaataattaacttgtctttccaaaatatgaaaagtgtactaaaattcatcgcacgacaaATAGCCCATT‑CC‑ATACTTT‑ATAAAAGTAt > 2:254797‑M1/63‑91 (MQ=255) gtaaaataattaacttgtctttccaaaatatgaaaagtgtactaaaattcatcgcacgacaaATAGCCCATT‑CC‑ATACTTT‑ATAAAAGTAt > 2:590533‑M1/63‑91 (MQ=255) gtaaaataattaacttgtctttccaaaatatgaaaagtgtactaaaattcatcgcacgacaaATAGCCCATT‑CC‑ATACTTT‑ATAAAAGTAt > 1:649646‑M1/63‑91 (MQ=255) cAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTtccgatacttttataaagt < 2:1405734‑M1/91‑20 (MQ=255) cAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATT‑CC‑ATACTTT‑ATAAAAGTAt < 2:1723919/91‑1 (MQ=255) cAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATT‑CC‑ATACTTT‑ATAAAAGTAt > 1:3102983/1‑91 (MQ=255) cAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATT‑CC‑ATACTTT‑ATAAAAGTAt < 1:2883323/91‑1 (MQ=255) cAGGTATTTAGGAAGCATTATTAACTGGGAATAAAGAAAGTTAAAAGAGCATATAAATGGCTATAGCCCATT‑CC‑ATACTTT‑ATAAAAGTAt < 1:3424868/91‑1 (MQ=255) taaaataattaacttgtctttccaaaatatgaaaagtgtactaaaattcatcgcacgacaaATAGCCCATTTCC‑ATACTTT‑ATAAAAGTAt > 1:3440576‑M1/62‑91 (MQ=255) taaaataattaacttgtctttccaaaatatgaaaagtgtactaaaattcatcgcacgacaaATAGCCCATT‑CC‑ATACTTT‑ATAAAAGTATc > 2:2943669‑M1/62‑91 (MQ=255) taaaataattaacttgtctttccaaaatatgaaaagtgtactaaaattcatcgcacgacaaATAGCCCATT‑CC‑ATACTTT‑ATAAAAGTATc > 1:993806‑M1/62‑91 (MQ=255) aGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTtccgatacttttataaagta < 1:2316627‑M1/91‑21 (MQ=255) aGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATT‑CC‑ATACTGT‑ATAAAAGTATc > 2:247522/1‑91 (MQ=255) ggTATTTATGAATCATTATTCACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATT‑CC‑ATACTTT‑ATAAAAGTATCg > 2:3376358/1‑91 (MQ=255) ggTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTtccgatacttttataaagtat < 2:195397‑M1/91‑22 (MQ=255) ggTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATT‑CC‑ATACTTT‑ATAAAAGTATCg > 1:3766564/1‑91 (MQ=255) gTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATT‑CC‑ATACTTT‑ATAAAAGTATCgg > 1:861521/1‑91 (MQ=255) aTTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTtccgatacttttataaagtatgga < 1:1189149‑M1/91‑25 (MQ=255) tttATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTtccgatacttttataaagtatggaa < 2:1344614‑M1/91‑26 (MQ=255) tttATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTtccgatacttttataaagtatggaa < 1:1485806‑M1/91‑26 (MQ=255) ttATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTtccgatacttttataaagtatggaat < 1:477064‑M1/91‑27 (MQ=255) aattaacttgtctttccaaaatatgaaaagtgtactaaaattcatcgcacgacaaATAGCCCATT‑CC‑ATACTTT‑ATAAAAGTATCGGAAAt > 1:3506432‑M1/56‑91 (MQ=255) tATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATT‑CC‑ATACTTT‑ATAAAAGTATCGGAaatg > 2:2682168‑M2/1‑87 (MQ=255) gatGAATCATTATTAGCTGGTAATAAATAAAGTGAAAAGATGATATAAATGGCTAGAGCCCATTtccgatacttttataaagtatggaatg < 2:2492078‑M1/90‑28 (MQ=255) tGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATT‑CC‑ATACTTT‑ATAAAAGTATCGGAaatggg > 1:1287769‑M2/1‑85 (MQ=255) tGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCAATAGCCCATTtccgatacttttataaagtatggaatggg < 1:3411655‑M1/91‑30 (MQ=255) tCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATGTGAATGGCTATAGCGCATT‑CC‑AGACTTT‑ATAAAGGTATCGGAaatgggctat > 2:21415‑M2/1‑81 (MQ=255) tCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATT‑CC‑ATACTTT‑ATAAAAGTATCGGAaatgggctat < 2:2298038‑M2/91‑11 (MQ=255) tCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATT‑CC‑ATACTTT‑ATAAAAGTATCGGAaatgggctat > 2:2751888‑M2/1‑81 (MQ=255) ctttattaACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATT‑CC‑ATACTTT‑ATAAAAGTATCGGAAATGGGCTAtt < 2:1352112/89‑1 (MQ=255) attattAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATT‑CC‑ATACTTT‑ATAAAAGTATCGGAAATGGGCTAttt < 1:2640/91‑1 (MQ=255) ttattaACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATT‑CC‑ATACTTT‑ATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTg < 2:1769266/91‑1 (MQ=255) tattaACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATT‑CC‑ATACTTT‑ATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGt > 1:1054428/1‑91 (MQ=255) attaACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATT‑CC‑ATACTTT‑ATAAAAGTATCGGAAATGGGCTCTTTGtt > 2:3347770/1‑90 (MQ=255) attaACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATT‑CC‑ATACTTT‑ATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTc > 2:3959522/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |