New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1265511 | 227 (1.110) | 11 (0.070) | 7/130 | NT | 5.4% | intergenic (+19/‑154) | femA_1/dprA | Aminoacyltransferase FemA/DNA processing protein DprA |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1265527 | 198 (1.200) | intergenic (+35/‑138) | femA_1/dprA | Aminoacyltransferase FemA/DNA processing protein DprA |
Only 100 of 440 total aligned reads displayed.
TTAATTGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACATCGACAATGTTTTTG > USA300TCH1516_ALE/1265421‑1265601 | gttttacatttctaatacaaaaacattgtcgatgtaatgttattttaaggagtaaaaatactgacttaaaaagtgaAAAGTATGTTGgaaa < 1:454022‑M1/15‑1 (MQ=255) taattGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACGTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGgaaat > 1:1175678/1‑91 (MQ=255) attGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGgaaattg < 2:1118354/91‑1 (MQ=255) attGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGgaaattg > 1:1469324/1‑91 (MQ=255) attGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGgaaattg < 2:3750653/91‑1 (MQ=255) ggTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGgaaattgaaa > 1:2062602/1‑91 (MQ=255) gTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGgaaattgaaat > 2:837054/1‑91 (MQ=255) ttCATTAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTaa > 2:2084626/1‑91 (MQ=255) tcatcaAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTaaa < 2:2827696/91‑1 (MQ=255) catcaAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAAt < 1:519817/91‑1 (MQ=255) catcaAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAAt > 1:267203/1‑91 (MQ=255) atcaAACTAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAAtt < 1:1962089/91‑1 (MQ=255) atcaAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAAtt > 2:1178210/1‑91 (MQ=255) cAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCt < 2:2194805‑M2/91‑2 (MQ=255) aaaaacattgtcgatgtaatgttattttaaggagtaaaaatactgacttaaaaagtgaAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtt > 1:379107‑M1/59‑91 (MQ=255) aaaacattgtcgatgtaatgttattttaaggagtaaaaatactgacttaaaaagtgaAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCttt > 1:258932‑M1/58‑91 (MQ=255) aCCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttc < 1:2797365‑M2/91‑5 (MQ=255) aGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaa > 1:1855862‑M2/1‑84 (MQ=255) gTAAGTCCAATTCTATATAAATTTGCAGAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaac > 2:2560883‑M2/1‑83 (MQ=255) gTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaac > 2:2408481‑M2/1‑83 (MQ=255) gTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaac < 2:2310425‑M2/91‑9 (MQ=255) attgtcgatgtaatgttattttaaggagtaaaaatactgacttaaaaagtgaAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAAc > 2:1651261‑M1/53‑91 (MQ=255) tAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaaca > 1:3051404‑M2/1‑82 (MQ=255) tAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaaca < 1:2983367‑M2/91‑10 (MQ=255) aGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaacata > 1:2101013‑M2/1‑80 (MQ=255) gACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaacatac < 1:2838582‑M2/91‑13 (MQ=255) gACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaacatac < 2:1257754‑M2/91‑13 (MQ=255) gACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaacatac < 1:2485327‑M2/91‑13 (MQ=255) ccAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaacatactt > 1:465743‑M2/1‑77 (MQ=255) cAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaacatacttt > 1:3676280‑M2/1‑76 (MQ=255) cAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaacatacttt > 1:3621385‑M2/1‑76 (MQ=255) aaTTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAAgaatttaaaatttcaatttccaacatacttta < 1:3464419‑M1/91‑33 (MQ=255) aTTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTc > 2:3370828/1‑91 (MQ=255) aTTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTc > 2:2008801/1‑91 (MQ=255) aTTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTc < 2:2588945/91‑1 (MQ=255) tCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTCTGTTGGAACTTCAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCAc > 2:3594009/1‑91 (MQ=255) tCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCAc < 2:2784965/91‑1 (MQ=255) tCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCAc < 1:3085348/91‑1 (MQ=255) tCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCAc > 2:1584709/1‑91 (MQ=255) cTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACt < 1:1250443/91‑1 (MQ=255) cTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACt > 1:86512/1‑91 (MQ=255) tatataAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACtt < 2:3842090/91‑1 (MQ=255) tatataAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACtt < 2:1201820/91‑1 (MQ=255) tatataAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACtt > 1:215382/1‑91 (MQ=255) tataAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACtttt > 1:3198686/1‑91 (MQ=255) ataAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACttttt > 1:1653384/1‑91 (MQ=255) ataAATTCGCAAAACTTATTTACAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACttttt > 2:419883/1‑91 (MQ=255) aaaTTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTaa < 1:1871790/91‑1 (MQ=255) aaTTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAg > 2:2469500/1‑91 (MQ=255) aTTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGt < 1:3724582/91‑1 (MQ=255) gCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGt > 1:3893146/1‑91 (MQ=255) cAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTGTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTa > 1:3502793/1‑91 (MQ=255) cAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTa > 2:3689395/1‑91 (MQ=255) aCTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTAtttt > 1:1292634/1‑91 (MQ=255) aCTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTAtttt < 2:3136096/91‑1 (MQ=255) aCTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTAtttt < 1:273529/91‑1 (MQ=255) aCTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTAtttt > 2:3626452/1‑91 (MQ=255) cTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTAttttt < 1:1096069/91‑1 (MQ=255) atttatAAGGTTTAATTGTAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACt < 1:3388440/91‑1 (MQ=255) atttatAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACt < 1:103970/91‑1 (MQ=255) tttatAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTc > 1:1404479/1‑91 (MQ=255) tttatAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTc > 1:2927952/1‑91 (MQ=255) tttatAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTc > 1:3859076/1‑91 (MQ=255) tttatAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTc > 2:482722/1‑91 (MQ=255) ttatAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTcc < 2:3495082/91‑1 (MQ=255) tataAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCt > 2:2136705/1‑91 (MQ=255) ataAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCtt > 1:3831711/1‑91 (MQ=255) aaGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTaa < 2:2753030/91‑1 (MQ=255) aGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTaaa > 1:2329090/1‑91 (MQ=255) aGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAAGTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTaaa > 2:3257313/1‑91 (MQ=255) ggTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTaaaa > 2:611740/1‑91 (MQ=255) tttAATTATAGAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATa < 1:1693856/91‑1 (MQ=255) ttAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATaa > 1:597642/1‑91 (MQ=255) aaTTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACa > 2:171545/1‑91 (MQ=255) aaTTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACa < 1:1326857/91‑1 (MQ=255) aaTTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACa < 1:2176766/91‑1 (MQ=255) aaTTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACa > 2:1397044/1‑91 (MQ=255) ataAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaat < 1:636345‑M2/91‑59 (MQ=255) taAAGTATGTTGGAAATTTAAATTCTAAATTCTTTCCAACATCCTTTTCACTTATTAAGTCCGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTTCa > 2:1003103/1‑91 (MQ=255) aaaGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattg < 2:1145681‑M2/91‑61 (MQ=255) aaaGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaacatactttataattaaacattataaataagttttgcaaatttatatagaattg < 2:2678720‑M2/91‑61 (MQ=255) AAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACAt < 2:1066380‑M1/91‑1 (MQ=255) aGTATGTTGGAAAgaatttaaaatttcaatttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggt < 1:405372‑M1/91‑79 (MQ=255) gTATGTTGGAAAgaatttaaaatttcaatttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtc < 1:2210082‑M1/91‑80 (MQ=255) tATGTTGGAAAgaatttaaaatttcaatttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtct < 2:3810883‑M1/91‑81 (MQ=255) TATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACATCGAc > 2:2939976‑M1/1‑91 (MQ=255) tGTTGGAAAgaatttaaaatttcaatttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtctta < 2:726005‑M1/91‑83 (MQ=255) tGTTGGAAAgaatttaaaatttcaatttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtctta > 1:3171343‑M1/1‑9 (MQ=255) tGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtctta < 1:883134‑M2/91‑67 (MQ=255) gTTGGAAAgaatttaatatttcaatttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtcttac < 2:3039768‑M1/91‑84 (MQ=255) gTTGGAAAgaatttaaaatttcaatttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtcttac < 1:2326219‑M1/91‑84 (MQ=255) gTTGGAAAgaatttaaaatttcaatttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtcttac < 2:2300813‑M1/91‑84 (MQ=255) TTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACATCGACAATg > 2:2024484‑M1/1‑91 (MQ=255) tGGAAAgaatttaaaatttcaatttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtcttactg < 2:1844587‑M1/91‑86 (MQ=255) GGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACATCGACAATGtt > 2:2375314‑M1/1‑91 (MQ=255) GGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACATCGACAATGtt > 1:3559610‑M1/1‑91 (MQ=255) aaagaatttaaaatttcaatttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtcttactggtt < 1:630520‑M1/91‑89 (MQ=255) aaagaatttaaaatttcaatttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtcttactggtt < 2:595156‑M1/91‑89 (MQ=255) aagaatttaaaatttcaatttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtcttactggttt > 1:329196‑M1/1‑2 (MQ=255) ATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACATCGACAATGTTTTTg > 2:3104821‑M1/1‑91 (MQ=255) | TTAATTGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACATCGACAATGTTTTTG > USA300TCH1516_ALE/1265421‑1265601 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |