| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1292499 | 158 (0.780) | 18 (0.110) | 7/128 | NT | 12.2% | intergenic (+53/‑333) | infB/rbfA | Translation initiation factor IF‑2/Ribosome‑binding factor A |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1292522 | 134 (0.820) | intergenic (+76/‑310) | infB/rbfA | Translation initiation factor IF‑2/Ribosome‑binding factor A | |||||
Only 100 of 334 total aligned reads displayed.
TTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTA > USA300TCH1516_ALE/1292409‑1292589 | ttATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAA < 1:2117355‑M1/91‑1 (MQ=255) aTCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAata > 1:2493289/1‑91 (MQ=255) gAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTg > 2:1981629/1‑91 (MQ=255) aGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGGTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCa < 2:3049897/91‑1 (MQ=255) aGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGGTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCa < 2:3049571/91‑1 (MQ=255) aGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCa > 1:790910/1‑91 (MQ=255) tttGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACttt < 2:1908798/91‑1 (MQ=255) tttGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACttt < 2:2918344/91‑1 (MQ=255) aaTGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAg < 1:365640/91‑1 (MQ=255) aTGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAgt > 2:688784/1‑91 (MQ=255) ggTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAgtgt > 1:1019668/1‑91 (MQ=255) gTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTc > 1:153660/1‑91 (MQ=255) ttGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCt < 2:2311440/91‑1 (MQ=255) ttGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCt < 1:1339681/91‑1 (MQ=255) ttGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCt > 1:2183096/1‑91 (MQ=255) taacttttaataggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACt > 1:2863390‑M1/52‑91 (MQ=255) aaaTTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAAgtagacacttaaaaagtgcaatat < 1:3877029‑M1/91‑25 (MQ=255) aaaTTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAAgtagacacttaaaaagtgcaatat < 1:3877069‑M1/91‑25 (MQ=255) aaaTTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACt > 1:1535010‑M2/1‑90 (MQ=255) aacttttcataggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtt > 1:1964170‑M1/51‑91 (MQ=255) aaTTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtt < 1:2404490‑M2/91‑3 (MQ=255) aaTTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtt > 1:1053669‑M2/1‑89 (MQ=255) aaTTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtt > 1:2743842‑M2/1‑89 (MQ=255) aaTTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtt < 2:2066100‑M2/91‑3 (MQ=255) aaTTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtt < 2:2659310‑M2/91‑3 (MQ=255) aTTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAAgtagacacttaaaaagtgcaatattt < 2:3839021‑M1/91‑27 (MQ=255) aTTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAAgtagacacttaaaaagtgcaatattt < 1:558845‑M1/91‑27 (MQ=255) aTTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAAgtagacacttaaaaagtgcaatattt < 1:3026452‑M1/91‑27 (MQ=255) aTTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACttt < 2:3872951‑M2/91‑4 (MQ=255) aTTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACttt < 2:2170957‑M2/91‑4 (MQ=255) tAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtttat < 1:3896529‑M2/91‑6 (MQ=255) gCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAAgtagacacttaaaaagtgcaatatttatagg < 1:1118302‑M1/91‑32 (MQ=255) gTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtttataggga < 1:2114681‑M2/91‑11 (MQ=255) ttaattaaATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtttatagggag > 1:334893‑M2/1‑80 (MQ=255) ttaaATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtttatagggagcata < 2:1157089‑M2/91‑16 (MQ=255) ttaaATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtttatagggagcata < 1:664854‑M2/91‑16 (MQ=255) aaataaatTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATAtt > 1:738059/1‑91 (MQ=255) aaataaatTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATAtt > 1:1580089/1‑91 (MQ=255) aataaatTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATAttt > 2:3174691/1‑91 (MQ=255) ataaatTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTg < 1:835239/91‑1 (MQ=255) ataaatTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTg > 1:172432/1‑91 (MQ=255) ataaatTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTCATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTg > 2:3886794/1‑91 (MQ=255) taaatTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGa > 1:692377/1‑91 (MQ=255) aatTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATa < 2:2505237/91‑1 (MQ=255) aatTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATa < 1:1276540/91‑1 (MQ=255) aatTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATa < 1:3595965/91‑1 (MQ=255) ttACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCATATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACt > 1:3327500/1‑91 (MQ=255) tACAATCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAAgtagacacttaaaaagtgcaatgtttatagggagcatatcaatcttaa < 2:2842948‑M1/91‑49 (MQ=255) aCAAGCTAAAAGAATAGATAAGCTTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTACGTGTCTACTTTATAGGGAGCATGTTTGATACTAg > 2:1334366/1‑91 (MQ=255) cAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGc > 2:3952179/1‑91 (MQ=255) cAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGc > 2:2867599/1‑91 (MQ=255) cAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGc < 2:885941/91‑1 (MQ=255) cAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGc > 2:1550989/1‑91 (MQ=255) gCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCttt > 2:1105991/1‑91 (MQ=255) cTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCtttt > 1:2701327/1‑91 (MQ=255) aaaaGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTgg < 2:238563/91‑1 (MQ=255) aaaaGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTACAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTgg > 1:3509033/1‑91 (MQ=255) aaGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGtt < 2:1715096/91‑1 (MQ=255) aGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGttt < 2:1048354/91‑1 (MQ=255) ataGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGtttttt > 2:3721405/1‑91 (MQ=255) ataGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGtttttt > 1:572776/1‑91 (MQ=255) ataGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGtttttt > 1:2033728/1‑91 (MQ=255) taGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTtta > 2:3618986/1‑91 (MQ=255) taGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTtta > 1:1686644/1‑91 (MQ=255) gTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTttatt > 2:3382502/1‑91 (MQ=255) gTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTATGGTTTTttatt > 2:3293581/1‑91 (MQ=255) ttAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTttatta > 1:2815118/1‑91 (MQ=255) tAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAg < 1:89323/91‑1 (MQ=255) tAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAg > 1:1669738/1‑91 (MQ=255) gATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAAt > 1:1852534/1‑91 (MQ=255) aTTGATATGCTCCCTATAAATATTGCCCTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATa > 2:2240849/1‑91 (MQ=255) ttGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTATGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAg < 1:3243251/91‑1 (MQ=255) ttGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAg < 2:900875/91‑1 (MQ=255) ttGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAg < 1:1829805/91‑1 (MQ=255) ttGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAg < 2:1196580/91‑1 (MQ=255) tGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGa < 2:241889/91‑1 (MQ=255) ATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTAc > 1:1772906‑M1/1‑91 (MQ=255) ATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTAc < 1:1004919‑M1/91‑1 (MQ=255) ATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTGTGGTTTTTTATTAGAATAGATTAc > 2:2611312‑M1/1‑91 (MQ=255) tGCTCCCTATAAAgtagacacttaaaaagtgcaatatttatagggagcatatcaatcttaactatacttttagcttgtaatttatttaatt < 1:2154973‑M1/91‑79 (MQ=255) TGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTAcc > 2:3782488‑M1/1‑91 (MQ=255) TGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTAcc > 2:773372‑M1/1‑91 (MQ=255) TGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTAcc < 1:1978100‑M1/91‑1 (MQ=255) gCTCCCTATAAAgtagacacttaaaaagtgcaatatttatagggagcatatcaatcttaactatacttttagcttgtaatttatttaatta < 2:3650526‑M1/91‑80 (MQ=255) TCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTAt < 1:1195422‑M1/91‑1 (MQ=255) cccTATAAAgtagacacttaaaaagtgcaatatttatagggagcatatcaatcttaactatacttttagcttgtaatttatttaattaacg < 1:3962895‑M1/91‑83 (MQ=255) ccTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtttatagggagcatatcaatcttaactatacttttagcttgtaatttatttaattaacgc < 1:1118496‑M2/91‑61 (MQ=255) cTATAAAgtagacacttaaaaagtgcaatatttatagggagcatatcaatcttaactatacttttagcttgtaatttatttaattaacgct < 2:1515019‑M1/91‑85 (MQ=255) CTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTaa > 2:308126‑M1/1‑91 (MQ=255) TAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAg < 1:3765915‑M1/91‑1 (MQ=255) aaaTATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtttatagggagcatatcaatcttaactatacttttagcttgtaatttatttaattaacgcttaat < 2:3839043‑M2/91‑66 (MQ=255) aagtagacacttaaaaagtgcaatatttatagggagcatatcaatcttaactatacttttagcttgtaatttatttaattaacgcttaatt > 2:2027033‑M1/1‑2 (MQ=255) aagtagacacttaaaaagtgcaatatttatagggagcatatcaatcttaactatacttttagcttgtaatttatttaattaacgcttaatt > 2:587163‑M1/1‑2 (MQ=255) aaTATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtttatagggagcatatcaatcttaactatacttttagcttgtaatttatttaattaacgcttaatt < 2:1464558‑M2/91‑67 (MQ=255) aaTATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtttatagggagcatatcaatcttaactatacttttagcttgtaatttatttaattaacgcttaatt < 2:1712279‑M2/91‑67 (MQ=255) AATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATCGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGtt < 1:466606‑M1/91‑1 (MQ=255) AATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGtt < 1:2319914‑M1/91‑1 (MQ=255) AATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGtt < 1:1486169‑M1/91‑1 (MQ=255) agtagacacttaaaaagtgcaatatttatagggagcatatcaatcttaactatacttttagcttgtaatttatttaattaacgcttaattt > 2:2760249‑M1/1‑1 (MQ=255) agtagacacgtaaaaagtgcaatatttatagggagcatatcaatcttaactatacttttagcttgtaatttatttaattaacgcttaattt < 1:3797646‑M1/91‑91 (MQ=255) | TTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTA > USA300TCH1516_ALE/1292409‑1292589 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |