| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1292499 | 158 (0.780) | 18 (0.110) | 7/128 | NT | 12.2% | intergenic (+53/‑333) | infB/rbfA | Translation initiation factor IF‑2/Ribosome‑binding factor A |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1292522 | 134 (0.820) | intergenic (+76/‑310) | infB/rbfA | Translation initiation factor IF‑2/Ribosome‑binding factor A | |||||
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
GAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACATGATTTTGTA > USA300TCH1516_ALE/1292432‑1292612 | taacttttaataggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACt > 1:1012720‑M1/52‑91 (MQ=255) aaaTTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTACGTGTCTACt < 1:3797646‑M2/91‑2 (MQ=255) aaaTTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACt > 2:2760248‑M2/1‑90 (MQ=255) aaaTTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACt > 1:1535086‑M2/1‑90 (MQ=255) aacttttgataggtaatctattctaataaaaaaccaaacgctagtatcaaATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtt > 1:1964153‑M1/51‑91 (MQ=255) tttaataggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTtata > 2:2384392‑M1/47‑91 (MQ=255) taataggtaatataatctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAgg > 2:1898254‑M1/45‑91 (MQ=255) gCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtttatagg < 1:847719‑M2/91‑9 (MQ=255) gCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtttatagg > 2:3626220‑M2/1‑83 (MQ=255) cGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtttataggg < 1:3962895‑M2/91‑10 (MQ=255) cGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtttataggg > 2:2905701‑M2/1‑82 (MQ=255) aataggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAggg > 2:731433‑M1/44‑91 (MQ=255) ttaattaaATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtttatagggag > 1:334893‑M2/1‑80 (MQ=255) taattaaATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtttatagggagc < 1:1978670‑M2/91‑13 (MQ=255) aaataaatTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATAtt > 1:306878/1‑91 (MQ=255) aaataaatTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATAtt > 1:160700/1‑91 (MQ=255) aaataaatTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATAtt > 1:1580089/1‑91 (MQ=255) aataaatTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATAttt > 1:1152183/1‑91 (MQ=255) ataaatTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTCATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTg > 2:3887860/1‑91 (MQ=255) taaatTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGa > 2:2587581/1‑91 (MQ=255) taaatTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGa > 2:2257641/1‑91 (MQ=255) aatTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATa > 1:692329/1‑91 (MQ=255) aatTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATa < 1:3595965/91‑1 (MQ=255) aatTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATa > 1:145988/1‑91 (MQ=255) ttACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACt < 2:3727238/91‑1 (MQ=255) tACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTa > 1:1081249/1‑91 (MQ=255) cAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGc > 2:3952179/1‑91 (MQ=255) cAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGc > 2:2867565/1‑91 (MQ=255) gCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCttt > 2:1105991/1‑91 (MQ=255) gCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCttt < 1:2790674/91‑1 (MQ=255) cTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCtttt < 2:2398550/91‑1 (MQ=255) cTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCtttt > 1:2701327/1‑91 (MQ=255) cTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCtttt > 1:3713628/1‑91 (MQ=255) cTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCtttt > 2:2833467/1‑91 (MQ=255) tAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTg > 2:128801/1‑91 (MQ=255) tAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTg < 1:2052560/91‑1 (MQ=255) aaaGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGt < 2:2487055/91‑1 (MQ=255) aGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGttt > 1:80506/1‑91 (MQ=255) aGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGttt < 2:1048354/91‑1 (MQ=255) taGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTtta > 1:1686644/1‑91 (MQ=255) aGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTttat > 2:3880136/1‑91 (MQ=255) aGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACCTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTttat > 1:2127065/1‑91 (MQ=255) gTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTttatt > 2:3382502/1‑91 (MQ=255) gTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTttatt > 1:2844575/1‑91 (MQ=255) ttAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTttatta > 2:2223415/1‑91 (MQ=255) ttAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTCTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTttatta > 2:3475574/1‑91 (MQ=255) tAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAg < 1:713863/91‑1 (MQ=255) aGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGaa < 1:3019976/91‑1 (MQ=255) aTTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATa < 2:2022317/91‑1 (MQ=255) ttGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTATGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAg < 1:3243251/91‑1 (MQ=255) ttGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAg < 2:901446/91‑1 (MQ=255) ttGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAg < 1:2397906/91‑1 (MQ=255) tGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGa < 2:241889/91‑1 (MQ=255) gATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGAt > 1:1965744/1‑91 (MQ=255) TATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTa > 1:185110‑M1/1‑91 (MQ=255) ATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTAc < 1:1004919‑M1/91‑1 (MQ=255) ATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTAc > 1:1772906‑M1/1‑91 (MQ=255) ATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTAc > 2:326172‑M1/1‑91 (MQ=255) ATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTAc < 1:2412635‑M1/91‑1 (MQ=255) TGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTAcc > 2:3782488‑M1/1‑91 (MQ=255) TGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTAcc > 2:773372‑M1/1‑91 (MQ=255) TGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTAcc < 1:2166279‑M1/91‑1 (MQ=255) 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AATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGtt < 2:152336‑M1/91‑1 (MQ=255) AATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGtt < 2:2128370‑M1/91‑1 (MQ=255) atatTGCACTTTTTAAGTGTCTACtttatagggagcatatcaatcttaactatacttttagcttgtaatttatttaattaacgcttaattt < 1:3877048‑M2/91‑68 (MQ=255) tatTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTAc > 1:3323941/1‑91 (MQ=255) tatTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTAc > 1:584008/1‑91 (MQ=255) ttGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGt < 2:2190289/91‑1 (MQ=255) gCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTta < 2:2644621/91‑1 (MQ=255) tttttAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATg > 1:2287093/1‑91 (MQ=255) ttttAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATgg < 2:55227/91‑1 (MQ=255) tttAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGa > 2:1392622/1‑91 (MQ=255) ttAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGAc < 2:1767586/91‑1 (MQ=255) aaGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACAt > 1:1340946/1‑91 (MQ=255) aaGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACAt > 2:3063626/1‑91 (MQ=255) aGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACATg > 1:658306/1‑91 (MQ=255) aGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACATg < 1:948590/91‑1 (MQ=255) aGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTCGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACATg > 2:3675131/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |