| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1361472 = | 162 (0.800) | 14 (0.080) | 8/140 | NT | 8.7% | intergenic (+11/+282) | USA300HOU_RS06765/USA300TCH1516_01271 | Putative phosphatase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1361520 = | 153 (0.860) | intergenic (+59/+234) | USA300HOU_RS06765/USA300TCH1516_01271 | Putative phosphatase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 295 total aligned reads displayed.
AACTTAAGCAATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGGTTAAGGCTTTTTATTTTTGTGAAAATGACTTCAGTTATACTATGGAGGATTT > USA300TCH1516_ALE/1361382‑1361562 | tttactctattcgtttgatatcattactaatctaaaatatgtatttcaaatcctccatagtataactgaagtcattttcacaaaaataaaa > 1:1963989‑M1/91‑91 (MQ=255)tttactctattcgcttgatatcattactaatctaaaatatgtatttcaaatcctccatagtataactgaagtcattttcacaaaaataaaa < 2:880162‑M1/1‑1 (MQ=255)aaCTTAAGCAATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATA < 1:3716082‑M1/91‑1 (MQ=255)aaCTTAAGCAATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATA > 1:795022‑M1/1‑91 (MQ=255)aaCTTAAGCAATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATA > 2:1019143‑M1/1‑91 (MQ=255)aaCTTAAGCAATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATA > 2:2123240‑M1/1‑91 (MQ=255) ttactctattcgtttgatatcattactaatctaaaatatgtatttcaaatcctccatagtataactgaagtcattttcacaaaaataaaaa < 2:2542607‑M1/2‑1 (MQ=255) aCTTAAGCAATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAA > 1:2576729‑M1/1‑91 (MQ=255) ctctattcgcttgatatcattactaatctaaaatatgtatttcaaatcctccatactataaccgcagtcattttcacaaaaataaaAAGcc < 2:2272407‑M1/5‑1 (MQ=255) aaGCAATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCT < 2:3459627‑M1/91‑1 (MQ=255) aaGCAATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCT < 1:2033509‑M1/91‑1 (MQ=255) aGCAATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTT > 2:3902910‑M1/1‑91 (MQ=255) aGCAATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTT > 2:2084372‑M1/1‑91 (MQ=255) aGCAATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTT > 1:1613395‑M1/1‑91 (MQ=255) aGCAATATGCAAATGAAGTTACGTTGCATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTT > 2:2235866‑M1/1‑91 (MQ=255) tattcgtttgatatcattactaatctaaaatatgtatttcaaatcctccatagtataactgaagtcattttcacaaaaataaaAAGCCTTa > 1:825818‑M1/84‑91 (MQ=255) attcgtttgatatcattactaatctaaaatatgtatttcaaatcctccatagtataactgaagtcattttcacaaaaataaaAAGCCTTaa < 2:792669‑M1/9‑1 (MQ=255) ttcgtttgatatcattactaatctaaaatatgtatttcaaatcctccatagtataactgaagtcattttcacaaaaataaaAAGCCTTAac > 2:1783510‑M1/82‑91 (MQ=255) atatGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAaca < 1:3110936/91‑1 (MQ=255) tatGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAacac < 2:830758/91‑1 (MQ=255) cAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGa > 2:2287014/1‑91 (MQ=255) aTGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGatat < 1:2426638/91‑1 (MQ=255) tGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATAtt > 2:3808582/1‑91 (MQ=255) gAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATAttt < 1:3652389/91‑1 (MQ=255) aaGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTg < 2:1090282/91‑1 (MQ=255) aGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGa > 2:2739317/1‑91 (MQ=255) ttactaatctaaaatatgtatttcaaatcctccatagtataactgaagtcattttcacaaaaataaaAAGCCTTAACACATGATATTTGaa > 2:1126462‑M1/68‑91 (MQ=255) gTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGaa > 1:1248395/1‑91 (MQ=255) gTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGaa > 1:964339/1‑91 (MQ=255) tACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATa < 2:3482679/91‑1 (MQ=255) aCGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATaa > 1:2709785/1‑91 (MQ=255) aCGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATGTGAATaa > 1:1974296/1‑91 (MQ=255) cGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAg < 1:3416779/91‑1 (MQ=255) cGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAg < 2:1363440/91‑1 (MQ=255) gTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGa > 1:1101681/1‑91 (MQ=255) gTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGa > 1:3826265/1‑91 (MQ=255) gTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCAAAAAAAATAAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGa < 2:1278551/91‑1 (MQ=255) ttGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGat < 2:2492096/91‑1 (MQ=255) gATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATc > 1:1045477/1‑91 (MQ=255) aTCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCt > 1:3614349/1‑91 (MQ=255) cATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTtg > 1:2399746/1‑91 (MQ=255) aTAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTtgt < 1:1598967/91‑1 (MQ=255) aaTGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGg > 1:2164225‑M2/1‑90 (MQ=255) aTGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGgt < 1:3022369‑M2/91‑3 (MQ=255) aTGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGgt > 1:3268252‑M2/1‑89 (MQ=255) tGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACcacaagatatcttattcaaatatcatgtgtt < 2:3708442‑M1/91‑32 (MQ=255) atttcaaatcctccatagtataactgaagtcaatttaacaaaaataaaAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGGTTaa > 2:1167121‑M1/49‑91 (MQ=255) aaaTGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACcacaagatatcttattcaaatatcatgtgttaag < 1:2386102‑M1/91‑35 (MQ=255) tcaaatcctccatagtataactgaagtcattttcacaaaaataaaAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGGTTAAGGc > 2:3184477‑M1/46‑91 (MQ=255) aTGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGgttaaggc < 1:1383304‑M2/91‑9 (MQ=255) tGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGgttaaggct < 2:2222248‑M2/91‑10 (MQ=255) ggTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGgttaaggctt > 2:2369339‑M2/1‑81 (MQ=255) aaatcctccatagtataactgaagtcattttcacaaaaataaaAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGGTTTAGGCtt > 1:3073976‑M1/44‑91 (MQ=255) gTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGGTTAAGGCttt > 1:2950813/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |