| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1443204 = | 222 (1.090) | 31 (0.250) +CAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATC |
10/100 | NT | 18.4% | coding (224/393 nt) | USA300TCH1516_01342 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1803072 = | NA (NA) | coding (796/807 nt) | USA300HOU_RS12765 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
TCCCAATTATAATTCTTCATAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAACTATATCTATCATTACGGTATGCATATCTTTTAAAACCTATTCTTTTGTTATTAGGACATA > USA300TCH1516_ALE/1443114‑1443294 | cccAATTATAATTCTTCATAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATcaca > 2:2344756/1‑91 (MQ=38) cccAATTATAATTCTTCATAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATcaca < 1:3280359/91‑1 (MQ=39) aaTTAGAATTCTTCATAATTTTCTTAGTGGATTTCGAAGTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTc < 2:2463438/91‑1 (MQ=255) aTTATAATTCTTCATAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCa > 1:3101534/1‑91 (MQ=39) tataATTCTTCATAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCata < 2:961316/91‑1 (MQ=39) tataATTCTTCATAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCata > 1:1472577/1‑91 (MQ=39) tataATTCTTCATAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCGTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCata < 2:572378/91‑1 (MQ=37) ataATTCTTCATAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCatat > 2:1865695/1‑91 (MQ=39) taATTCTTCATAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCAtata < 1:1676708/91‑1 (MQ=39) taATTCTTCATAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCAtata < 1:442494/91‑1 (MQ=39) aaTTCTTCATAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAg < 1:3036820/91‑1 (MQ=39) aaTTCTTCATAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAg < 2:2083851/91‑1 (MQ=38) aTTCTTCATAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGc > 2:3637208/1‑91 (MQ=40) ttcttcATAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCt < 1:3681427/91‑1 (MQ=40) ttcttcATAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCt > 2:2632257/1‑91 (MQ=255) tcttcATAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCtt < 2:1827471/91‑1 (MQ=255) cttcATAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTg < 1:2536320/91‑1 (MQ=255) tcATAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGaa < 2:2430034/91‑1 (MQ=255) aaTTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCa < 2:2212200/91‑1 (MQ=40) aaTTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCa > 1:2404514/1‑91 (MQ=255) aaTTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCa < 2:2498907/91‑1 (MQ=255) aTTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCAc > 1:451431/1‑91 (MQ=255) ttttCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACg < 2:278226/91‑1 (MQ=255) ttttCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACg < 1:1303323/91‑1 (MQ=255) tttCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGt > 2:1688325/1‑91 (MQ=255) tttCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGt > 2:1553544/1‑91 (MQ=255) atttctatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtacagctcgttgCATTCATATAGCTTGAAGTCACGtt < 2:86942‑M1/25‑1 (MQ=255) tCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGttt > 2:301267/1‑91 (MQ=255) cTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTa < 1:2191315/91‑1 (MQ=255) cTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTa < 2:1087706/91‑1 (MQ=255) tctatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtacagctcgttgCATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTaa < 2:622074‑M1/28‑1 (MQ=255) tATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTaaa > 1:362377/1‑91 (MQ=255) aTTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTaaaa > 1:1055903/1‑91 (MQ=255) aTTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTaaaa > 1:2215538/1‑91 (MQ=255) atcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtacagctcgttgCATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAAc < 1:2038455‑M1/31‑1 (MQ=255) tcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtacagctcgttgCATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAacc < 2:3131967‑M1/32‑2 (MQ=255) tcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtacagctcgttgCATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAacc < 2:1470673‑M1/32‑2 (MQ=255) tcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtacagctcgttgCATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAacc < 1:1625018‑M1/32‑2 (MQ=255) tCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAACTAtatct > 2:1540755/1‑91 (MQ=255) tCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAACTAtatct > 2:1451306/1‑91 (MQ=255) cGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCCTATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAACTAtatcta > 1:2721391/1‑91 (MQ=255) gAATTTGGCTACATGCATGGATGTCTCAAAGCACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGCTTAAAACTAtatctat > 2:2893977/1‑91 (MQ=14) aaTTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAACTAtatctatc > 2:854765/1‑91 (MQ=255) aaTTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAACTAtatctatc < 1:2861901/91‑1 (MQ=255) tttGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTGAAACTATATCTATCAt > 2:3776314/1‑91 (MQ=255) tttGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAACTATATCTATCAt > 2:1593798/1‑91 (MQ=255) tttGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAACTATATCTATCAt > 2:137662/1‑91 (MQ=255) ttGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAACTAtatctatccat > 1:3342742/1‑88 (MQ=255) ttGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAACTATATCTATCAtt < 2:3222311/91‑1 (MQ=255) ttGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAACTATATCTATCAtt < 1:1726819/91‑1 (MQ=255) ttGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACAGGATGAACAGTCACCACATTCAGATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAACTATATCTATCAtt < 1:3163100/91‑1 (MQ=255) ggCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAACTATATCTATCATTAc < 1:820322/91‑1 (MQ=255) gCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAACTATATCTATCATTACg < 2:630161/91‑1 (MQ=255) gCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAACTATATCTATCATTACg > 1:2954515/1‑91 (MQ=255) 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atcaCATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAACTATATCTATCATTACGGTATGCATATCTTTTAAAACCTATTCTTTTGTTATTAGGa < 1:3606534/91‑1 (MQ=255) tcaCATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAACTATATCTATCATTACGGTATGCATATCTTTTAAAACCTATTCTTTTGTTATTAGGAc > 2:166435/1‑91 (MQ=255) caTTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAACTATATCTATCATTACGGTATGCATATCTTTTAAAACCTATTCTTTTGTTATTAGGACata > 1:2291348/1‑91 (MQ=39) caTTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAACTATATCTATCATTACGGTATGCATATCTTTTAAAACCTATTCTTTTGTTATTAGGACata > 1:2114551/1‑91 (MQ=39) caTTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAACTATATCTATCATTACGGTATGCATATCTTTTAAAACCTATTCTTTTGTTATTAGGACata < 1:2031149/91‑1 (MQ=39) caTTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAACTATATCTATCATTACGGTATGCATATCTTTTAAAACCTATTCTTTTGTTATTAGGACata > 1:1103260/1‑91 (MQ=39) | TCCCAATTATAATTCTTCATAATTTTCTTATTGGATTTCGAATTTGGCTTCATGCATTGATGTCTCAAAGAACATGATGAACAGTCATCACATTCATATAGCTTGAAGTCACGTTTAAAACTATATCTATCATTACGGTATGCATATCTTTTAAAACCTATTCTTTTGTTATTAGGACATA > USA300TCH1516_ALE/1443114‑1443294 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |