| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1443204 = | 222 (1.090) | 31 (0.250) +CAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATC |
10/100 | NT | 18.4% | coding (224/393 nt) | USA300TCH1516_01342 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1803072 = | NA (NA) | coding (796/807 nt) | USA300HOU_RS12765 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
TTATGTACTTAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCT > USA300TCH1516_ALE/1802982‑1803142 | tATGTACTTAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTaa > 2:1078646/1‑91 (MQ=255) tGTACTTAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTaaaa > 2:628545/1‑91 (MQ=255) tACTTAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTaaaaaa > 1:408907/1‑91 (MQ=255) aCTTAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTATAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAg < 2:2405456/91‑1 (MQ=255) cTTAAGATATAAACGTATCGCTGCTATATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGc > 2:480268/1‑91 (MQ=255) cTTAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACCACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAACTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGc > 2:3001013/1‑91 (MQ=255) cTTAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGc > 2:149210/1‑91 (MQ=255) tAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTg < 1:2664931/91‑1 (MQ=255) aaGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGa < 2:1228287/91‑1 (MQ=255) aGATATAAACGTATCGCTGCTTAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGAt < 1:1875736/91‑1 (MQ=255) aGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGAt < 1:1098287/91‑1 (MQ=255) aGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGAt < 1:728491/91‑1 (MQ=255) aGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGAt > 1:2307380/1‑91 (MQ=255) gATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGAtt < 1:3609071/91‑1 (MQ=255) atatAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGAttt < 2:831007/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |