New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1494261 | 164 (0.810) | 8 (0.040) | 5/150 | NT | 5.4% | coding (7763/31266 nt) | ebh_1 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1494291 | 124 (0.650) | coding (7733/31266 nt) | ebh_1 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
ACAGAACTTTGTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAG > USA300TCH1516_ALE/1494171‑1494351 | acaGAACTTTGTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTACTGCTTTAGCTTGATCAATCTTCGTTT > 2:3786388‑M1/1‑91 (MQ=255) aGAACTTTGTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTtgt > 2:3019385/1‑91 (MQ=255) aGAACTTTGTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTtgt > 2:1392301/1‑91 (MQ=255) gatcTTTGTAAGTTATTTTTAGACGTTACTGATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTtgtg < 2:414782/88‑1 (MQ=255) gAACTTTGTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTtgtg < 1:1143341/91‑1 (MQ=255) gAACTTTGTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTtgtg < 1:3620144/91‑1 (MQ=255) aaCTTTGTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGtgc > 2:2291943/1‑91 (MQ=255) aaCTTTGTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGtgc > 1:814772/1‑91 (MQ=255) aaCTTTGTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGtgc < 2:3126513/91‑1 (MQ=255) cTTTGTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGtgctg < 1:2578975/91‑1 (MQ=255) ttGTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCa < 2:1100146/91‑1 (MQ=255) gTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACg > 1:2894121/1‑91 (MQ=255) gTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACg < 1:2352638/91‑1 (MQ=255) aaGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGaa < 1:629995/91‑1 (MQ=255) aGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAAc > 2:3521772/1‑91 (MQ=255) aGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAAc > 2:3548305/1‑91 (MQ=255) ttATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACTAACta < 1:1450368/91‑2 (MQ=255) ttATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACTAACta < 1:572714/91‑2 (MQ=255) ttATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACtt < 1:2967914/91‑1 (MQ=255) tATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACttt < 2:3057520/91‑1 (MQ=255) tATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACttt > 2:1557552/1‑91 (MQ=255) aTTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACTAACtaaa < 2:2646365/91‑4 (MQ=255) aTTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACTAACtaaa < 2:537299/91‑4 (MQ=255) tttttAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACTAACtaaag < 2:668210/91‑5 (MQ=255) tttttAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTttag < 1:471715/91‑1 (MQ=255) tttttAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTttag > 2:3596911/1‑91 (MQ=255) tttttAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTGTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACTAACtaaag < 1:3515583/91‑5 (MQ=255) ttttAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTttagt > 2:3554206/1‑91 (MQ=255) tttAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTttagtt < 1:271247/91‑1 (MQ=255) tAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTttagttag < 2:711244/91‑1 (MQ=255) gACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTg < 2:865334/91‑1 (MQ=255) gACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTg < 1:2655832/91‑1 (MQ=255) gACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTg < 2:3899992/91‑1 (MQ=255) gACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTg > 2:3498560/1‑91 (MQ=255) aCGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGc < 1:1301206/91‑1 (MQ=255) cGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCg > 1:1603298/1‑91 (MQ=255) gTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGt < 2:1703066/91‑1 (MQ=255) gTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGt < 1:3106731/91‑1 (MQ=255) gTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGt < 1:2949285/91‑1 (MQ=255) tACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGGTTGATCAAGCTTTGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCa < 1:3149601/91‑1 (MQ=255) aCTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTctgacgcactaactaaagttcgtgcagcac < 2:2109734‑M1/91‑31 (MQ=255) aCTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTctgacgcactaactaaagttcgtgcagcac < 1:2403673‑M1/91‑31 (MQ=255) aCTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAg < 1:2551879/91‑1 (MQ=255) aCTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAg > 2:403783/1‑91 (MQ=255) aCTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAg < 1:954698/91‑1 (MQ=255) aCTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAg < 1:1573857/91‑1 (MQ=255) cTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTctgacgcactaactaaagttcgtgcagcaca < 1:2886154‑M1/91‑32 (MQ=255) tAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaa > 1:175186‑M2/1‑89 (MQ=255) tAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaa > 2:127663‑M2/1‑89 (MQ=255) aTTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaac < 2:1401727‑M2/91‑5 (MQ=255) tGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACtt > 1:1731376/1‑91 (MQ=255) ggCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACttg < 2:506442/91‑1 (MQ=255) ggCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACCTTAGTTAGTGCGTCAGAAACttg > 1:1178076/1‑91 (MQ=255) cTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACttgtt > 1:859336/1‑91 (MQ=255) cTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACttgtt < 1:1912289/91‑1 (MQ=255) cTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACttgtt > 2:2669898/1‑91 (MQ=255) tattatCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACttgttg > 2:1769115/1‑91 (MQ=255) tattatCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACttgttg > 1:2873450/1‑91 (MQ=255) tattatCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACttgttg < 1:106540/91‑1 (MQ=255) attatCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTtgttgt > 1:1024705/1‑91 (MQ=255) ttatCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTtgtg > 2:3127959/1‑91 (MQ=255) atCTTCTTTATTTTGAGGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTgtggt < 2:1191050/91‑1 (MQ=255) cttTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGc < 1:3857597/91‑1 (MQ=255) ttATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCAc < 1:87777/91‑1 (MQ=255) ttttttTATGTAATGCTTGAGCTTGATCAAAGTTAGTTTGTGCTGCACGAAATTTAGTTATTGCGTCTGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACg < 2:1022670/89‑1 (MQ=255) tATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTctgacgcactaactaaagttcgtgcagcacaaactaagattgatcaagctaa < 1:3127887‑M1/91‑53 (MQ=255) ttttGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCt < 2:3345585/91‑1 (MQ=255) tttGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTc < 2:1897950/91‑1 (MQ=255) tttGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTc < 1:1656514/91‑1 (MQ=255) ttaaaaGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTc < 1:2524663/87‑1 (MQ=255) ttGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCa > 1:708369/1‑91 (MQ=255) ttGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCa > 1:3827762/1‑91 (MQ=255) ttGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCa < 2:2795940/91‑1 (MQ=255) gAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCatt > 1:2083298/1‑91 (MQ=255) tgTAATGCTTTAGCTTGATGAATCTGAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGGTGGTGCGTCAGAATCTTGTTGTGGTGTTGCAGGCTCattat < 2:311259/90‑1 (MQ=255) aGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCattat > 2:911200/1‑91 (MQ=255) tAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCAttatta > 1:1480038/1‑91 (MQ=255) aaTGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTaa > 1:2168022/1‑91 (MQ=255) 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ttGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTtgttgt > 1:3775487/1‑91 (MQ=255) aTCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCt > 2:2479112/1‑91 (MQ=255) aTCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCt < 2:1176637/91‑1 (MQ=255) tCATTCTCAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAATCTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTATTCTCTTGTTGTGCtt < 2:3504830/91‑1 (MQ=255) tCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCtt < 1:338803/91‑1 (MQ=255) aaTCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCt > 2:879200/1‑91 (MQ=255) cTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaactaagattgatcaagctaaagcattacttcaaaataaagaagataatagc < 1:2309180‑M2/91‑54 (MQ=255) ttAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGttt < 2:2939532/91‑1 (MQ=255) aGTTTctgacgcactaactaaagttcgtgcagcacaaactaagattgatcaagctaaagcattacttcaaaataaagaagataatagccaa > 1:49421‑M1/1‑5 (MQ=255) tttctgacgcactaactaaagttcgtgcagcacaaactaagattgatcaagctaaagcattacttcaaaataaagaagataatagccaatt > 1:3329484‑M1/1‑3 (MQ=255) tttGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGc < 1:2293542/91‑1 (MQ=255) ttGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCa < 2:3203580/91‑1 (MQ=255) tgtgCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaactaagattgatcaagctaaagcattacttcaaaataaagaagataatagccaattag < 1:2418148‑M2/91‑61 (MQ=255) tgtgCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAg < 2:840704/91‑1 (MQ=255) | ACAGAACTTTGTAAGTTATTTTTAGACGTTACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAG > USA300TCH1516_ALE/1494171‑1494351 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |