New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1494261 | 164 (0.810) | 8 (0.040) | 5/150 | NT | 5.4% | coding (7763/31266 nt) | ebh_1 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1494291 | 124 (0.650) | coding (7733/31266 nt) | ebh_1 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
ACTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATCACTTGTTGTGCTTCTGTTTTCGCAGTATTGATTTGTTGTTGCGCATTATGCATTG > USA300TCH1516_ALE/1494201‑1494381 | aCTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAg < 1:2551858/91‑1 (MQ=255) aCTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAg < 1:1573857/91‑1 (MQ=255) aCTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAg < 1:954698/91‑1 (MQ=255) aCTAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGATGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAg < 2:2238972/91‑1 (MQ=255) tAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaa < 2:3276223‑M2/91‑3 (MQ=255) tAATTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaa > 2:127663‑M2/1‑89 (MQ=255) aTTGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGaaac < 2:1401727‑M2/91‑5 (MQ=255) tGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACtt < 1:2884171/91‑1 (MQ=255) tGGCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACtt > 1:1731376/1‑91 (MQ=255) ggCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACttg > 1:490170/1‑91 (MQ=255) gCTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACttgt < 2:3384266/91‑1 (MQ=255) cTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACttgtt > 2:2669812/1‑91 (MQ=255) cTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACttgtt < 1:1912289/91‑1 (MQ=255) cTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACttgtt < 1:1911111/91‑1 (MQ=255) cTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACttgtt > 2:2669898/1‑91 (MQ=255) cTATTATCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACttgtt > 2:40804/1‑91 (MQ=255) tattatCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACttgttg > 2:1768521/1‑91 (MQ=255) tattatCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACttgttg < 1:106540/91‑1 (MQ=255) attatCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTtgttgt > 1:1024705/1‑91 (MQ=255) attatCTTCTTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTtgttgt > 1:2696740/1‑91 (MQ=255) atCTTCTTTATTTTGAGGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTgtggt < 2:1191050/91‑1 (MQ=255) tcttctTTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTgtggtg > 2:701493/1‑91 (MQ=255) ttcttTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGtt < 2:1887972/91‑1 (MQ=255) ttcttTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGtt > 2:3144612/1‑91 (MQ=255) tcttTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTg > 2:396079/1‑91 (MQ=255) cttTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGc < 2:921322/91‑1 (MQ=255) cttTATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGc < 1:3857597/91‑1 (MQ=255) ttATTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCAc < 1:87693/91‑1 (MQ=255) ttttttTATGTAATGCTTGAGCTTGATCAAAGTTAGTTTGTGCTGCACGAAATTTAGTTATTGCGTCTGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACg < 2:1022670/89‑1 (MQ=255) aTTTTGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTCTGCTGCACGACCTTTAGTTACCGCGTCAGAACCATGCTGTGGTGTTGCAccc > 2:1130891/1‑89 (MQ=255) tttGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTc < 1:1656514/91‑1 (MQ=255) tttGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTc < 2:1897950/91‑1 (MQ=255) ttaaaaGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTc < 1:2524663/87‑1 (MQ=255) ttGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCa > 1:708369/1‑91 (MQ=255) ttGAAGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCa > 1:3827762/1‑91 (MQ=255) tGAAGTAATGCATTAGCTTGATCTATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCat < 2:3019702/91‑1 (MQ=255) actaGTAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCat > 1:1403938/4‑91 (MQ=255) tAATGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCAttatta > 1:1480038/1‑91 (MQ=255) aaTGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTaa < 2:351465/91‑1 (MQ=255) aaTGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTaa < 1:3178247/91‑1 (MQ=255) aaTGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTaa > 1:2168022/1‑91 (MQ=255) aaTGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGGTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATCATTaa < 2:1316591/91‑1 (MQ=255) aaTGCCTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTaa < 2:3638809/91‑1 (MQ=255) aTGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAAt < 2:2003542/91‑1 (MQ=255) tGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATc > 1:2083986/1‑91 (MQ=255) tGCTTTAGCTTGATCAATCTTAGTTTGTGCTGCACGAACTTTAGTTAGTGCGTCAGAAACTTGTTGTGGTGTTGCACGCTCATTATTAATc > 1:2002142/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |