| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1614319 = | 217 (1.070) | 17 (0.090) | 8/150 | NT | 8.1% | intergenic (+14/+64) | USA300HOU_RS08000/xerD_3 | hypothetical protein/Tyrosine recombinase XerD |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1614368 = | 181 (0.950) | intergenic (+63/+15) | USA300HOU_RS08000/xerD_3 | hypothetical protein/Tyrosine recombinase XerD | |||||
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
ACATGCGCCGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTGGTTAT > USA300TCH1516_ALE/1614229‑1614408 | ctacccaactctatacacatgtttcgaaatctcaaattagaaaaatgtataaccaatttcatcctagagcataaagtgaacaataactcaa > 1:2892432‑M1/90‑91 (MQ=255) ctacccaactctatacacatgtttcgaaatctcaaattagaaaaatgtataaccaatttcatcctagagcataaagtgaacaataactcaa < 1:1810321‑M1/2‑1 (MQ=255) tGCGCCGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTaaaaaa > 2:2722270/1‑91 (MQ=255) acccaactctatacacatgtttcgaaatctcaaattagaaaaatgtataaccaatttcatcctagagcataaagtgaacaataactcaaaa < 1:3037983‑M1/4‑1 (MQ=255) gcgcCGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAg < 1:683285/91‑1 (MQ=255) cgcCGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGc > 2:2359921/1‑91 (MQ=255) gcCGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGcc > 2:3461362/1‑91 (MQ=255) cGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCcac < 2:1145000/91‑1 (MQ=255) cGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCcac < 1:1006037/91‑1 (MQ=255) cGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCcac < 1:891929/91‑1 (MQ=255) gTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCTAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCcaca < 1:3696589/91‑1 (MQ=255) gATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAAt < 1:809777/91‑1 (MQ=255) tCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAg > 2:1390331/1‑91 (MQ=255) ttCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGcac < 1:2884458/91‑1 (MQ=255) tCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGcaca > 1:1916694/1‑91 (MQ=255) tCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGcaca < 1:1602050/91‑1 (MQ=255) tCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGcaca < 1:2195906/91‑1 (MQ=255) tCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACAAATTTAAAAAAGCCACAATAGcaca > 1:3667970/1‑91 (MQ=255) cAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAAATAAAAAAAGCCACAATAGCACAg < 2:488231/91‑1 (MQ=255) aGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGa < 1:1027574/91‑1 (MQ=255) aaGTGATTGCGGGAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACa < 2:3656838/91‑1 (MQ=255) aaGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACa < 1:2470484/91‑1 (MQ=255) aGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACAt > 1:1310987/1‑91 (MQ=255) gTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACAtt > 2:3028839/1‑91 (MQ=255) tGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACAttt < 2:1744442/91‑1 (MQ=255) tGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACAttt > 2:760239/1‑91 (MQ=255) tGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACAttt > 1:1135250/1‑91 (MQ=255) gATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACAtttt > 2:2351429/1‑91 (MQ=255) gATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACAtttt < 2:578600/91‑1 (MQ=255) aTTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACAttttt > 2:2142396/1‑91 (MQ=255) aTTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACAttttt < 1:3950747/91‑1 (MQ=255) tGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAg > 2:1836230/1‑91 (MQ=255) gcagcaAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGt > 1:471511/1‑91 (MQ=255) agcaAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCa < 2:895706/91‑1 (MQ=255) agcaAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCa < 1:3618937/91‑1 (MQ=255) aagaagaagCGATTCAATTTAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATgtgt > 1:1484164/1‑91 (MQ=255) aagaagaagCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATgtgt > 2:2878155/1‑91 (MQ=255) aagaagaagCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATgtgt > 1:1095091/1‑91 (MQ=255) ttagaaaaatgtataaccaatttcatcctagagcataaagtgaacaataactcAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTa > 1:3519515‑M1/54‑91 (MQ=255) tagaaaaatgtataaccaatttcatcctagagcataaagtgaacaataactcAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTAt > 1:215454‑M1/53‑91 (MQ=255) tagaaaaatgtataaccaatttcatcctagagcataaagtgaacaataactcAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTAt > 2:1960713‑M1/53‑91 (MQ=255) aagaagCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTAtt < 2:697194/91‑1 (MQ=255) aagaagCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTAtt < 2:2976017/91‑1 (MQ=255) aagaagCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTAtt > 2:1728670/1‑91 (MQ=255) agaagCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATtg < 1:1255522/91‑1 (MQ=255) agaagCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATtg > 2:2739309/1‑91 (MQ=255) agaagCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATtg < 1:3841100/91‑1 (MQ=255) agaagCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATtg > 1:3837135/1‑91 (MQ=255) agaagCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTACTCATGTGTATtg > 2:3289317/1‑91 (MQ=255) gaagCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATtgt < 2:1456293/91‑1 (MQ=255) gaagCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATtgt < 2:357869/91‑1 (MQ=255) gaagCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATtgt < 2:777952/91‑1 (MQ=255) gaagCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATtgt < 1:995157/91‑1 (MQ=255) gaagCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATtgt < 2:2992924/91‑1 (MQ=255) gaagCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAAGCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATtgt < 2:398233/91‑1 (MQ=255) aagCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATtgtg > 1:2055559/1‑91 (MQ=255) aagCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATtgtg > 2:2414954/1‑91 (MQ=255) agCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGa > 2:1325108/1‑91 (MQ=255) gCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGAc > 2:3705131/1‑91 (MQ=255) cGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACt > 1:3820555/1‑91 (MQ=255) cGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACt > 1:1472972/1‑91 (MQ=255) aTTCAATTAAGAAAACATAGACGTAAGTAATCGACCAATTTAAAAAAGCCGCGATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACttt < 2:144981/91‑1 (MQ=255) 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tttAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTgg > 1:933254/1‑91 (MQ=255) ttAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTGGt < 2:3897923/91‑1 (MQ=255) ttAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTGGt < 1:2427644/91‑1 (MQ=255) tAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTGGtt > 1:3572483/1‑91 (MQ=255) tAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTGGtt < 1:2274053/91‑1 (MQ=255) aaaaaaGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTGGTta < 1:2227956/91‑1 (MQ=255) | ACATGCGCCGTGATCGTTCAGAAGTGATTGCAGCAAAAGAAGAAGCGATTCAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTGGTTAT > USA300TCH1516_ALE/1614229‑1614408 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |