New junction evidence | |||||||||||
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1614319 = | 217 (1.070) | 17 (0.090) | 8/150 | NT | 8.1% | intergenic (+14/+64) | USA300HOU_RS08000/xerD_3 | hypothetical protein/Tyrosine recombinase XerD |
? | USA300TCH1516_ALE | 1614368 = | 181 (0.950) | intergenic (+63/+15) | USA300HOU_RS08000/xerD_3 | hypothetical protein/Tyrosine recombinase XerD |
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
CAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTGGTTATACATTTTTCTAATTTGAGATTTCGAAACATGTGTATAGAGTTGGGTAGTA > USA300TCH1516_ALE/1614279‑1614458 | cAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGa > 1:1147880/1‑91 (MQ=255) cAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGa < 2:432893/91‑1 (MQ=255) cAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGa > 1:2533718/1‑91 (MQ=255) cAATTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGa > 2:2688248/1‑91 (MQ=255) aaTTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAg > 1:598919/1‑91 (MQ=255) aTTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGt < 1:2691408/91‑1 (MQ=255) aTTAAGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGt < 1:2221604/91‑1 (MQ=255) aaGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTAt < 2:103585/91‑1 (MQ=255) aGAAAACATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTAtt > 1:3510403/1‑91 (MQ=255) aaaaCATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGt < 1:628320/91‑1 (MQ=255) aaaCATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGtt < 1:2672631/91‑1 (MQ=255) aaaCATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGtt < 1:2342698/91‑1 (MQ=255) aCATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCa > 2:3369753/1‑91 (MQ=255) cATAGACGTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCAc < 1:3660688/91‑1 (MQ=255) 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gTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGc < 2:1241807/91‑1 (MQ=255) gTAATTAATCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGc < 2:3331002/91‑1 (MQ=255) attaatCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGctct > 1:1666926/1‑91 (MQ=255) attaatCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGctct > 2:3309982/1‑91 (MQ=255) atCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGa > 2:83615/1‑91 (MQ=255) tCAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGAt < 1:1360223/91‑1 (MQ=255) cAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATg > 2:1249355/1‑91 (MQ=255) cAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATg > 2:1064382/1‑91 (MQ=255) cAACCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTAGTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATg < 2:3256034/91‑1 (MQ=255) aCCACTTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGaa < 1:3297475/91‑1 (MQ=255) aCCAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGaa > 2:4086/1‑91 (MQ=255) ccAATTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGaaa < 1:3128654/91‑1 (MQ=255) aaTTTAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAAtt > 2:2916946/1‑91 (MQ=255) tttAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATTGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTgg > 1:3250621/1‑91 (MQ=255) tttAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATTTTTAGTCATGTGTATTGTGACTTTTGAGTTATAGTTCACTTTATGCTCTAGGATGAAATTgg > 1:2188193/1‑91 (MQ=255) tttAAAAAAGCCACAATAGCACAGACATATTTAGTCATGTGTATAGTGACTATTGAGTTATTGTTCACTCTATGCTCTAGGATGAAATTgg > 2:762390/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |