| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1689934 | 183 (0.900) | 11 (0.060) | 9/150 | NT | 5.5% | intergenic (‑69/+67) | dnaJ/dnaK | Chaperone protein DnaJ/Chaperone protein DnaK |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1689961 | 205 (1.070) | intergenic (‑96/+40) | dnaJ/dnaK | Chaperone protein DnaJ/Chaperone protein DnaK | |||||
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
CATAATAATCTCTTTTGGCCACAGCTATCTCTCCTTTTCTTAATTAACTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGCCAAAGCCAATGTTCTATTGACTTTGACTTTTCAGATCATGACAACATTCTAATTGTATTGTTTAATTATTTTTTGTCGTCGTCTTTTAC > USA300TCH1516_ALE/1689844‑1690024 | ataataATCTCTTTTGGCCACAGCTATCTCTCCTTTTCTTAATTAACTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAaaagc > 1:439542/1‑91 (MQ=255) ataataATCTCTTTTGGCCACAGCTATCTCTCCTTTTCTTAATTAACTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAaaagc < 2:1510955/91‑1 (MQ=255) aataatCTCTTTTGGCCACAGCTATCTCTCCTTTTCTTAATTAACTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAaaagcca < 1:1601725/91‑1 (MQ=255) ataatCTCTTTTGGCCACAGCTATCTCTCCTTTTCTTAATTAACTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAaaagccaa > 2:1636302/1‑91 (MQ=255) taatCTCTTTTGGCCACAGCTATCTCTCCTTTTCTTAATTAACTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAaaagccaaa < 1:3854758/91‑1 (MQ=255) taatCTCTTTTGGCCACAGCTATCTCTCCTTTTCTTAATTAACTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAaaagccaaa < 2:3350818/91‑1 (MQ=255) aatCTCTTTTGGCCACAGCTATCTCTCCTTTTCTTAATTAACTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAaaagccaaag > 1:498037/1‑91 (MQ=255) aatCTCTTTTGGCCACAGCTATCTCTCCTTTTCTTAATTAACTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAaaagccaaag < 1:3652464/91‑1 (MQ=255) atCTCTTTTGGCCACAGCTATCTCTCCTTTTCTTAATTAACTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAaaagccaaagc > 1:3720967/1‑91 (MQ=255) tctcTTTTGGCCACAGCTATCTCTCCTTTTCTTAATTAACTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAaaagccaaagcc < 1:2676302/91‑1 (MQ=255) tctcTTTTGGCCACAGCTATCTCTCCTTTTCTTAATTAACTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAaaagccaaagcc > 1:3197625/1‑91 (MQ=255) ctctTTTGGCCACAGCTATCTCTCCTTTTCTTAATTAACTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAaagccaaagcca < 1:1921843/91‑1 (MQ=255) tctTTTGGCCACAGCTATCTCTCCTTTTCTTAATTAACTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAagccaaagccaa < 2:314716/91‑1 (MQ=255) ttttGGCCACAGCTATCTCTCCTTTTCTTAATTAACTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGCCAAAGCCAATg > 2:1209886/1‑91 (MQ=255) ttttGGCCACAGCTATCTCTCCTTTTCTTAACTAACTCATAGAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCGAAATAAAAAGACAAAGCCAATg > 2:3009554/1‑91 (MQ=255) tGGCCACAGCTATCTCTCCTTTTCTTAATTAACTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGCCAAAGCCAATGTTc > 2:3805655/1‑91 (MQ=255) ggCCAGGGCTATCTCTCCTTTTCTTAATTGACTCATGTAGTTTAGCGTGATATGTCAGGCTAGCCGAATAAAGAGCCAAGGGCAATGTTCt < 2:2657112/91‑1 (MQ=255) ggCCACAGCTATCTCTCCTTTTCTTAATTAACTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGCCAAAGCCAATGTTCt < 2:984084/91‑1 (MQ=255) ggCCACAGCTATCTCTCCTTTTCTTAATTAACTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGCCAAAGCCAACGTTCt > 2:3638421/1‑91 (MQ=255) ccACAGCTATCTCTCCTTTTCTTAATTAACTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGCCAAAGCCAATGTTCTAt < 2:3327174/91‑1 (MQ=255) ccACAGCTATCTCTCCTTTTCTTAATTAACTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGCCAAAGCCAATGTTCTAt < 2:593177/91‑1 (MQ=255) ccACAGCTATCTCTCCTTTTCTTAATTAACTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGCCAAAGCCAATGTTCTAt < 1:3329976/91‑1 (MQ=255) cacaGCTATCTCTCCTTTTCTTAATTAACTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGccaaagtcaatagaacatt < 2:956189‑M1/91‑20 (MQ=255) cacaGCTATCTCTCCTTTTCTTAATTAACTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGCCAAAGCCAATGTTCTAtt > 1:3413234/1‑91 (MQ=255) caGCTATCTCTCCTTTTCTTAATTAACTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGCCAAAGCCAATGTTCTAttga > 1:1623539/1‑91 (MQ=255) gCTATCTCTCCTTTTCTTAATTAACTCATATAGGTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGCCAAAGCCAATGTTCTAttgact < 2:3031154/91‑1 (MQ=255) cTATCTCTCCTTTTCTTAATTAACTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGCCAAAGCCAATGTTCTAttgactt < 2:1645350/91‑1 (MQ=255) tATCTCTCCTTTTCTTAATTAACTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGCCAAAGCCAATGTTCTAttgacttt < 1:810568/91‑1 (MQ=255) tATCTCTCCGTTTCTTAATTAACTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAAGAAAAAGCCAAAGCCAATGTTCTAgtgacttt < 2:1596022/91‑1 (MQ=255) tctctcCTTTTCTTAATTAACTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGCCAAAGCCAATGTTCTAttgactttga > 2:1688015/1‑91 (MQ=255) ctctcCTTTTCTTAATTAACTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGtcaaagtcaatagaacattggctttggc < 2:765243‑M1/91‑29 (MQ=255) ctctcCTTTTCTTAATTAACTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGtcaaagtcaatagaacattggctttggc < 2:765284‑M1/91‑29 (MQ=255) tctcCTTTTCTTAATTAACTCATATAGTTTAACGCAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGtcaaagtcaatagaacattggctttggct < 1:2039668‑M1/91‑30 (MQ=255) ctcCTTTTCTTAATTAACTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGtcaaagtcaatagaacattggctttggctt < 2:1863762‑M1/91‑31 (MQ=255) ctcCTTTTCTTAATTAACTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGCCAAAGCCAATGTTCTATTGACTTTGActt > 1:584447‑M2/1‑88 (MQ=255) tcCTTTTCTTAATTAACTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGtcaaagtcaatagaacattggctttggcttt < 1:3463415‑M1/91‑32 (MQ=255) tcCTTTTCTTAATTAACTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGtcaaagtcaatagaacattggctttggcttt < 1:3463509‑M1/91‑32 (MQ=255) tcCTTTTCTTAATTAACTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGCCAAAGCCAATGTTCTATTGACTTTGActtt > 1:1148694‑M2/1‑87 (MQ=255) ttCTTAATTAACTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGtcaaagtcaatagaacattggctttggctttttatt < 1:1047768‑M1/91‑37 (MQ=255) ttCTTAATTAACTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGCCAAAGCCAATGTTCTATTGACTTTGACTTTTCAGa < 1:2597408/91‑1 (MQ=255) cTTAATTAACTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGCCAAAGCCAATGTTCTATTGACTTTGACTTTTCAGATc < 2:1038058/91‑1 (MQ=255) taattaaCTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGCCAAAGCCAATGTTCTATTGACTTTGACTTTTCAGATCAt < 1:3219543/91‑1 (MQ=255) taattaaCTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGCCAAAGCCAATGTTCTATTGACTTTGACTTTTCAGATCAt < 1:705241/91‑1 (MQ=255) taattaaCTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGCCAAAGCCAATGTTCTATTGACTTTGACTTTTCAGATCAt > 2:862161/1‑91 (MQ=255) aattaaCTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGCCAAAGCCAATGTTCTATTGACTTTGACTTTTCAGATCATg < 2:2984234/91‑1 (MQ=255) attaaCTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGCCAAAGCCAATGTTCTATTGACTTTGACTTTTCAGATCATGa < 2:2449288/91‑1 (MQ=255) ttaaCTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGCCAAAGCCAATGTTCTATTGACTTTGACTTTTCAGATCATGac > 1:3089591/1‑91 (MQ=255) aCTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGCCAAAGCCAATGTTCTATTGACTTTGACTTTTCAGATCATGacaac < 2:2018685/91‑1 (MQ=255) aCTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGCCAAAGCCAATGTTCTATTGACTTTGACTTTTCAGATCATGacaac < 2:1868597/91‑1 (MQ=255) aCTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGCCAAAGCCAATGTTCTATTGACTTTGACTTTTCAGATCATGacaac < 2:2955988/91‑1 (MQ=255) cTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGCCAAAGCCAATGTTCTATTGACTTTGACTTTTCAGATCATGacaaca > 2:1221633/1‑91 (MQ=255) tCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGCCAAAGCCAATGTTCTATTGACTTTGACTTTTCAGATCATGACAACAt > 1:2252009/1‑91 (MQ=255) cATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGCCAAAGCCAATGTTCTATTGACTTTGACTTTTCAGATCATGACAACAtt > 1:3772784/1‑91 (MQ=255) atatAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGCCAAAGCCAATGTTCTATTGACTTTGACTTTTCAGATCATGACAACATTc < 1:1811337/91‑1 (MQ=255) atatAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGCCAAAGCCAATGTTCTATTGACTTTGACTTTTCAGATCATGACAACATTc > 2:3112278/1‑91 (MQ=255) tataGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGCCAAAGCCAATGTTCTATTGACTTTGACTTTTCAGATCATGACAACATTCt < 1:1445054/91‑1 (MQ=255) tataGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGCCAAAGCCAATGTTCTATTGACTTTGACTTTTCAGATCATGACAACATTCt < 1:2996784/91‑1 (MQ=255) tataGTTCAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGCCAAAGCCAATGTTCTATTGACTTTGACTTTTCAGATCATGACAACATTCt < 2:2511825/91‑1 (MQ=255) ataGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGCCAAAGCCAATGTTCTATTGACTTTGACTTTTCAGATCATGACAACATTCTa > 1:2846451/1‑91 (MQ=255) taGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGCCAAAGCCAATGTTCTATTGACTTTGACTTTTCAGATCATGACAACATTCTaa < 2:1782223/91‑1 (MQ=255) taGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGCCAAAGCCAATGTTCTATTGACTTTGACTTTTCAGATCATGACAACATTCTaa > 2:3929163/1‑91 (MQ=255) taGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGCCAAAGCCAATGTTCTATTGACTTTGACTTTTCAGATCATGACAACATTCTaa < 1:3412662/91‑1 (MQ=255) 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aaagccaaagccAATGTTCTATTGACTTTGACTATTCAGATCATGACAACATTCTAATTTTATTGTTTAATTATTTTTTGTCGTCGTCttt < 1:3512301/91‑1 (MQ=255) agtcaaagtcaatagaacattggctttggctttttatttggatagtatgacatattacgttaaactatatgagttaattaagaaaaggaga > 1:24671‑M1/1‑2 (MQ=255) agccaaagccaaTGTTCTATTGACTTTGACTTTTCAGATCATGACAACATTCTAATTGTATTGTTTAATTATTTTTTGTCGTCGTCTTTTa > 2:1440774/1‑91 (MQ=255) gccaaagccaaTGTTCTATTGACTTTGACTTTTCAGATCATGACAACATTCTAATTGTATTGTTTAATTATTTTTTGTCGTCGTCTTTTAc < 1:3302173/91‑1 (MQ=255) gccaaagccaaTGTTCTATTGACTTTGACTTTTCAGATCATGACAACATTCTAATTGTATTGTTTAATTATTTTTTGTCGTCGTCTTTTAc > 2:896754/1‑91 (MQ=255) gccaaagccaaTGTTCTATTGACTTTGACTTTTCAGATCATGACAACATTCTAATTGTATTGTTTAATTATTTTTTGTCGTCGTCTTTTAc < 1:380136/91‑1 (MQ=255) | CATAATAATCTCTTTTGGCCACAGCTATCTCTCCTTTTCTTAATTAACTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGCCAAAGCCAATGTTCTATTGACTTTGACTTTTCAGATCATGACAACATTCTAATTGTATTGTTTAATTATTTTTTGTCGTCGTCTTTTAC > USA300TCH1516_ALE/1689844‑1690024 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |