| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1731936 | 179 (0.880) | 10 (0.060) | 4/142 | NT | 5.5% | coding (136/1014 nt) | limB_2 | Limonene 1,2‑monooxygenase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1731960 | 185 (1.020) | coding (160/1014 nt) | limB_2 | Limonene 1,2‑monooxygenase | |||||
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
GTGAAGATGAACAAACAGCAATTAATGATATGGTTAATCTCGCACAACATTTAGACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACACCATAACGCTCCCAACCTAGTAAGTTCAGCAACTGCTTTATTAATTCAACATACGTTAGAACATACGAAACACATACGTGTAGGTTCTG > USA300TCH1516_ALE/1731847‑1732026 | gTGAAGATGAACAAACAGCAATTAATGATATGGTTAATCTCGCACAACATTTAGACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAaca < 1:1071258/91‑1 (MQ=255) gAAGATGAACAAACAGCAATTAATGATATGGTTAATCTCGCACAACATTTAGACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACAcc < 1:211275/91‑1 (MQ=255) aaGATGAACAAACAGCAATTAATGATATGGTTAATCTCGCACAACATTTAGACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACACCa > 2:765916/1‑91 (MQ=255) aaGATGAACAAACAGCAATTAATGATATGGTTAATCTCGCACAACATTTAGACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACACCa > 2:651509/1‑91 (MQ=255) aaGATGAACAAACAGCAATTAATGATATGGTTAATCTCGCACAACATTTAGACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACACCa > 1:2007256/1‑91 (MQ=255) aGATGAACAAACAGCAATTAATGATATGGTTAATCTCGCACAACATTTAGACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACACCAt > 1:2509531/1‑91 (MQ=255) aGATGAACAAACAGCAATTAATGATATGGTTAATCTCGCACAACATTTAGACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACACCAt < 2:3348323/91‑1 (MQ=255) tGAACAAACAGCAATTAATGATATGGTTAATCTCGCACAACATTTAGACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACACCATAAc < 1:3559796/91‑1 (MQ=255) tGAACAAACAGCAATTAATGATATGGTTAATCTCGCACAACATTTAGACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACACCATAAc < 1:1397320/91‑1 (MQ=255) gAACAAACAGCAATTAATGATATGGTTAATCTCGCACAACATTTAGACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACACCATAACg < 1:2750291/91‑1 (MQ=255) aacaaacaGCAATTAATGATATGGTTAATCTCGCACAACATTTAGACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACACCATAACga > 2:3930654/1‑90 (MQ=255) acaaagaGCAATTAATGATATGGTTAATCTCGCACAACATTTAGACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACACCATAACGCt < 2:3644812/91‑1 (MQ=255) caaacaGCAATTAATGATATGGTTAATCTCGCACAACATTTAGACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACACCATAACGCTc > 2:1750149/1‑91 (MQ=255) aaacaGCAATTAATGATATGGTTAATCTCGCACAACATTTAGACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACACCATAACGCTcc > 2:1517699/1‑91 (MQ=255) aaacaGCAATTAATGATATGGTTAATCTCGCACAACATTTAGACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACACCATAACGCTcc < 1:2045132/91‑1 (MQ=255) aaacaGCAATTAATGATATGGTTAATCTCGCACAACATTTAGACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACACCATAACGCTcc < 2:504234/91‑1 (MQ=255) aacaGCAATTAATGATATGGTTAATCTCGCACAACATTTAGACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACACCATAACGCTccc < 1:3270552/91‑1 (MQ=255) caGCAATTAATGATATGGTTAATCTCGCACAACATTTAGACGATTTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACACCATAACGCTCCCaa < 1:3948689/91‑1 (MQ=255) caGCAATTAATGATATGGTTAATCTCGCACAACATTTAGACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACACCATAACGCTCCCaa > 1:1931349/1‑91 (MQ=255) caGCAATTAATGATATGGTTAATCTCGCACAACATTTAGACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACACCATAACGCTCCCaa > 1:673252/1‑91 (MQ=255) gCAATTAATGATATGGTTAATCTCGCACAACATTTAGACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACACCATAACGCTCCCAAcc < 1:224998/91‑1 (MQ=255) ttAATGATATGGTTAATCTCGCACAACATTTAGACGAATTATCATATGAACGATATTGGATTGCTGAACACCATAACGCTCCCAACCTAGt > 2:1568137/1‑91 (MQ=255) ttAATGATATGGTTAATCTCGCACAACATTTAGACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACACCATAACGCTCCCAACCTAGt < 1:933845/91‑1 (MQ=255) ttAATGATATGGTTAATCTCGCACAACATTTAGACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACACCATAACGCTCCCAACCTAGt > 2:2352250/1‑91 (MQ=255) aTGATATGGTTAATCTCGCACAACATTTAGACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACACCATAACGCTCCCAACCTAGTAAg > 1:3676435‑M2/1‑90 (MQ=255) atatGGTTAATCTCGCACAACATTTAGACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACttactaggttgggagcgttatggtgttc < 1:2598422‑M1/91‑29 (MQ=255) atGGTTAATCTCGCACAACATTTAGACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACACCATAACGCTCCCAACCTAGTAAgttcag > 2:962073‑M2/1‑85 (MQ=255) atGGTTAATCTCGCACAACATTTAGACGAATGATCATATGAAAGGTATTGGATGGCTAAACACCATAACGCTCCCAACCTAGTAAgttcag > 1:3151271‑M2/1‑85 (MQ=255) ggTTAATCTCGCACAACATTTAGACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACttactaggttgggagcgttatggtgttcagca < 1:768876‑M1/91‑33 (MQ=255) ggTTAATCTCGCACAACATTTAGACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACACCATAACGCTCCCAACCTAGTAAgttcagca < 2:3649047‑M2/91‑9 (MQ=255) ttAATCTCGCACAACATTTAGACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACACCATAACGCTCCCAACCTAGTAAGTTCAGCAAc < 2:1862078/91‑1 (MQ=255) tAATCTCGCACAACATTTAGACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACACCATAACGCTCCCAACCTAGTAAGTTCAGCAACt > 1:1830824/1‑91 (MQ=255) tAATCTCGCACAACATTTAGACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACACCATAACGCTCCCAACCTAGTAAGTTCAGCAACt > 1:1682443/1‑91 (MQ=255) tAATCTCGCACAACATTTAGACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACACCATAACGCTCCCAACCTAGTAAGTTCAGCAACt > 1:1685566/1‑91 (MQ=255) aaTCTCGCACAACATTTAGACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACACCATAACGCTCCCAACCTAGTAAGTTCAGCAACTg < 2:1153019/91‑1 (MQ=255) aTCTCGCACAACATTTAGACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACACCATAACGCTCCCAACCTAGTAAGTTCAGCAACTGc < 1:2676071/91‑1 (MQ=255) aTCTCGCACAACATTTAGACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACACCATAACGCTCCCAACCTAGTAAGTTCAGCAACTGc < 1:3218129/91‑1 (MQ=255) tctcGCACAACATTTAGACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACACCATAACGCTCCCAACCTAGTAAGTTCAGCAACTGCt < 1:121101/91‑1 (MQ=255) 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caacaTTTAGACGAATTATCATATGACAGATATTGGATTGCTGAACACCATAACGCTCCCAACCTAGTAAGTTCAGCAACTGCTTTATTaa > 2:2242606/1‑91 (MQ=255) tttAGACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACACCATAACGCTCCCAACCTAGTAAGTTCAGCAACTGCTTTATTAATTCaa < 2:3095582/91‑1 (MQ=255) tttAGACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACACCATAACGCTCCCAACCTAGTAAGTTCAGCAACTGCTTTATTAATTCaa < 2:1247176/91‑1 (MQ=255) tttAGACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACACCATAACGCTCCCAACCTAGTAAGTTCAGCAACTGCTTTATTAATTCaa < 1:3515292/91‑1 (MQ=255) tttAGACGAATTATCATATGAAAGATACCGGATCGCTGAACACCATAACGCTCCCAACCTAGTAAGTTCAGCAACTGCTTTATTAACTCaa > 2:3040345/1‑91 (MQ=255) tAGACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACACCATAACGCTCCCAACCTAGTAAGTTCAGCAACTGCTTTATTAATTCAACa < 1:1628109/91‑1 (MQ=255) aGACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACACCATAACGCTCCCAACCTAGTAAGTTCAGCAACTGCTTTATTAATTCAACAt > 1:2793570/1‑91 (MQ=255) gACGAATTATCATATGAAAGATATTGGATTGCTGAACACCATAACGCTCCCAACCTAGTAAGTTCAGCAACTGCTTTATTAATTCAACATa < 1:1517699/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |