| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1775193 | 141 (0.690) | 13 (0.070) | 9/142 | NT | 8.8% | intergenic (‑86/+68) | engB/clpX | putative GTP‑binding protein EngB/ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpX |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1775229 | 146 (0.810) | intergenic (‑122/+32) | engB/clpX | putative GTP‑binding protein EngB/ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpX | |||||
Only 100 of 289 total aligned reads displayed.
TTCATTTTATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTAT > USA300TCH1516_ALE/1775103‑1775283 | ttCATTTTATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCC > 2:160404‑M1/1‑91 (MQ=255)ttCATTTTATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCC > 2:3791143‑M1/1‑91 (MQ=255) tCATTTTATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCg < 2:2252895/91‑1 (MQ=255) gaaccagaactatacgacgcagaaggcaatttaattaataatagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtgAAAAGCTcc < 2:3400862‑M1/9‑1 (MQ=255) ttttATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCGATc < 1:1060218/91‑1 (MQ=255) ttttATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCGATc < 2:3113099/91‑1 (MQ=255) ttttATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCGATc < 1:1508029/91‑1 (MQ=255) ttttATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCGATc < 1:1239620/91‑1 (MQ=255) ttttATATCCTCACTTTTTTATAGTCTCTGTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCGATc < 2:2470799/91‑1 (MQ=255) atatCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCGATCAAAg > 2:2397692/1‑91 (MQ=255) atatCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCGATCAAAg > 2:1815977/1‑91 (MQ=255) atatCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCGATCAAAg > 2:1017729/1‑91 (MQ=255) atatCCTCACTTTTTTATATTCTCTGTCAGTTCTACCATGATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACAGTAT‑AAAAAAGCTCCGATCAAAg < 2:3728016/91‑1 (MQ=255) tatCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCGATCAAAGt > 2:2184480/1‑91 (MQ=255) atCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCGATCAAAGtt < 1:847462/91‑1 (MQ=255) tCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCGATCAAAGTTa > 2:3463473/1‑91 (MQ=255) ccTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCGATCAAAGTTaa < 2:3595475/91‑1 (MQ=255) cTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCGATCAAAGTTaaa < 1:2221995/91‑1 (MQ=255) cTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCGATCAAAGTTaaa < 1:517591/91‑1 (MQ=255) cTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATGCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCGATCAAAGTTaaa < 1:2879715/91‑1 (MQ=255) tCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAAc < 2:1312823/91‑1 (MQ=255) ttATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAg < 1:3112897/91‑1 (MQ=255) tataTTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGc > 1:228618/1‑91 (MQ=255) atatTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCg > 1:2495813/1‑91 (MQ=255) atatTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCg < 1:2576596/91‑1 (MQ=255) tatTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGt > 1:1708428/1‑91 (MQ=255) atTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTc < 2:109055/91‑1 (MQ=255) tctcTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCGTTCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCaa < 2:3279966/91‑1 (MQ=255) tttaattaataatagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtgAAAAGCTCCAATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAAc > 1:2097919‑M1/54‑91 (MQ=255) tctTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCaatcaaagttgacgctcaaatagtttaact < 1:1350254‑M1/91‑31 (MQ=255) ctTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACATTTCGGTATACATTATAAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACt < 2:1570339/91‑1 (MQ=255) tttCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCaatcaaagttgacgctcaaatagtttaacttt < 1:1450684‑M1/91‑33 (MQ=255) ttCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCaatcaaagttgacgctcagatagtttaactttg < 2:3360763‑M1/91‑34 (MQ=255) ttCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTg > 1:434923/1‑91 (MQ=255) aataatagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtgAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGAtt > 2:811890‑M1/47‑91 (MQ=255) aTTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTg < 2:2280320‑M2/91‑2 (MQ=255) aTTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTg < 1:1109056‑M2/91‑2 (MQ=255) aTTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTg < 2:1969197‑M2/91‑2 (MQ=255) aTTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTg < 2:1968994‑M2/91‑2 (MQ=255) ttCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTgg > 1:786630‑M2/1‑89 (MQ=255) ataatagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtgAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTg > 1:448122‑M1/46‑91 (MQ=255) ataatagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtgAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTg > 1:2684222‑M1/46‑91 (MQ=255) tCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTgga < 1:2183997‑M2/91‑4 (MQ=255) cTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCaatcaaagttgacgctcaaatagtttaactttgatcggag < 1:1990458‑M1/91‑41 (MQ=255) tACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTggagc > 1:2413830‑M2/1‑86 (MQ=255) tagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtgAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGc > 2:639932‑M1/42‑91 (MQ=255) ccATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTggagctt > 2:554033‑M2/1‑84 (MQ=255) cATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTggagcttt > 2:294223‑M2/1‑83 (MQ=255) aTTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTggagctttt < 2:1113044‑M2/91‑10 (MQ=255) ttATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTc < 1:3725073/91‑1 (MQ=255) tatataATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCa < 1:3859036/91‑1 (MQ=255) tatataATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCa < 2:2018157/91‑1 (MQ=255) tatataATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCa < 2:260054/91‑1 (MQ=255) tatataATATTTGAACCTTTCGGTATACATTAT‑AAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCa < 1:3696231/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |