| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1775193 | 141 (0.690) | 13 (0.070) | 9/142 | NT | 8.8% | intergenic (‑86/+68) | engB/clpX | putative GTP‑binding protein EngB/ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpX |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1775229 | 146 (0.810) | intergenic (‑122/+32) | engB/clpX | putative GTP‑binding protein EngB/ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpX | |||||
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
AATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTT > USA300TCH1516_ALE/1775139‑1775319 | aataatagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtgAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGAtt > 2:811907‑M1/47‑91 (MQ=255)aataatagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtgAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGAtt > 2:811890‑M1/47‑91 (MQ=255) ataatagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtgAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTg > 1:2684222‑M1/46‑91 (MQ=255) ataatagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtgAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTg > 1:448122‑M1/46‑91 (MQ=255) ataatagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtgAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTg > 1:728547‑M1/46‑91 (MQ=255) aTTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTg < 2:1969197‑M2/91‑2 (MQ=255) aTTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTg < 1:3722108‑M2/91‑2 (MQ=255) aTTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTg < 1:933827‑M2/91‑2 (MQ=255) tCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTgga < 1:2398999‑M2/91‑4 (MQ=255) cTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATCAAAAAGCTCCGATCAACGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTggag < 2:575084‑M2/91‑5 (MQ=255) tagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtgAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGc > 2:639932‑M1/42‑91 (MQ=255) aCCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTggagct < 1:188669‑M2/91‑7 (MQ=255) aCCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTggagct > 2:3492253‑M2/1‑85 (MQ=255) ccATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTggagctt > 2:554033‑M2/1‑84 (MQ=255) cATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTggagcttt > 2:294223‑M2/1‑83 (MQ=255) aTTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTggagctttt > 2:633761‑M2/1‑82 (MQ=255) aTTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTggagctttt < 2:1113137‑M2/91‑10 (MQ=255) aTTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTggagctttt < 2:121045‑M2/91‑10 (MQ=255) tatataATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCa < 1:3859036/91‑1 (MQ=255) tatataATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCa < 1:3696231/91‑1 (MQ=255) tatataATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCa > 1:3570944/1‑91 (MQ=255) tatataATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCa < 2:2018157/91‑1 (MQ=255) atataATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTggagctttacac < 1:3555172‑M2/91‑13 (MQ=255) atataATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCAc < 1:1673092/91‑1 (MQ=255) tataATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACt < 1:3068241/91‑1 (MQ=255) aataTTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACtttt < 1:2857389/91‑1 (MQ=255) atatTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTta > 1:256002/1‑91 (MQ=255) tatTTGAGCCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTtat < 2:3851830/91‑1 (MQ=255) tatTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTtat < 2:1843497/91‑1 (MQ=255) atTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTtata > 1:994744/1‑91 (MQ=255) tGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAaca < 2:174817/91‑1 (MQ=255) aaCCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAAcaca > 2:444987/1‑91 (MQ=255) aaCCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAAcaca > 1:3051029/1‑91 (MQ=255) aCCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACAt < 2:2292366/91‑1 (MQ=255) cTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCa < 2:1666474/91‑1 (MQ=255) tttCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCaa > 2:277636/1‑91 (MQ=255) tCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATg < 2:2322185/91‑1 (MQ=255) tCGGTATACATGATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATg < 2:3762514/91‑1 (MQ=255) cGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGa > 2:1696665/1‑91 (MQ=255) gTATACATTATAAAAAAGCTCCGAGCAAAGTTAAACTATTTGAGCTTCAACTTTGATTGGAGCTTTTAACTTTTATAACACATCAATGAta > 2:733956/1‑90 (MQ=255) ataCATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAGACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTaa < 1:2822411/91‑1 (MQ=255) ttATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGa < 1:3231313/91‑1 (MQ=255) ataAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATg > 1:791672/1‑91 (MQ=255) ataAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATg > 1:3763109/1‑91 (MQ=255) taAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGt > 1:2255437/1‑91 (MQ=255) AAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGtttt < 2:1902563‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTa > 1:2332640‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTa > 2:2677471‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTa < 2:1310088‑M1/91‑1 (MQ=255) AAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTtag < 2:3930714‑M1/91‑2 (MQ=255) AGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACt > 2:1597422‑M1/1‑91 (MQ=255) gCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTggagcttttttataatgtataccgaaaggttcaaatattatataatggta < 2:2879895‑M2/91‑51 (MQ=255) cTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTggagcttttttataatgtataccgaaaggttcaaatattatataatggtag < 1:1990458‑M2/91‑52 (MQ=255) CCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACtatta < 1:1470776‑M1/91‑1 (MQ=255) CCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACtatta < 1:1777555‑M1/91‑1 (MQ=255) CGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACtattat > 2:330520‑M1/1‑91 (MQ=255) gATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTattatt > 1:1424761/1‑91 (MQ=255) gATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTattatt < 1:2628413/91‑1 (MQ=255) gATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTattatt > 1:2747813/1‑91 (MQ=255) gATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTattatt < 2:2588134/91‑1 (MQ=255) aTCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTggagcttttttataatgtataccgaaaggttcaaatattatataatggtagaattg < 1:1129247‑M2/91‑57 (MQ=255) aTCAAAGTTAAACTACTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTAttatta > 1:3367207/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |