| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1782814 = | 186 (0.910) | 9 (0.050) | 7/146 | NT | 5.5% | intergenic (‑97/+329) | lysP_2/thrS | Lysine‑specific permease/Threonine‑‑tRNA ligase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1782851 = | 142 (0.760) | intergenic (‑134/+292) | lysP_2/thrS | Lysine‑specific permease/Threonine‑‑tRNA ligase | |||||
Only 100 of 234 total aligned reads displayed.
TCCCTTTCCATGTTTTAGAGGCCAAGAAATAAATAACCTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATCTATATAAGGTAGCACATCACATTCTGTGACAGTACAGTTCCTAT > USA300TCH1516_ALE/1782724‑1782904 | taaaccataaattatatctattgggacagttttcgaataggaactgtactgtcacagaatgtgatgtgctaccttatatagataattgcca > 2:808965‑M1/91‑91 (MQ=255)taaaccataaattatatctattgggacagttttcgaataggaactgtactgtcacagaatgtgatgtgctaccttatatagataattgcca > 1:689744‑M1/91‑91 (MQ=255)tCCCTTTCCATGTTTTAGAGGCCAAGAAATAAATAACCTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTaaaa < 1:1859669/91‑1 (MQ=255) cccTTTCCATGTTTTAGAGGCCAAGAAATAAATAGCCTTGATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTaaaaa < 2:665219/91‑1 (MQ=255) cccTTTCCATGTTTTAGAGGCCAAGAAATAAATAACCTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTaaaaa < 1:3266423/91‑1 (MQ=255) aaaccataaattatatctattgggacagttttcgaataggaactgtactgtcacagaatgtgatgtgctaccttatatagataattgccaa > 2:2531718‑M1/90‑91 (MQ=255) aaaccataaattatatctattgggacagttttcgaataggaactgtactgtcacagaatgtgatgtgctaccttatatagataattgccaa > 2:2449234‑M1/90‑91 (MQ=255) ccTTTCCATGTTTTAGAGGCCAAGAAATAAATAACCTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACTTTGTGATATTAAAAGTaaaaaa > 2:1296254/1‑91 (MQ=255) cTTTCCATGTTTTAGAGGCCAAGAAATAAATAACCTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAg < 1:1822239/91‑1 (MQ=255) accataaattatatctattgggacagttttcgaataggaactgtactgtcacagaatgtgatgtgctaccttatatagataattgccAAAg > 2:1558457‑M1/88‑91 (MQ=255) ccataaattatatctattgggacagttttcgaataggaactgtactgtcacagaatgtgatgtgctaccttatatagataattgccAAAGt > 1:3325064‑M1/87‑91 (MQ=255) tCCATGTTTTAGAGGCCAAGAAATAAATAACCTTTTTTTACTTTCTTTCCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTgg > 2:977140/1‑91 (MQ=255) tCCATGTTTTAGAGGCCAAGAAATAAATAACCTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTgg < 2:511041/91‑1 (MQ=255) tCCATGTTTTAGAGGCCAAGAAATAAATAACCTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTgg > 1:2215766/1‑91 (MQ=255) ataaattatatctattgggacagttttcgaataggaactgtactgtcacagaatgtgatgtgctaccttatatagataattgccAAAGTgg < 2:481919‑M1/7‑1 (MQ=255) ataaattatatctattgggacagttttcgaataggaactgtactgtcacagaatgtgatgtgctaccttatatagataattgccAAAGTgg > 1:3228899‑M1/85‑91 (MQ=255) ccATGTTTTAGAGGCCAAGAAATAAATAACCTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGCACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGc > 2:1544994/1‑91 (MQ=255) ccATGTTTTAGAGGCCAAGAAATAAATAACCTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGc < 2:2165530/91‑1 (MQ=255) ccATGTTTTAGAGGCCAAGAAATAAATAACCTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGc < 1:2678943/91‑1 (MQ=255) cATGTTTTAGAGGCCAAGAAATAAATAACCTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCt > 1:1071424/1‑91 (MQ=255) aTGTTTTAGAGGCCAAGAAATAAATAACCTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTa < 1:871112/91‑1 (MQ=255) gTTTTAGAGGCCAAGAAATAAATAACCTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACa > 1:1888726/1‑91 (MQ=255) gTTTTAGAGGCCAAGAAATAAATAACCTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACa < 2:748201/91‑1 (MQ=255) gTTTTAGAGGCCAAGAAATAAATAACCTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACa < 1:2965457/91‑1 (MQ=255) ttttAGAGGCCAAGAAATAAATAACCTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACAt < 1:507619/91‑1 (MQ=255) tAGAGGCCAAGAAATAAATAACCTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATAcc < 1:3693454/91‑1 (MQ=255) agagGCCAAGAAATAAATAACCTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCt > 1:1062954/1‑91 (MQ=255) gagGCCAAGAAATAAATAACCTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCtt < 1:1143713/91‑1 (MQ=255) agGCCAAGAAATAAATAACCTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCttt < 1:900029/91‑1 (MQ=255) aGAAATAAATAACCTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGata < 1:2801025/91‑1 (MQ=255) gAAATAAATAACCTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGatat > 2:3523405/1‑91 (MQ=255) aataaataACCTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGc < 2:3713846/91‑1 (MQ=255) aataaataACCTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGc > 1:2874580/1‑91 (MQ=255) aataaataACCTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGc > 2:1197615/1‑91 (MQ=255) aataaataACCTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGc < 1:2756465/91‑1 (MQ=255) aataaataACCTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGc < 2:2952747/91‑1 (MQ=255) aataaataACCTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGc < 1:2186387/91‑1 (MQ=255) gttttcgaatatgaactgtactgtcacagaatgtgatgtgctaccttatatagataattgccAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCa > 1:3582901‑M1/63‑91 (MQ=255) ataaataaCCTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTTCAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCa < 2:1059931/91‑1 (MQ=255) ataaataaCCTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCa < 2:2835717/91‑1 (MQ=255) ataaataaCCTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCa < 2:3488098/91‑1 (MQ=255) ttttcgaataggaactgtactgtcacagaatgtgatgtgctaccttatatagataattgccAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCaa > 2:3342449‑M1/62‑91 (MQ=255) taaataaCCTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCaa < 1:3791743/91‑1 (MQ=255) taaataaCCTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCaa > 1:1000329/1‑91 (MQ=255) aaataaCCTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAAc < 1:1272632/91‑1 (MQ=255) aataaCCTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAAcc < 2:1863547/91‑1 (MQ=255) ataaCCTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCa > 1:1957928/1‑91 (MQ=255) taaCCTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCAc < 1:1543536/91‑1 (MQ=255) taaCCTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCAc < 1:3845580/91‑1 (MQ=255) aaCCTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACt > 2:1833905/1‑91 (MQ=255) aCCTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACtt > 1:2541581/1‑91 (MQ=255) cTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGTAACCACTTTg > 2:333356/1‑91 (MQ=255) tttATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTgg > 1:202671/1‑91 (MQ=255) tATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCa < 1:3599140/91‑1 (MQ=255) tATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCa < 1:499761/91‑1 (MQ=255) aTTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCaa > 2:1380328/1‑91 (MQ=255) ttCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAAt < 1:53426/91‑1 (MQ=255) tCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTATATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAAtt < 1:3633392/91‑1 (MQ=255) aCTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTAt < 2:1538816/91‑1 (MQ=255) aCTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTAt < 2:1940695/91‑1 (MQ=255) aCTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTAt < 2:3279248/91‑1 (MQ=255) cTTTCATACCCTTTTTTATAGATCTTAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATc > 2:1431049/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |