New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1782814 = | 186 (0.910) | 9 (0.050) | 7/146 | NT | 5.5% | intergenic (‑97/+329) | lysP_2/thrS | Lysine‑specific permease/Threonine‑‑tRNA ligase |
? | USA300TCH1516_ALE | 1782851 = | 142 (0.760) | intergenic (‑134/+292) | lysP_2/thrS | Lysine‑specific permease/Threonine‑‑tRNA ligase |
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
CTTTATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATCTATATAAGGTAGCACATCACATTCTGTGACAGTACAGTTCCTATTCGAAAACTGTCCCAATAGATATAATTTATGGTTTAT > USA300TCH1516_ALE/1782761‑1782941 | tttATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTgg > 1:775981/1‑91 (MQ=255) tATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCa < 1:499761/91‑1 (MQ=255) tATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCa < 1:3599140/91‑1 (MQ=255) tATTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCa < 1:3557639/91‑1 (MQ=255) aTTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCaa > 2:1567604/1‑91 (MQ=255) aTTCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCaa > 2:1380328/1‑91 (MQ=255) tCACTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAAtt > 1:2795503/1‑91 (MQ=255) cTTTCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATc > 2:1437542/1‑91 (MQ=255) ttCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATCta < 1:476480/91‑1 (MQ=255) ttCATACCCTTTCTTACAGAACATAGTGATAGTAAAAGTAAAAAAGTGGCAACATACCTTTAAGATATGCGACCACTTTGGCAATTATCta < 2:2057768/91‑1 (MQ=255) tCATACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATCtat < 1:2468929/91‑1 (MQ=255) aTACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATCtatat < 2:260015/91‑1 (MQ=255) aTACCCTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATCtatat < 2:1542709/91‑1 (MQ=255) cccTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATCTATATAAg > 1:167995/1‑91 (MQ=255) ccTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATCTATATAAgg < 2:3234132/91‑1 (MQ=255) ccTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATCTATATAAgg < 1:2743607/91‑1 (MQ=255) cTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATCTATATAAGGt < 2:334702/91‑1 (MQ=255) cTTTTTTACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATCTATATAAGGt < 1:2259243/91‑1 (MQ=255) tttACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATCTATATAAGGTAGca < 1:283564/91‑1 (MQ=255) tACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATCTATATAAGGTAGcaca < 1:671765/91‑1 (MQ=255) tACAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATCTATATAAGGTAGcaca < 1:1408931/91‑1 (MQ=255) aCAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATCTATATAAGGTAGcacat < 2:882467/91‑1 (MQ=255) cAGAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATCTATATAAGGTAGcacatc > 1:441144/1‑91 (MQ=255) gAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATCTATATAAGGTAGcacatcac > 1:3935102/1‑91 (MQ=255) gAACATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATCTATATAAGGTAGcacatcac > 1:3134045/1‑91 (MQ=255) aaCATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATCTATATAAGGTAGcacatcaca > 1:1150106/1‑91 (MQ=255) cATAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATCTATATAAGGTAGCACATCACAtt > 2:1870323/1‑91 (MQ=255) tAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATCTATATAAGGTAGCACATCACATTCt > 2:3144815/1‑91 (MQ=255) tAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATCTATATAAGGTAGCACATCACATTCt > 1:2411551/1‑91 (MQ=255) tAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATCCATATAAGGTAGCACATCACATTCt > 2:3688796/1‑91 (MQ=255) tAGTGATATTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACAGACCGTTAAGATATGCAACTACTTTGGCAATTGTCTATAGAAGCTAGAGCATCACATTCt < 2:1370881/91‑1 (MQ=255) tatTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAAGTATCTATATAAGGTAGCACATCACATTCTGTGaca < 2:386003/91‑1 (MQ=255) atTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCTCTTTGGCAATTATCTATATAAGGTAGCACATCACATTCTGTGacag < 2:246465/91‑1 (MQ=255) atTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATCTATATAAGGTAGCACATCACATTCTGTGacag < 2:3234757/91‑1 (MQ=255) atTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATCTATATAAGGTAGCACATCACATTCTGTGacag > 1:1609109/1‑91 (MQ=255) atTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATCTATATAAGGTAGCACATCACATTCTGTGacag < 2:1467691/91‑1 (MQ=255) atTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATCTATATAAGGTAGCACATCACATTCTGTGacag < 1:2316512/91‑1 (MQ=255) atTAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATCTATATAAGGTAGCACATCACATTCTGTGacag > 2:3826942/1‑91 (MQ=255) ttAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATCTATATAAGGTAGCACATCACATTCTGTGacagt > 1:2999896/1‑91 (MQ=255) ttAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATCTATATAAGGTAGCACATCACATTCTGTGacagt > 2:957812/1‑91 (MQ=255) ttAAAAGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATCTATATAAGGTAGCACATCACATTCTGTGacagt > 2:2685696/1‑91 (MQ=255) aaaaGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATCTATATAAGGTAGCACATCACATTCTGTGacagtac > 2:2893058/1‑91 (MQ=255) aaaaGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATCTATATAAGGTAGCACATCACATTCTGTGacagtac > 1:2758687/1‑91 (MQ=255) aaGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATCTATATAAGGTAGCACATCACATTCTGTGacagtacag < 2:759880/91‑1 (MQ=255) aaGTAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATCTATATAAGGTAGCACATCACATTCTGTGacagtacag < 2:2042413/91‑1 (MQ=255) tgccAAAGTGGTTGCATATCTTAAAGGTATGTAGCCACTTTGGCAATTATCTATATAAGGTAGCACATCACATTCTGTGACAGTACAGTTc < 1:3926037‑M1/87‑1 (MQ=255) tAAAAAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATCTATATAAGGTAGCACATCACATTCTGTGACAGTACAGTTc < 2:569473/91‑1 (MQ=255) aaaaaaGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATCTATATAAGGTAGCACATCACATTCTGTGACAGTACAGTTcc < 2:2349471/91‑1 (MQ=255) aaaaaGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCACTCATCTATATAAGGTAGCACATCACATTCTGTGACAGTACAGTTCCt > 2:734089/1‑91 (MQ=255) AAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATCTATATAAGGTAGCACATCACATTCTGTGACAGTACAGTTCCTAt < 1:104087‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATCTATATAAGGTAGCACATCACATTCTGTGACAGTACAGTTCCTAt > 1:1867901‑M1/1‑91 (MQ=255) AGTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATCTATATAAGGTAGCACATCACATTCTGTGACAGTACAGTTCCTATTc < 1:539387‑M1/91‑1 (MQ=255) GTGGCTACATACCTTTAAGATATGCAACCACTTTGGCAATTATCTATATAAGGTAGCACATCACATTCTGTGACAGTACAGTTCCTATTCg < 2:2277876‑M1/91‑1 (MQ=255) TGGCTACATACCTTTAAGATATGATACCACTTTGGCAATTATCTATATAAGGTAGCACATCACATTCTGTGACAGTACAGTTCCTATTCGa > 2:3669403‑M1/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |