| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1834059 = | 150 (0.740) | 17 (0.100) | 7/138 | NT | 11.6% | intergenic (+8/‑106) | osmC/USA300HOU_RS09140 | Peroxiredoxin OsmC/Soluble hydrogenase 42 kDa subunit |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1834098 = | 130 (0.740) | intergenic (+47/‑67) | osmC/USA300HOU_RS09140 | Peroxiredoxin OsmC/Soluble hydrogenase 42 kDa subunit | |||||
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
TTGCAGATAATAATTGCATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGCGTTATCACTTTTTTAGGCTTTTAAATTTTCAGAAAATTTGCTAAAATAGTGAAATCTTATTT > USA300TCH1516_ALE/1833969‑1834149 | aacaacggttgatgataatacatttatatgcctcctataaataagatttcactattttagcaaattttctgaaaatttaaaagcctaaaaa < 1:3816288‑M1/1‑1 (MQ=255) acaacggttgatgataatacatttatatgcctcctataaataagatttcactattttagcaaattttctgaaaatttaaaagcctaaaaaa < 2:2833741‑M1/2‑1 (MQ=255) cAGATAATAATTGCATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGT < 1:1157237‑M1/91‑1 (MQ=255) acggtggatgataatacatttatatgcctcctataaataagatttcactattttagcaaattttctgaaaatttaaaagcctaaaaAAGTg > 2:1221525‑M1/87‑91 (MQ=255) cggttgatgataatacatttatatgcctcctataaataagatttcactattttagcaaattttctgaaaatttaaaagcctaaaaAAGTGa < 1:1489399‑M1/6‑1 (MQ=255) cggttgatgataatacatttatatgcctcctataaataagatttcactattttagcaaattttctgaaaatttaaaagcctaaaaAAGTGa < 2:2467813‑M1/6‑1 (MQ=255) cggttgatgataatacatttatatgcctcctataaataagatttcactattttagcaaattttctgaaaatttaaaagcctaaaaAAGTGa > 1:2922645‑M1/86‑91 (MQ=255) ggttgatgataatacatttatatgcctcctataaataagatttcactattttagcaaattttctgaaaatttaaaagcctaaaaAAGTGAt > 2:1139664‑M1/85‑91 (MQ=255) ggttgatgataatacatttatatgcctcctataaataagatttcactattttagcaaattttctgaaaatttaaaagcctaaaaAAGTGAt < 2:2409849‑M1/7‑1 (MQ=255) ataataATTGCATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGAT < 1:374172‑M1/91‑1 (MQ=255) ataataATTGCATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGAT < 1:132771‑M1/91‑1 (MQ=255) taataaTTGCATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTTTCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATA < 1:3343213‑M1/91‑1 (MQ=255) taataaTTGCATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATA < 1:960618‑M1/91‑1 (MQ=255) taataaTTGCATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATA < 1:1945410‑M1/91‑1 (MQ=255) taataaTTGCATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATA < 2:2608191‑M1/91‑1 (MQ=255) taataaTTGCATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATA < 1:1337021‑M1/91‑1 (MQ=255) gttgatgataatacatttatatgcctcctataaataagatttcactattttagcaaattttctgaaaatttaaaagcctaaaaAAGTGATa < 2:2983915‑M1/8‑1 (MQ=255) ttgatgataatacatttatatggctcctataaataagatttcactattttagcaaattttctgaaaatttaaaagcctaaaaAAGTGATaa > 2:3193008‑M1/83‑91 (MQ=255) aataatTGCATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAA < 2:3319736‑M1/91‑1 (MQ=255) ataatTGCATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAAC > 1:2565520‑M1/1‑91 (MQ=255) taatTGCATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACCTAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCGAAATAAAATCGTTAAGTGATAACG > 2:3664802‑M1/1‑91 (MQ=255) taatTGCATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACG < 2:3694162‑M1/91‑1 (MQ=255) 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aTGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTc > 1:3494943/1‑91 (MQ=255) tGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCg > 2:3099589/1‑91 (MQ=255) gATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCGGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGa < 1:3320400/91‑1 (MQ=255) aTTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGAc < 2:732199/91‑1 (MQ=255) ttCAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACaa > 2:1909923/1‑91 (MQ=255) cAAATGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACAata < 1:589964/91‑1 (MQ=255) aaTGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACAAtata > 2:2543487/1‑91 (MQ=255) atgcctcctataaataagatttcactattttagcaatttttctgaaaatttaaaagcctaaaaAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAg > 2:3572304‑M1/64‑91 (MQ=255) atgcctcctataaataagatttcactattttagcaaattttctgaaaatttaaaagcctaaaaAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAg > 2:430023‑M1/64‑91 (MQ=255) aTGCTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGctatattgtcgaacaaa < 1:1018861‑M1/91‑18 (MQ=255) tgcctcctataaataagatttcactattttagcaaattttctgaaaatttaaaagcctaaaaAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGc > 1:1567574‑M1/63‑91 (MQ=255) cTGTAAGAAATAATGTGGACATAAATGTCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGcgt > 2:3418188‑M2/1‑88 (MQ=255) cTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGctatattgtcgaacaaacgt < 1:974143‑M1/91‑21 (MQ=255) cTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGcgt < 2:964913‑M2/91‑4 (MQ=255) cTGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGTTTGTTCGACAATATAGcgt > 1:898420‑M2/1‑88 (MQ=255) tGTAAGAAATAATGTGGACATAAAAATCTATCCCATCATTCAGGCCAAATAAAATCGTTAAGTGATAACGctatattgtcgaacaaacgtt < 2:63728‑M1/91‑22 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |