| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1858390 = | 114 (0.560) | 19 (0.120) | 10/126 | NT | 15.3% | intergenic (‑17/+57) | USA300HOU_RS09235/USA300HOU_RS09240 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1858437 = | 121 (0.760) | intergenic (‑64/+10) | USA300HOU_RS09235/USA300HOU_RS09240 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 301 total aligned reads displayed.
CGGTTTGGTAGTGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTT > USA300TCH1516_ALE/1858300‑1858480 | cGGTTTGGTAGTGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATA > 1:2014539‑M1/1‑91 (MQ=255) ggTTTGGTAGTGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAA > 2:402588‑M1/1‑91 (MQ=255) tttGGTAGTGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACA < 1:3690821‑M1/91‑1 (MQ=255) gtggaagtgcaaattacaaagctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACa > 1:542856‑M1/88‑91 (MQ=255) gtggaagtgcaaattacaaagctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACa < 1:3354013‑M1/4‑1 (MQ=255) gtggaagtgcaaattacaaagctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACa < 2:2287427‑M1/4‑1 (MQ=255) tGGTAGTGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAA < 2:2604441‑M1/91‑1 (MQ=255) tGGTAGTGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAA < 2:1312348‑M1/91‑1 (MQ=255) gTAGTGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATG < 2:3516994‑M1/91‑1 (MQ=255) aagtgcaaattacaaagctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATg > 2:3325856‑M1/84‑91 (MQ=255) tAGTGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGC > 2:2027375‑M1/1‑91 (MQ=255) agtgcaaattacaaagctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGc < 1:1446541‑M1/9‑1 (MQ=255) aGTGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCA < 2:767430‑M1/91‑1 (MQ=255) tgcaaattacaaagctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCAc < 1:1617148‑M1/11‑1 (MQ=255) tgcaaattacaaagctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCAc > 2:2464000‑M1/81‑91 (MQ=255) tgcaaattacaaagctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCAc > 2:1929575‑M1/81‑91 (MQ=255) tgcaaattacaaagctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCAc > 1:286901‑M1/81‑91 (MQ=255) gTGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCAC > 1:3933732‑M1/1‑91 (MQ=255) gTGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCAC > 1:2732857‑M1/1‑91 (MQ=255) tGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACT < 1:2110059‑M1/91‑1 (MQ=255) tGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACT > 2:1012226‑M1/1‑91 (MQ=255) gcaaattacaaagctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACt > 2:803387‑M1/80‑91 (MQ=255) 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aaagctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGt > 2:3352083‑M1/71‑91 (MQ=255) gATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTaa > 1:1803942/1‑91 (MQ=255) aTAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTaac > 1:1124158/1‑91 (MQ=255) tAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACCAATGCACTTAAATAAGTaaca > 2:2397378/1‑91 (MQ=255) aGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTaacaac < 1:186445/91‑1 (MQ=255) aGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTaacaac < 1:1680048/91‑1 (MQ=255) taatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCt > 2:2963206‑M1/63‑91 (MQ=255) gtgtTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATgaggttgttactt < 1:578167‑M1/91‑14 (MQ=255) gtgtTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTc > 1:770371/1‑91 (MQ=255) aatgttgcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTc > 2:3640382‑M1/62‑91 (MQ=255) aatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTc > 2:683656‑M1/62‑91 (MQ=255) aatgtagcaactgatgcaaatcagagctatacttctagagtagataaataattaataatgaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTc > 2:3015701‑M1/62‑91 (MQ=255) ggtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCAt > 2:2471383‑M1/60‑91 (MQ=255) tttATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATgaggttgttacttatt < 2:2170317‑M1/91‑17 (MQ=255) tttATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCCCatt < 2:1882349‑M2/91‑4 (MQ=255) tagcaactgatgcaaagcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCAttt > 1:1355177‑M1/58‑91 (MQ=255) tATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATTACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCattta < 2:3591759‑M2/91‑6 (MQ=255) ttttttAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATgaggttgttacttatttaag < 1:1016637‑M1/91‑21 (MQ=255) ttttttAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCatttaag > 1:3123461‑M2/1‑84 (MQ=255) ttttttAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGCATATCCTCCTAGAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCatttaag > 2:3479000‑M2/1‑84 (MQ=255) caacggatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataagtaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAg > 2:3544829‑M1/55‑91 (MQ=255) aactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGt > 1:2647013‑M1/54‑91 (MQ=255) ttttAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATgaggttgttacttatttaagtg < 1:3570639‑M1/91‑23 (MQ=255) ttttAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATgaggttgttacttatttaagtg < 2:3381561‑M1/91‑23 (MQ=255) 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ataACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGAt > 2:2854418/1‑91 (MQ=255) taACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGAtt < 1:3770322/91‑1 (MQ=255) aaCAAATGCACTTAAATgaggttgttacttatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaa > 1:3024465‑M1/1‑17 (MQ=255) aaCAAATGCACTTAAATgaggttgttacttatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaa < 2:326718‑M1/91‑75 (MQ=255) AACAAATGCACTTAAATAAGTAACATCCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGAttt > 2:2520722‑M1/1‑91 (MQ=255) AACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCACCTGTTTAATTATTAATCATTTATCTCCTCTAGAAGTATAGCTATGAttt < 2:1852706‑M1/91‑1 (MQ=255) | CGGTTTGGTAGTGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTT > USA300TCH1516_ALE/1858300‑1858480 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |