BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
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Only 100 of 244 total aligned reads displayed.

TCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAATTTGCACTTCCACGACG  >  USA300TCH1516_ALE/1858347‑1858527

tCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGttt                                                                                            <  2:1146209/91‑1 (MQ=255)

aatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGttt                                                                                            >  1:2684568‑M1/44‑91 (MQ=255)

aatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGttt                                                                                            >  1:2684549‑M1/44‑91 (MQ=255)

     tATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaatta                                                                                       <  2:3728013/91‑1 (MQ=255)

     tATCATTTTGTTACTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaatta                                                                                       <  2:2150131/91‑1 (MQ=255)

       tCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaattatt                                                                                     <  1:2962099/91‑1 (MQ=255)

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       tCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaattatt                                                                                     <  2:2878533/91‑1 (MQ=255)

       tCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaattatt                                                                                     >  2:2739248/1‑91 (MQ=255)

        cATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaattatta                                                                                    >  2:53532/1‑91 (MQ=255)

        cATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaattatta                                                                                    >  1:3617363/1‑91 (MQ=255)

        cATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaattatta                                                                                    <  2:2083659/91‑1 (MQ=255)

         aTTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaattattaa                                                                                   <  1:3934163/91‑1 (MQ=255)

             tgttgCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTtaattattaattat                                                                               >  2:409607/1‑91 (MQ=255)

              gttgCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTaattattaattatt                                                                              <  1:880702/91‑1 (MQ=255)

               ttgCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAAttattt                                                                             <  1:594680/91‑1 (MQ=255)

               ttgCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAAttattt                                                                             >  1:1697372/1‑91 (MQ=255)

                tgctgcGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAAttattta                                                                            <  1:3727721/91‑1 (MQ=255)

                 gctgcGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAAttatttat                                                                           >  2:487521/1‑91 (MQ=255)

                 gctgcGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAAttatttat                                                                           >  1:1356514/1‑91 (MQ=255)

                 gctgcGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAAttatttat                                                                           <  2:1576454/91‑1 (MQ=255)

                  ctgcGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATc                                                                          >  1:2373965/1‑91 (MQ=255)

                   tgcGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCt                                                                         <  2:391903/91‑1 (MQ=255)

                       tCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTActc                                                                     <  2:123158/91‑1 (MQ=255)

                       tCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTActc                                                                     >  2:869928/1‑91 (MQ=255)

                         ataaataattaataattaaacaaatgcacttaaatgaggttgttacttatttaagtgcatttgttTAATTATTAATTATTTATCTACTCTa                                                                   <  1:3481064‑M2/26‑1 (MQ=255)

                         aTTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTa                                                                   <  1:1997645/91‑1 (MQ=255)

                           ttGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGa                                                                 >  1:1749232/1‑91 (MQ=255)

                            tGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGaa                                                                >  1:99848/1‑91 (MQ=255)

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                            aataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTAATAATTATTTATCTACTCTAGaa                                                                <  2:1284417‑M1/76‑1 (MQ=255)

                             gTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAg                                                               >  2:2325501/1‑91 (MQ=255)

                             gTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAg                                                               <  2:942379/91‑1 (MQ=255)

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                                tatCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGCAGtat                                                            >  2:3198173/1‑91 (MQ=255)

                                  tcctccTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAg                                                          <  2:1430873/91‑1 (MQ=255)

                                  tcctccTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAg                                                          <  2:2534921/91‑1 (MQ=255)

                                  tcctccTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAg                                                          <  2:625542/91‑1 (MQ=255)

                                   cctcctATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGc                                                         <  2:1656138/91‑1 (MQ=255)

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                                    ctcctATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCt                                                        <  1:2612744/91‑1 (MQ=255)

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                                      cctATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTAt                                                      <  2:1124158/91‑1 (MQ=255)

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                                         ataACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGAt                                                   >  2:1503512/1‑91 (MQ=255)

                                         ataACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGAt                                                   >  2:2854418/1‑91 (MQ=255)

                                          taACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGAtt                                                  >  2:2914937/1‑91 (MQ=255)

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                                            ACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTg                                                <  1:2469242‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                            ACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTg                                                <  1:1550888‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                             CAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGc                                               >  2:2364984‑M1/1‑91 (MQ=255)

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                                                          ATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACa                                  <  1:1295962‑M1/91‑1 (MQ=255)

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                                                            aaGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACatt                                >  1:333099/1‑91 (MQ=255)

                                                            aaGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACatt                                <  2:3092790/91‑1 (MQ=255)

                                                            aaGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACatt                                >  2:3392299/1‑91 (MQ=255)

                                                            aaGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACatt                                >  1:3632075/1‑91 (MQ=255)

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                                                              gTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACattat                              <  1:2778091/91‑1 (MQ=255)

                                                              gTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACattat                              >  1:3517005/1‑91 (MQ=255)

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                                                                     ccTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCttt                       >  2:351641/1‑91 (MQ=255)

                                                                      cTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTCTTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTg                      <  1:3364887/91‑1 (MQ=255)

                                                                       tCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGt                     >  1:1214918/1‑91 (MQ=255)

                                                                       tCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGt                     >  1:1093864/1‑91 (MQ=255)

                                                                        cATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTa                    >  1:2891810/1‑91 (MQ=255)

                                                                          tttaagtgcatttgttTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAAt                  >  1:2112007‑M2/17‑91 (MQ=255)

                                                                            taagtgcatttgttTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAAttt                >  2:934686‑M2/15‑91 (MQ=255)

                                                                              agtgcatttgttTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAATTTGc              >  2:803346‑M2/13‑91 (MQ=255)

                                                                               gtgcatttgttTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAATTTGCa             >  2:2464000‑M2/12‑91 (MQ=255)

                                                                               gtgcatttgttTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAATTTGCa             >  2:1929575‑M2/12‑91 (MQ=255)

                                                                                tgcatttgttTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAATTTGCAc            >  1:67162‑M2/11‑91 (MQ=255)

                                                                                tgcatttgttTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAATTTGCAc            >  1:3088510‑M2/11‑91 (MQ=255)

                                                                                 gcatttgttTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAATTTGCACt           <  2:3155788‑M2/82‑1 (MQ=255)

                                                                                 gcatttgttTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAATTTGCACt           <  1:1446541‑M2/82‑1 (MQ=255)

                                                                                      tgttTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAATTTGCACTTCCac      <  2:2287427‑M2/87‑1 (MQ=255)

                                                                                          taattattaattatTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAATTTGCACTTCCacgacg  >  2:1480025/1‑91 (MQ=255)

TCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAATTTGCACTTCCACGACG  >  USA300TCH1516_ALE/1858347‑1858527

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 22 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.