| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1878597 = | 148 (0.730) | 12 (0.080) | 8/124 | NT | 9.8% | intergenic (+56/+61) | USA300HOU_RS09320/ebh_2 | Ferredoxin‑‑NADP reductase/Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1878652 = | 106 (0.670) | intergenic (+111/+6) | USA300HOU_RS09320/ebh_2 | Ferredoxin‑‑NADP reductase/Extracellular matrix‑binding protein ebh | |||||
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
ATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCT > USA300TCH1516_ALE/1878507‑1878687 | gatttaccattgaaagaatttgcactgattacaggtgcggctttgttagctagaagacgtactaaaaacgaaaaagaatcataattaacga > 1:117334‑M1/91‑91 (MQ=255)aTGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAA > 1:1094502‑M1/1‑91 (MQ=255) tGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAA > 2:3555386‑M1/1‑91 (MQ=255) tttaccattgaaagaatttgcactgattacaggtgcggctttgttagctagaagacgtactaaaaacgaaaaagaatcataattaacgaaa > 1:2313035‑M1/89‑91 (MQ=255) tttaccattgaaagaatttgcactgattacaggtgcggctttgttagctagaagacgtactaaaaacgaaaaagaatcataattaacgaaa > 1:528739‑M1/89‑91 (MQ=255) gCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAA > 1:2807113‑M1/1‑91 (MQ=255) gCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAA < 2:1286884‑M1/91‑1 (MQ=255) ccGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAAT > 2:2572050‑M1/1‑91 (MQ=255) ccattgaaagaatttgcactgattacaggtgcggctttgttagctagaagacgtactaaaaacgaaaaagaatcataattaacgAAATGAc < 2:3335695‑M1/7‑1 (MQ=255) cattgaaagaatttgcactgattacaggtgcggctttgttagctagaagacgtactaaaaacgaaaaagaatcataattaacgAAATGAcc > 1:2110067‑M1/84‑91 (MQ=255) aCATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACC > 1:1628805‑M1/1‑91 (MQ=255) attgaaagaatttgcactgattacaggtgcggctttgttagctagaagacgtactaaaaacgaaaaagaatcataattaacgAAATGACCt > 2:1610581‑M1/83‑91 (MQ=255) attgaaagaatttgcactgattacaggtgcggctttgttagctagaagacgtactaaaaacgaaaaagaatcataattaacgAAATGACCt > 2:45531‑M1/83‑91 (MQ=255) aTTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTT > 1:1847136‑M1/1‑91 (MQ=255) 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aTGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTACTATAACt > 2:1087925/1‑91 (MQ=255) gCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGa > 1:1217818/1‑91 (MQ=255) gCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGa < 1:784848/91‑1 (MQ=255) gCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGa < 2:1928970/91‑1 (MQ=255) gCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGa < 1:3639058/91‑1 (MQ=255) aaTGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCAc > 2:43638/1‑91 (MQ=255) aaTGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCAc > 2:1209339/1‑91 (MQ=255) aaTGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTCAATATAACTGAGTCAc > 2:3783833/1‑91 (MQ=255) aTGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACt < 2:1380905/91‑1 (MQ=255) aTGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACt < 2:1999988/91‑1 (MQ=255) aTGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACt > 2:551948/1‑91 (MQ=255) tGGAATAGTAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTa < 1:1955220/91‑1 (MQ=255) tGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTa > 2:690148/1‑91 (MQ=255) tGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTa < 1:439128/91‑1 (MQ=255) tGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACGGAGTCACTa < 2:3229716/91‑1 (MQ=255) taataGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAg < 1:345843/91‑1 (MQ=255) ataGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAgtg > 1:3348989/1‑91 (MQ=255) ataGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAgtg < 1:899175/91‑1 (MQ=255) ataGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAgtg > 1:3807151/1‑91 (MQ=255) aGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTc < 1:1648729/91‑1 (MQ=255) aGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTc < 1:1610787/91‑1 (MQ=255) gTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCg > 1:3925570‑M2/1‑90 (MQ=255) tataAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCgt > 1:943881‑M2/1‑89 (MQ=255) tataAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCgt < 1:2823159‑M2/91‑3 (MQ=255) tataAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACAAAAAAGTGTCgt < 2:512295‑M2/91‑3 (MQ=255) taAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCgtta > 2:1816878‑M2/1‑87 (MQ=255) taAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCgtta < 2:783100‑M2/91‑5 (MQ=255) ctttgttagctagaagacgtactaaaaacgaaaaagaatcataattaacgAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTta > 2:1880868‑M1/51‑91 (MQ=255) ctttgttagctagaagacgtactaaaaacgaaaaagaatcataattaacgAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTta > 1:1283043‑M1/51‑91 (MQ=255) tttgttagctagaagacgtactaaaaacgaaaaagaatcataattaacgAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTtat > 2:2090091‑M1/50‑91 (MQ=255) aaaaTTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCATAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCgttat < 1:3509739‑M2/91‑6 (MQ=255) aaTTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCgttatat < 1:2163986‑M2/91‑8 (MQ=255) aTTTGGTTCGATTCCCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTACTATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCgttatatt < 2:3744535‑M2/91‑9 (MQ=255) tttGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCgttatatta > 1:885118‑M2/1‑82 (MQ=255) ttGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCgttatattaa > 1:2366434‑M2/1‑81 (MQ=255) tGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCgttatattaag < 2:1099163‑M2/91‑12 (MQ=255) agctagaagacgtactaaaaacgaaaaagaatcataattaacgAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAg > 2:908813‑M1/44‑91 (MQ=255) ggTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCgttatattaagg > 1:844438‑M2/1‑79 (MQ=255) ttCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCgttatattaaggtc < 1:3106189‑M2/91‑15 (MQ=255) ttCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCgttatattaaggtc < 1:2024764‑M2/91‑15 (MQ=255) ttCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCgttatattaaggtc > 2:3491120‑M2/1‑77 (MQ=255) cGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCgttatattaaggtcat > 1:3252930‑M2/1‑75 (MQ=255) cGATTCGCGTGAGTAGGGCAACTTGGTCATTCATGTAGAAATGAGCGTATTATGACTGAGTCGTTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCAt < 2:3942931/91‑1 (MQ=255) aTTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTGACTAAAAAGTGTCgttatattaaggtcattt > 1:3270630‑M2/1‑73 (MQ=255) tctcTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACgacactttttagtgactcagttatattaaggtcattttt < 1:3506908‑M1/91‑40 (MQ=255) ctctTTAGTAGGGCAACGTTGTCATTCAAAGAAAAATGACCTTAAGATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGt < 2:3598310/91‑1 (MQ=255) ccttAGTAGATCAACTTTTTAATTCATATTTTAATGCCCTTAATCTATCGGAGTCACTACCTAGTGGCGTTATTTTGAGTTCGTTTCGTTa > 2:2196792/3‑91 (MQ=255) ttAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGGCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAAt < 2:2239756/91‑1 (MQ=255) tagtagATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAAtt > 1:3875576/1‑91 (MQ=255) tagtagATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAAtt < 1:2554012/91‑1 (MQ=255) agtagATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAACGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTa > 2:2542369/1‑91 (MQ=255) agtagATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTa > 1:3405944/1‑91 (MQ=255) agtagATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTa > 1:1927656/1‑91 (MQ=255) gtagATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTAt < 2:2691183/91‑1 (MQ=255) aaaacgaaaaagaatcataattaacgAAATGACCTTAATATAACAGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTAt > 1:3142397‑M1/27‑91 (MQ=255) gATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGAt > 2:860567/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |