| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1878597 = | 148 (0.730) | 12 (0.080) | 8/124 | NT | 9.8% | intergenic (+56/+61) | USA300HOU_RS09320/ebh_2 | Ferredoxin‑‑NADP reductase/Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1878652 = | 106 (0.670) | intergenic (+111/+6) | USA300HOU_RS09320/ebh_2 | Ferredoxin‑‑NADP reductase/Extracellular matrix‑binding protein ebh | |||||
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
CTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAATCC > USA300TCH1516_ALE/1878564‑1878742 | ctctTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGt < 2:3561648/91‑1 (MQ=255) tctTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGCGTCGTTATCTTAAGGTCATTTCGtt > 2:3771768/1‑91 (MQ=255) ctTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTa < 2:2636253/91‑1 (MQ=255) ctTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTa > 1:3402416/1‑91 (MQ=255) ctTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATAGAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTa < 1:363148/91‑1 (MQ=255) ccttAGTAGATCAACTTTTTAATTCATATTTTAATGCCCTTAATCTATCGGAGTCACTACCTAGTGGCGTTATTTTGAGTTCGTTTCGTTa > 2:2196792/3‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |