| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1928296 | 216 (1.060) | 12 (0.070) | 9/140 | NT | 5.4% | intergenic (‑250/+51) | USA300HOU_RS09565/USA300HOU_RS09575 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1928318 | 228 (1.280) | intergenic (‑272/+29) | USA300HOU_RS09565/USA300HOU_RS09575 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 310 total aligned reads displayed.
TATTCATTTTTGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGC > USA300TCH1516_ALE/1928206‑1928386 | tatTCATTTTTGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAA > 1:2485157‑M1/1‑91 (MQ=255) atTCATTTTTGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTAATTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGaaa > 2:1419179/1‑91 (MQ=255) ttCATTTTTGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGaaaa < 1:700736/91‑1 (MQ=255) ttCATTTTTGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGaaaa < 1:1945683/91‑1 (MQ=255) tCATTTTTGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGaaaaa < 1:2379564/91‑1 (MQ=255) aTTTTTGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAAtt < 1:2969493/91‑1 (MQ=255) tttGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTa < 1:2264174/91‑1 (MQ=255) tttGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTa < 1:1364683/91‑1 (MQ=255) ttGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAATAAATGGCTATGAAAAATTCTAt > 2:3877235/1‑91 (MQ=255) tCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATccc > 2:635154/1‑91 (MQ=255) tCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATccc < 2:2323366/91‑1 (MQ=255) cAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCa > 1:2705369/1‑91 (MQ=255) cAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCa > 1:497167/1‑91 (MQ=255) cAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCa < 1:3662652/91‑1 (MQ=255) aaGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCAt < 2:1010320/91‑1 (MQ=255) aGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATa < 1:3148854/91‑1 (MQ=255) gtTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGAt < 1:1274824/91‑1 (MQ=255) gtTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGAt < 1:1125144/91‑1 (MQ=255) cTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATttc < 1:355788/91‑1 (MQ=255) tttttCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCt > 1:1657737‑M2/1‑90 (MQ=255) ttttCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCtt > 2:2946272‑M2/1‑89 (MQ=255) tttCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTAATTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttc < 1:418927‑M2/91‑4 (MQ=255) aaTTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTTTGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcatat < 2:1140574‑M2/91‑8 (MQ=255) attattTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTttcatagc > 1:1568744‑M2/1‑83 (MQ=255) attTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCaa < 2:703247/91‑1 (MQ=255) ttgattgaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATg < 1:34590/91‑1 (MQ=255) ttgattgaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATg < 1:377247/91‑1 (MQ=255) tgattgaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGc < 1:387043/91‑1 (MQ=255) tgattgaCGGTTTGCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAGATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGc < 1:3955727/91‑1 (MQ=255) gattgaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCt < 1:2845377/91‑1 (MQ=255) gattgaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCt < 2:315692/91‑1 (MQ=255) gattgaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCt < 2:2474084/91‑1 (MQ=255) attgaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTa < 2:2581817/91‑1 (MQ=255) ttgaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTaa > 2:2557404/1‑91 (MQ=255) aCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTACAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAAttt > 2:1515255/1‑91 (MQ=255) aCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTttcatagccattttttaaaa > 2:2667305‑M2/1‑71 (MQ=255) cGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTg < 1:847953/91‑1 (MQ=255) cGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTg > 1:521179/1‑91 (MQ=255) ttttCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGttt > 1:2553757/1‑91 (MQ=255) ttttCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGttt > 1:3079390/1‑91 (MQ=255) tttCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGtttt > 1:3055028/1‑90 (MQ=255) tttCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTc > 1:1819826/1‑91 (MQ=255) tttCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTc > 2:2055803/1‑91 (MQ=255) ttCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCa < 1:1844351/91‑1 (MQ=255) ttCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCa > 1:3099294/1‑91 (MQ=255) tCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCAt < 2:1122838/91‑1 (MQ=255) tCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCAt < 2:3533729/91‑1 (MQ=255) aTTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCa < 1:1617156/91‑1 (MQ=255) aTTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGCCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCACTGCTAATTTGTTTCATGTCa > 2:1678192/1‑91 (MQ=255) tttACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTc < 1:1013086/91‑1 (MQ=255) tttACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTc > 1:1492059/1‑91 (MQ=255) tttACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTc > 2:3574099/1‑91 (MQ=255) ttACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCt < 1:3602342/91‑1 (MQ=255) ttACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCt < 2:2980041/91‑1 (MQ=255) tACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCtt < 1:1438038/91‑1 (MQ=255) tACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCtt > 1:951273/1‑91 (MQ=255) aCTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCttt < 1:3541874/91‑1 (MQ=255) cTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCTCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTa > 1:1756550/1‑91 (MQ=255) cTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTa > 1:1922719/1‑91 (MQ=255) ttCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTaa > 2:1635516/1‑91 (MQ=255) ttCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTaa < 1:1968520/91‑1 (MQ=255) ttCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTATATCCCCATCGATTTCCTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTaa > 2:28914/1‑91 (MQ=255) tCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTaaa > 2:1757708/1‑91 (MQ=255) tCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTCCttcatagccattttttaatagagcatgcagtaataaattgg < 2:2965137‑M2/91‑42 (MQ=255) aTGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAAt > 2:1824149/1‑91 (MQ=255) gCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTc < 2:2187282/91‑1 (MQ=255) ctctTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTcc < 1:2602229/91‑1 (MQ=255) ctTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTa > 2:3408231/1‑91 (MQ=255) ttttAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTaa < 2:2410410/91‑1 (MQ=255) tAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTaaaaa < 1:655696/91‑1 (MQ=255) tAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTaaaaa > 2:1297719/1‑91 (MQ=255) tAAAAAATGGCTATGAAAAATTCGATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTaaaaa < 2:3676284/91‑1 (MQ=255) aaaaaTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAata > 1:124673/1‑91 (MQ=255) aaaTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAatata > 1:977543/1‑91 (MQ=255) aaaTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCAAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAatata > 1:287335/1‑91 (MQ=255) aaTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcatagccattttttaaaagagcatgaagtaaaaaattggaaaaccgtcaatcaaa < 2:749069‑M2/91‑58 (MQ=255) aTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATCGATTTCttcatagccattttttaaaagagcctgaagtaaaaaattggaaaaccgtcaatcaaat < 2:3927912‑M2/91‑59 (MQ=255) aTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAAtatata > 1:2427363/1‑91 (MQ=255) 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ggCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcatagccattttttaaaagagcatgaagtaaaaaattggaaaaccgtcaatcaaataa < 1:2009715‑M2/91‑61 (MQ=255) ggCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcatagccattttttaaaagagcatgaagtaaaaaattggaaaaccgtcaatcaaataa < 2:2331712‑M2/91‑61 (MQ=255) ggCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATaaa < 2:418119/91‑1 (MQ=255) ggCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATaaa < 2:1341228/91‑1 (MQ=255) gCTATGAAgaaatctatggggatagaatttttcatagccattttttaaaagagcatgaagtaaaaaattggaaaaccgtcaatcaaataat < 1:1089531‑M1/91‑84 (MQ=255) gCTATGAAgaaatctatggggatagaatttttcatagccattttttaaaagagcatgaagtaaaaaattggaaaaccgtcaatcaaataat > 2:2600586‑M1/1‑8 (MQ=255) cTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcatagccattttttaaaagagcatgaagtaaaaaattggaaaaccgtcaatcaaataatt < 2:1438187‑M2/91‑63 (MQ=255) cTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACt < 2:2229755/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |