New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1928296 | 216 (1.060) | 12 (0.070) | 9/140 | NT | 5.4% | intergenic (‑250/+51) | USA300HOU_RS09565/USA300HOU_RS09575 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1928318 | 228 (1.280) | intergenic (‑272/+29) | USA300HOU_RS09565/USA300HOU_RS09575 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Only 100 of 302 total aligned reads displayed.
CTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCATAAGTAACACAGCAAAAATTG > USA300TCH1516_ALE/1928228‑1928408 | cTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATttc < 1:355788/91‑1 (MQ=255) tttttCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCt > 1:1657737‑M2/1‑90 (MQ=255) tttttCAATTATTTGATTGACGGATTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCt < 1:1174406‑M2/91‑2 (MQ=255) ttttCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCtt < 1:782287‑M2/91‑3 (MQ=255) ttCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttca > 1:3845813‑M2/1‑87 (MQ=255) attattTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcatagc < 1:1089531‑M2/91‑9 (MQ=255) attattTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcatagc > 2:2600586‑M2/1‑83 (MQ=255) ttattTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcatagcc < 1:79834‑M2/91‑10 (MQ=255) ttattTGATTGAAGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcatagcc > 1:490132‑M2/1‑82 (MQ=255) attTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCaa < 1:3875107/91‑1 (MQ=255) attTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCaa < 2:703247/91‑1 (MQ=255) tttGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAAt > 1:3618879/1‑91 (MQ=255) tgattgaCGTTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCCATGAAAAATTCTATCCCCAGAGATTTCTTCATAGCCAATGc < 1:2862716/91‑1 (MQ=255) tgattgaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGc < 1:2778738/91‑1 (MQ=255) 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aCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTttcatagccattttttaaaa > 2:2667305‑M2/1‑71 (MQ=255) aCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAAttt < 1:973228/91‑1 (MQ=255) aCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCAAAAAAAAAAAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAAttt < 2:1254104/91‑1 (MQ=25) cGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTg > 1:521179/1‑91 (MQ=255) ttttCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGttt > 1:3079390/1‑91 (MQ=255) tttCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTc > 2:2055803/1‑91 (MQ=255) tttCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTc > 1:1819826/1‑91 (MQ=255) ttCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCa < 1:1844351/91‑1 (MQ=255) ttCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCa > 1:3099294/1‑91 (MQ=255) tCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCAt < 2:1122838/91‑1 (MQ=255) tCCAATTTGTTACTTCATGCTCTTTGAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTGCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCAt < 2:1574600/91‑1 (MQ=255) cAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCACTGCTACTTTGTTTCATGt > 2:885746/1‑91 (MQ=255) aTTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCa < 1:1617156/91‑1 (MQ=255) ttttttACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCAt < 2:2180841/91‑1 (MQ=255) tttttACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCAtt < 1:3280556/91‑1 (MQ=255) tttttACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCAtt > 2:1654464/1‑91 (MQ=255) 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tACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCtt < 1:1947069/91‑1 (MQ=255) cTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTa > 1:3451802/1‑91 (MQ=255) cTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTa < 1:1268471/91‑1 (MQ=255) cTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTa > 1:1756953/1‑91 (MQ=255) ttCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTATATCCCCATCGATTTCCTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTaa > 2:28914/1‑91 (MQ=255) tCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTaaa > 2:1757708/1‑91 (MQ=255) tCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTaaa > 2:2977242/1‑91 (MQ=255) cATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTaaaa > 1:989269/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |