| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1990341 = | 192 (0.940) | 13 (0.080) | 7/124 | NT | 9.5% | intergenic (‑90/+61) | queG/tcyC_1 | Epoxyqueuosine reductase/L‑cystine import ATP‑binding protein TcyC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1990392 = | 98 (0.620) | intergenic (‑141/+10) | queG/tcyC_1 | Epoxyqueuosine reductase/L‑cystine import ATP‑binding protein TcyC | |||||
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
ATCGTATGCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTG > USA300TCH1516_ALE/1990251‑1990430 | gagtcaggcacaccagtcgaaatatttgaacaaccgcaacatgaaagaacacaaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacgAAg > 2:1978844‑M1/89‑91 (MQ=255) cGTATGCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAg > 1:3218892/1‑91 (MQ=255) agtcaggcacaccagtcgaaatatttgaacaaccgcaacatgaaagaacacaaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacgAAGc < 1:3709490‑M1/4‑1 (MQ=255) agtcaggcacaccagtcgaaatatttgaacaaccgcaacatgaaagaacacaaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacgAAGc > 2:2359286‑M1/88‑91 (MQ=255) gtcaggcacaccagtcgaaatatttgaacaaccgcaacatgaaagaacacaaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacgAAGCt > 1:1365945‑M1/87‑91 (MQ=255) tcaggcacaccagtcgaaatatttgaacaaccgcaacatgaaagaacacaaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacgAAGCtt < 1:2794526‑M1/6‑1 (MQ=255) tcaggcacaccagtcgaaatatttgaacaaccgcaacatgaaagaacacaaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacgAAGCtt > 2:3949957‑M1/86‑91 (MQ=255) aTGCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCtt > 1:1120848/1‑91 (MQ=255) aTGCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCtt > 2:1068694/1‑91 (MQ=255) aTGCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCtt > 2:3258557/1‑91 (MQ=255) tGCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTg < 2:3329147/91‑1 (MQ=255) tGCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTg > 1:1572471/1‑91 (MQ=255) ggcgcaccagtcgaaatatttgaacaaccgcaacatgaaagcacacaaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacgAAGCTTgac < 2:3498973‑M1/9‑2 (MQ=255) ggcacaccagtcgaaatatttgaacaaccgcaacatgaaagaacacaaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacgAAGCTTGaa < 2:1607621‑M1/9‑1 (MQ=255) ggcacaccagtcgaaatatttgaacaaccgcaacatgaaagaacacaaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacgAAGCTTGaa > 1:901853‑M1/83‑91 (MQ=255) ccccccATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGaa > 1:409601/1‑91 (MQ=255) ccccccATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGaa > 1:1411590/1‑91 (MQ=255) cccccATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAat > 2:2646567/1‑91 (MQ=255) cacaccagtcgaaatatttgaacaaccgcaacatgaaagaacacaaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacgAAGCTTGAata > 2:959675‑M1/81‑91 (MQ=255) acaccagtcgaaatatttgaacaaccgcaacatgaaagaacacaaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacgAAGCTTGAatat < 2:1545357‑M1/12‑1 (MQ=255) cATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCCTATTGTGGTTTCCTTTCCCATAATGTTAGTAATAAAAAGCTTGAatatat > 1:3113192/1‑91 (MQ=255) cATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAatatat > 2:3781428/1‑91 (MQ=255) accagtcgaaatatttgaacaaccgcaacatgaaagaacacaaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacgAAGCTTGAatatat < 1:2869805‑M1/14‑1 (MQ=255) ccagtcgaaatatttgaacaaccgcaacatgaaagaacacaaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacgAAGCTTGAATATATg < 1:1600772‑M1/15‑1 (MQ=255) tAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGa < 1:1273992/91‑1 (MQ=255) tAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGa < 1:2263469/91‑1 (MQ=255) agtcgaactatttgaacaaccgcaacatgaaagaacacaaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacgAAGCTTGAATATATGat > 2:3517880‑M1/75‑91 (MQ=255) agtcgaaatatttgaacaaccgcaacatgaaagaacacaaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacgAAGCTTGAATATATGat > 2:1147410‑M1/75‑91 (MQ=255) aaaaTAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGat < 2:132609/91‑1 (MQ=255) aaaaTAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGat > 1:187530/1‑91 (MQ=255) aaaTAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGata > 2:2214707/1‑91 (MQ=255) aataatACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGatat < 2:63560/91‑1 (MQ=255) aataatACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGatat < 2:1037088/91‑1 (MQ=255) aataatACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGatat > 1:482962/1‑91 (MQ=255) aataatACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAAGTTTACTAATAAAACGCTTGAATATATGatat > 2:2532359/1‑91 (MQ=255) ataataCTATGTTATTTTGACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGAtata < 2:3818541/91‑1 (MQ=255) ataataCTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGAtata > 2:289768/1‑91 (MQ=255) taataCTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATaa < 2:1744495/91‑1 (MQ=255) ataCTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATACTTTTAATCATAAAAAGCTTGAATATATGATATAAcc > 2:3916108/1‑90 (MQ=255) ataCTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACt < 1:856193/91‑1 (MQ=255) ataCTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACt < 2:1196644/91‑1 (MQ=255) cTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTtg < 2:1796738/91‑1 (MQ=255) cTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTtg > 1:3871497/1‑91 (MQ=255) cTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTtg < 1:3576195/91‑1 (MQ=255) aTGTTATTTCAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTtgtg < 1:3791878/91‑1 (MQ=255) ttATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTgtggtg > 2:486697/1‑91 (MQ=255) aTTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCg < 2:1482610/91‑1 (MQ=255) tttAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTa > 1:2655304/1‑91 (MQ=255) ttAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTAt > 2:283030/1‑91 (MQ=255) gcaacatgaaagaacacaaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacgAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCa > 2:2061067‑M1/54‑91 (MQ=255) caacatgaaagaacacaaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacgAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCat > 1:2356935‑M1/53‑91 (MQ=255) acacAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATAAAAAAAAAAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCat < 2:1852980/91‑1 (MQ=255) cacaACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCata < 2:2731804/91‑1 (MQ=255) aacatgaaagaacacaaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacgAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCata > 1:993895‑M1/52‑91 (MQ=255) acatgaaagaacacaaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacgAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCatat > 1:308454‑M1/51‑91 (MQ=255) acatgaaagaacacaaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacgAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCatat > 1:561055‑M1/51‑91 (MQ=255) acaACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCatat > 2:2509004/1‑91 (MQ=255) catgaaagaacacaaaatttcttgacaagagtattataacaacgtaacgATGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCatata > 2:3675971‑M1/50‑91 (MQ=255) caACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCatata > 1:3765811/1‑91 (MQ=255) caACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCatata > 1:1739746/1‑91 (MQ=255) aCCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGGATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATAtt > 1:2706229/1‑91 (MQ=255) aCCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATAtt > 1:1330557/1‑91 (MQ=255) 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tatTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGtt > 1:2066987/1‑91 (MQ=255) tatTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGtt > 2:2650869/1‑91 (MQ=255) atTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTa < 1:2171037/91‑1 (MQ=255) gAGGTTTCATTTCACATAGTTTTAATAGTAAAAAGCTTGAATATATGATATAACGTTGTGGTGCGTATCATATATTTAAGCTTCGTTAGgt < 2:1144334/91‑1 (MQ=255) tttcatttcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAGTATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGgttgtt < 2:3121531/91‑1 (MQ=255) tcatttcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTtat < 1:2565742/91‑1 (MQ=255) catttcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTtata > 2:1882822/1‑91 (MQ=255) catttcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTtata > 1:837053/1‑91 (MQ=255) catttcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTtata > 1:3836374/1‑91 (MQ=255) catttcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTtata > 1:3835194/1‑91 (MQ=255) catttcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGAGATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTtata < 2:1991992/91‑1 (MQ=255) atttcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTataa < 2:879729/91‑1 (MQ=255) ttcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTataata > 1:3568666/1‑91 (MQ=255) atcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTataata < 2:875572/90‑1 (MQ=255) tcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATAc > 1:2772289/1‑91 (MQ=255) tcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATAc > 1:2472803/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |