| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1990341 = | 192 (0.940) | 13 (0.080) | 7/124 | NT | 9.5% | intergenic (‑90/+61) | queG/tcyC_1 | Epoxyqueuosine reductase/L‑cystine import ATP‑binding protein TcyC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1990392 = | 98 (0.620) | intergenic (‑141/+10) | queG/tcyC_1 | Epoxyqueuosine reductase/L‑cystine import ATP‑binding protein TcyC | |||||
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
TCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGGTTGTTCAAATATTTCGACTGGTGTGCCTGACTCTAC > USA300TCH1516_ALE/1990302‑1990482 | tCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTc > 2:1099388/1‑91 (MQ=255) cATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCg < 1:2726050/91‑1 (MQ=255) atatTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGt < 1:2035585/91‑1 (MQ=255) atatTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGt < 2:2973107/91‑1 (MQ=255) tatTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGtt > 2:2650869/1‑91 (MQ=255) atTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTa < 1:2171037/91‑1 (MQ=255) ttGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAg > 2:1569528/1‑91 (MQ=255) gAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGgt < 2:1144498/91‑1 (MQ=255) aGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGgtt < 2:2787769/91‑1 (MQ=255) tttcatttcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGgttgtt > 1:977910/1‑91 (MQ=255) ttccattccaCATAATCGTAATAATAAAAAGCTCGAATATATGAAAAAACACTGAGGTCCGTATCAAACATTCAAGCTTCACTAGgatgta > 2:1991777/4‑90 (MQ=255) tcatttcaCATAATTTTAATAATAAAAAGATTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTtat < 1:3174484/91‑1 (MQ=255) catttcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTtata > 2:1882822/1‑91 (MQ=255) catttcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTtata > 1:3826924/1‑91 (MQ=255) catttcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTtata > 1:3835194/1‑91 (MQ=255) atttcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTataa < 2:879729/91‑1 (MQ=255) tttcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTataat > 2:1122158/1‑91 (MQ=255) tttcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTataat < 1:552188/91‑1 (MQ=255) atcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTataata < 2:875572/90‑1 (MQ=255) acaTACTTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTAACATATATTAAAGCTTCGTTAGGTCGTTATAATAccc > 2:602992/1‑89 (MQ=255) acaTAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATActc > 2:2337576/1‑91 (MQ=255) caTAAGTTTGATGATAAGAAGCTTGAATAGATGATATAACGTTGTGGGGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATAgtct < 2:3501674/91‑1 (MQ=255) aTTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCt > 2:1731196/1‑91 (MQ=255) aTTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCt > 1:637254/1‑91 (MQ=255) aTTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCt > 2:2467301/1‑91 (MQ=255) aTTTTAATAATAAAAAGCGTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCt < 1:1769041/91‑1 (MQ=255) ttttAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATGATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTa < 2:3003353/91‑1 (MQ=255) ttttAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTa < 1:400339/91‑1 (MQ=255) ttttAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTa < 2:2145164/91‑1 (MQ=255) ttttAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTa < 1:1313935/91‑1 (MQ=255) tttAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTaa < 2:1363805/91‑1 (MQ=255) tttAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATAGAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTaa < 2:2875203/91‑1 (MQ=255) ttAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAg < 1:1808226/91‑1 (MQ=255) taataataaAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGa > 2:782553/1‑91 (MQ=255) atagtaaAAAGCTTGAATAGATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATCTATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGaaa < 2:364472/91‑1 (MQ=255) ataataaAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGaaa > 1:163360/1‑91 (MQ=255) taaAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAAtttt < 2:1914050/91‑1 (MQ=255) aaaaaGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTtg > 1:838857/1‑91 (MQ=255) aaaaaGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTtg > 1:1090865/1‑91 (MQ=255) aaaaaGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTtg > 1:3568686/1‑91 (MQ=255) AGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGtt < 2:1439779‑M1/91‑1 (MQ=255) GCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTc < 2:3841066‑M1/91‑1 (MQ=255) CTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCt > 1:1747642‑M1/1‑91 (MQ=255) TGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCttt < 2:3415770‑M1/91‑1 (MQ=255) TGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCttt < 2:3416003‑M1/91‑1 (MQ=255) GAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTc > 2:222242‑M1/1‑91 (MQ=255) GAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTc > 2:2894228‑M1/1‑91 (MQ=255) aatatatgatacgcaccacaaagttatatcatatattcaagcttCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCa > 1:3722298‑M2/45‑91 (MQ=255) ATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTTGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCAt > 2:3045775‑M1/1‑91 (MQ=255) ATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCAt > 1:7148‑M1/1‑91 (MQ=255) ATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCAt > 2:2135015‑M1/1‑91 (MQ=255) ATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCAt < 2:2739916‑M1/91‑1 (MQ=255) tatatgatacgcaccacaaagttatatcatatattcaagcttCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATg > 1:299264‑M2/43‑91 (MQ=255) tatatgatacgcaccacaaagttatatcatatattcaagcatCGTTACGTTGTTATAATACTCTTGTCAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATg > 2:3675971‑M2/43‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |