| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2057377 = | 198 (0.970) | 27 (0.150) | 13/138 | NT | 16.3% | intergenic (+134/+158) | USA300HOU_RS10370/USA300HOU_RS10375 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2057415 = | 106 (0.600) | intergenic (+172/+120) | USA300HOU_RS10370/USA300HOU_RS10375 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
GTCTCTAGGAAGAAAAAATTTCATGCGATGAGATTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGAACCCCCAGCATATGCTTTATATAGCTTGCTGGGGGTTTCTCATACAATATGGATCGAGCATCTTGCATGTATAAACAAATAGGCTATTCA > USA300TCH1516_ALE/2057287‑2057467 | gTCTCTAGGAAGAAAAAATTTCATGCGATGAGATTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGa < 1:3395738/91‑1 (MQ=255)agaggaaaggctattcaaagtttgagtaattttactttgaatagcctatttgtttatacatgcaagatgctcgatccatattgtatgagaa > 1:2706856‑M1/91‑91 (MQ=255) tctcTAGGAAGAAAAAATTTCATGCGATGAGATTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGaa < 2:2729558/91‑1 (MQ=255) tcgctAGGGAGAAATAAGTTCATGCGATGAGATTGTTTTAGAAAAGGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGag < 2:1157255/88‑2 (MQ=255) ctctAGGAAGAAAAAATTTCATGCGATGAGATTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGAAc < 1:3535797/91‑1 (MQ=255) aggaaaggctattcaaagtttgagtaattttactttgaatagcctatttgtttatacatgcaagatgctcgatccatattgtatgagaAAc < 1:709379‑M1/3‑1 (MQ=255) tctAGGTAGAAAAAATTTCATGCGATGAGATTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGAAcc > 2:435628/1‑91 (MQ=255) tctAGGAAGAAAAAATTTCATGCGATGAGATTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGAAcc > 2:852350/1‑91 (MQ=255) ggaaaggctattcaaagtttgagtaattttactttgaatagcctatttgtttatacatgcaagatgctcgatccatattgtatgagaAAcc < 2:2990233‑M1/4‑1 (MQ=255) gaaaggctattcaaagtttgagtaattttactttgaatagcctatttgtttatacatgcaagatgctcgatccatattgtatgagaAAccc > 1:127303‑M1/87‑91 (MQ=255) gaaaggctattcaaagtttgagtaattttactttgaatagcctatttgtttatacatgcaagatgctcgatccatattgtatgagaAAccc > 1:2269861‑M1/87‑91 (MQ=255) gaaaggctattcaaagtttgagtaattttactttgaatagcctatttgtttatacatgcaagatgctcgatccatattgtatgagaAAccc > 2:518219‑M1/87‑91 (MQ=255) ctAGGAAGAAAAAATTTCATGCGATGAGATTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGAAccc < 2:2869719/91‑1 (MQ=255) ctAGGAAGAAAAAATTTCATGCGATGAGATTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGAAccc < 2:1266420/91‑1 (MQ=255) 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gtaattttactttgaatagcctatttgtttatacatgcaagatgctcgatccatattgtatgagaAACCCCCAGCATATGCTTTATATAGc > 1:2239604‑M1/66‑91 (MQ=255) gtaattttactttgaatagcctatttgtttatacatgcaagatgctcgatccatattgtatgagaAACCCCCAGCATATGCTTTATATAGc > 1:750263‑M1/66‑91 (MQ=255) cGATGGGATTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGAACCCCCAGCATATGCTTTATATAGc < 1:3644493/91‑1 (MQ=255) cGATGAGATTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGAACCCCCAGCATATGCTTTATATAGc < 1:1821507/91‑1 (MQ=255) cGATGAGATTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGAACCCCCAGCATATGCTTTATATAGc < 1:1853088/91‑1 (MQ=255) ggagaTTGTTTTAGAATAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGAACCCCCAGCATATGCTTTATATAGCTTg < 2:3781211/90‑1 (MQ=255) attttactttgaatagcctatttgtttatacatgcaagatgctcgatccatattgtatgagaAACCCCCAGCATATGCTTTATATAGCTTg > 2:1854869‑M1/63‑91 (MQ=255) gagaTTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGAACCCCCAGCATATGCTTTATATAGCTTGc < 2:1548361/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |