| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2082368 = | 234 (1.150) | 16 (0.090) | 9/138 | NT | 8.0% | intergenic (+9/+315) | aspC/USA300HOU_RS10520 | Aspartate aminotransferase/65 kDa membrane protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2082406 = | 167 (0.950) | intergenic (+47/+277) | aspC/USA300HOU_RS10520 | Aspartate aminotransferase/65 kDa membrane protein | |||||
Only 100 of 302 total aligned reads displayed.
TATTGCGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATT > USA300TCH1516_ALE/2082278‑2082458 | aTTGCGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCaa < 2:166798/91‑1 (MQ=255) aTTGCGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCaa < 2:3177929/91‑1 (MQ=255) ttGCGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAAc < 2:185541/91‑1 (MQ=255) gCGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCa > 1:873837/1‑91 (MQ=255) gCGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCa < 1:1324964/91‑1 (MQ=255) gCGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCa > 2:3044546/1‑91 (MQ=255) aactaattaggtatagtgtttgacaagttgctgaataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCa > 1:3105903‑M1/87‑91 (MQ=255) aactaattaggtatagtgtttgacaagttgctgaataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCa > 1:3191674‑M1/87‑91 (MQ=255) cGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATATTTAATTTCAACCaa > 2:539233/1‑91 (MQ=255) cGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCaa > 1:2624681/1‑91 (MQ=255) cGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGAGATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCaa < 2:3713233/91‑1 (MQ=255) actaattaggtatagtgtttgacaagttgctgaataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCaa < 1:1454746‑M1/6‑1 (MQ=255) gTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCaat > 2:2422650/1‑91 (MQ=255) gTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCaat < 2:1465313/91‑1 (MQ=255) taattaggtatagtgtttgacaagttgctgaataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCaata < 1:1588063‑M1/8‑1 (MQ=255) tAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGCTTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCaataat > 2:2570782/1‑91 (MQ=255) tAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCaataat < 2:2406064/91‑1 (MQ=255) attaggtatagtgtttgacaagttgctgaataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCaataat > 1:3439826‑M1/82‑91 (MQ=255) ttaggtatagtgtttgacaagttgctgaataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCAATAATc > 2:148203‑M1/81‑91 (MQ=255) gCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTGAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTCCAACCAATAATCt > 1:3958041/1‑91 (MQ=255) gCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCt < 1:2759563/91‑1 (MQ=255) cTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCtg > 1:1749877/1‑91 (MQ=255) cTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCtg < 1:54996/91‑1 (MQ=255) tgtgTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCtga < 2:2627175/91‑1 (MQ=255) gtgtAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCtgat > 2:144904/1‑91 (MQ=255) gtAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCtgatga > 2:1530461/1‑91 (MQ=255) gtAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCtgatga > 2:625819/1‑91 (MQ=255) tAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAg < 2:1013557/91‑1 (MQ=255) tAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAg < 2:319316/91‑1 (MQ=255) gAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTa < 2:766219/91‑1 (MQ=255) aaaaaGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTAt > 2:1344025/1‑91 (MQ=255) aaaaaGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTAt < 2:1131487/91‑1 (MQ=255) aaaaaGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTAt > 2:3887418/1‑91 (MQ=255) aaaaGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATg > 2:1636025/1‑91 (MQ=255) agaagaTATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACt < 1:1807029/91‑1 (MQ=255) agaTATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCgg > 2:2237479/1‑91 (MQ=255) agaTATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACGCgg > 1:3063444/1‑91 (MQ=255) gaTATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGa > 1:3499327/1‑91 (MQ=255) atatCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGat > 1:3588380/1‑91 (MQ=255) atatCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGat > 1:2897091/1‑91 (MQ=255) tatCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGatt < 1:795896/91‑1 (MQ=255) atCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGatta > 1:1145165/1‑91 (MQ=255) atCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGatta < 2:609792/91‑1 (MQ=255) tCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGattat < 2:1424887/91‑1 (MQ=255) ccACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTg > 2:2388170/1‑91 (MQ=255) tgaataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTgg > 1:3759101‑M1/56‑91 (MQ=255) cacaTGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTgg > 2:3582709/1‑91 (MQ=255) acaTGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGGTTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAAACAATATTCTGATGAGTATGACTCTGATTATTGGt < 2:2828170/91‑1 (MQ=255) acaTGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGt > 2:300173/1‑91 (MQ=255) aTGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGttt > 2:2735570/1‑91 (MQ=255) taaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGtttt > 1:2038002‑M1/52‑91 (MQ=255) gTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGttttt > 1:1948738/1‑91 (MQ=255) aTTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTttttta < 1:2281633/91‑1 (MQ=255) aTTTGATTCAATTGCT‑AAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttat > 2:519025/1‑91 (MQ=255) tttGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttat > 1:1715254/1‑91 (MQ=255) tttGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttat > 1:1865855/1‑91 (MQ=255) ttGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttatt < 2:337225/91‑1 (MQ=255) ttGAGTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttatt < 1:2557391/91‑1 (MQ=255) tGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttattt > 1:107443/1‑91 (MQ=255) tGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttattt < 1:1392213/91‑1 (MQ=255) gATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttatttt > 2:2939180/1‑91 (MQ=255) tCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTaa < 1:3909975/91‑1 (MQ=255) aTTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAat < 2:1258953/91‑1 (MQ=255) aTTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAat > 1:2946384/1‑91 (MQ=255) ttGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAatt < 1:3877011/91‑1 (MQ=255) tGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGCATATTGGTTTTTTATTTTTAAAatta > 1:3665779/1‑91 (MQ=255) tGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAatta < 1:974985/91‑1 (MQ=255) tGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAatta < 1:3728066/91‑1 (MQ=255) gCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAattat < 1:2928343/91‑1 (MQ=255) cTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAattatt > 2:1196736/1‑91 (MQ=255) 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ttaattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGatat < 1:3413336/91‑1 (MQ=255) aattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGatatat > 1:2168560/1‑91 (MQ=255) attTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATAtt > 1:1098692/1‑91 (MQ=255) tttCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATAttt > 2:1077930/1‑91 (MQ=255) cAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCTTTCTTTCAAAGTATCATAGGATATATTTTAt > 2:3280971/1‑91 (MQ=255) AACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTAtt < 1:2443787‑M1/91‑1 (MQ=255) | TATTGCGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATT > USA300TCH1516_ALE/2082278‑2082458 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |