New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2082368 = | 234 (1.150) | 16 (0.090) | 9/138 | NT | 8.0% | intergenic (+9/+315) | aspC/USA300HOU_RS10520 | Aspartate aminotransferase/65 kDa membrane protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 2082406 = | 167 (0.950) | intergenic (+47/+277) | aspC/USA300HOU_RS10520 | Aspartate aminotransferase/65 kDa membrane protein |
Only 100 of 290 total aligned reads displayed.
ATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACTATACCTAATTAGTTTTATA > USA300TCH1516_ALE/2082316‑2082496 | aTGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGttt > 1:1617506/1‑91 (MQ=255) aTGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGttt > 2:2735570/1‑91 (MQ=255) taaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGtttt > 1:2038002‑M1/52‑91 (MQ=255) taaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGtttt > 1:3952818‑M1/52‑91 (MQ=255) aTTTGATTCAATTGCT‑AAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttat > 2:519025/1‑91 (MQ=255) tttGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttat > 1:1715254/1‑91 (MQ=255) tttGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttat > 2:672605/1‑91 (MQ=255) tGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttattt > 1:107443/1‑91 (MQ=255) gATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttatttt > 2:2939419/1‑91 (MQ=255) ttCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttattttta < 2:2965468/91‑1 (MQ=255) tCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTaa > 1:1377000/1‑91 (MQ=255) tCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTaa < 2:2898500/91‑1 (MQ=255) tCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTaa < 2:327370/91‑1 (MQ=255) cAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGAATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTaaa > 1:2790833/1‑91 (MQ=255) aaTTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTaaaa > 1:1129444/1‑91 (MQ=255) aTTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAat > 1:2863504/1‑91 (MQ=255) aTTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAat < 2:1258953/91‑1 (MQ=255) aTTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAat > 1:2946384/1‑91 (MQ=255) aTTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAat < 2:3603224/91‑1 (MQ=255) ttGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAatt > 2:3328229/1‑91 (MQ=255) ttGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAatt < 1:2347295/91‑1 (MQ=255) ttGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAatt < 1:3876887/91‑1 (MQ=255) tGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGCATATTGGTTTTTTATTTTTAAAatta > 1:3665779/1‑91 (MQ=255) tGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAatta < 1:974985/91‑1 (MQ=255) tGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAatta < 1:3728066/91‑1 (MQ=255) gCTAAAGCGCTTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTTAAattat > 2:1350847/1‑91 (MQ=255) gCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAattat < 1:2928343/91‑1 (MQ=255) gCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAattat > 1:195682/1‑91 (MQ=255) tAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTc > 1:1141971/1‑91 (MQ=255) tAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTc > 1:461059/1‑91 (MQ=255) aaaGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATAACTTGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTcc < 1:3156172/91‑1 (MQ=255) aaGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCct < 1:764178/91‑1 (MQ=255) cGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCcttct < 2:2420864/91‑1 (MQ=255) gATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCcttctt < 1:1228161/91‑1 (MQ=255) gATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCcttctt < 2:3475253/91‑1 (MQ=255) gatgaCTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCaa > 2:146890/1‑91 (MQ=255) gatgaCTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCaa > 1:817624/1‑91 (MQ=255) gatgaCTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCaa > 1:3102898/1‑91 (MQ=255) atgaCTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCaaa < 2:2161813/91‑1 (MQ=255) gaCTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGt < 1:1783715/91‑1 (MQ=255) aCTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTa > 1:620920/1‑91 (MQ=255) aCTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTa < 2:985999/91‑1 (MQ=255) aCTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTa < 1:1315079/91‑1 (MQ=255) aaGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTCTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCAt > 1:3170340/1‑91 (MQ=255) aGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATa < 1:1877319/91‑1 (MQ=255) gATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATaa > 1:376606/1‑91 (MQ=255) aTAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAACGTATCATAAg > 2:3635968/1‑91 (MQ=255) taattaatTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGa < 2:2526969/91‑1 (MQ=255) aattaattTCAACCAATACTCGGAGGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGat < 1:2210315/91‑1 (MQ=255) taattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGatata > 2:3165949/1‑91 (MQ=255) aattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGatatat < 1:3888899/91‑1 (MQ=255) aattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGatatat > 2:1975866/1‑91 (MQ=255) aaaaaaccaataatccgagtcatactcatcagattattggttTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATCAGATATAttt > 2:2171128‑M2/43‑91 (MQ=255) tCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAAATATTCCTTCTTTTAAAGTATCATAAGATATATTTTa > 2:3917815/1‑91 (MQ=255) aaaaccaataatccgagtcatactcatcagattattggttTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTa > 1:2038090‑M2/41‑91 (MQ=255) aaaccaataatccgagtcatactcatcagattattggttTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTAt > 2:2667298‑M2/40‑91 (MQ=255) aaaccaataatccgagtcatactcatcagattattggttTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTAt > 2:1630326‑M2/40‑91 (MQ=255) AACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTAtt < 1:3280850‑M1/91‑1 (MQ=255) ACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTc < 1:2501889‑M1/91‑1 (MQ=255) ACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTc > 1:1494757‑M1/1‑91 (MQ=255) ACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTc < 1:2666943‑M1/91‑1 (MQ=255) CCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCa < 2:1099296‑M1/91‑1 (MQ=255) CCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCa > 2:60490‑M1/1‑91 (MQ=255) AATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGc > 2:3764306‑M1/1‑91 (MQ=255) ATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCa < 2:3201289‑M1/91‑1 (MQ=255) ATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCa < 1:3404408‑M1/91‑1 (MQ=255) TAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTTAAATTATTCCTTTTTTCAAAGTATCATATGATATATTTTATTTAGCaa < 2:2799864‑M1/91‑1 (MQ=255) TAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCaa < 1:3707461‑M1/91‑1 (MQ=255) atccgagtcatactcatcagattattggttTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACt > 1:995948‑M2/31‑91 (MQ=255) ATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACt < 2:2644489‑M1/91‑1 (MQ=255) tgatgaGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGt < 1:3825319/91‑1 (MQ=255) tgatgaGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGt < 1:2984129/91‑1 (MQ=255) gatgaGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTc > 1:1258345/1‑91 (MQ=255) gatgaGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTc > 1:3876013/1‑91 (MQ=255) gatgaGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTc < 2:3498701/91‑1 (MQ=255) tgaGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCaa < 1:1860396/91‑1 (MQ=255) tgaGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCaa < 2:467392/91‑1 (MQ=255) tgaGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCaa < 1:510982/91‑1 (MQ=255) 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ttggttTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACTATACCTAATTAGt < 2:1437884‑M2/85‑1 (MQ=255) ttggttTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACTATACCTAATTAGt > 2:2985163‑M2/7‑91 (MQ=255) ggttTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACTATACCTAATTAGttt < 2:3862630‑M2/87‑1 (MQ=255) ttTTTTATTTTTAAAATTATTCCTCCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTCGTCAAACACTATACCTAATTAGTTTta > 2:2549512‑M2/3‑91 (MQ=255) ttttatttttaAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACTATACCTAATTAGTTTtata < 1:2542296/91‑1 (MQ=255) ttttatttttaAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACTATACCTAATTAGTTTtata > 1:1002610/1‑91 (MQ=255) | ATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACTATACCTAATTAGTTTTATA > USA300TCH1516_ALE/2082316‑2082496 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |