| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2236031 | 141 (0.690) | 10 (0.060) | 6/142 | NT | 7.1% | intergenic (‑304/+43) | tdk/rpmE2 | Thymidine kinase/50S ribosomal protein L31 type B |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2236051 | 138 (0.760) | intergenic (‑324/+23) | tdk/rpmE2 | Thymidine kinase/50S ribosomal protein L31 type B | |||||
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
ATTATGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTCCACACG > USA300TCH1516_ALE/2235941‑2236121 | aTTATGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCT < 1:1086849‑M1/91‑1 (MQ=255)aTTATGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCT > 1:3234505‑M1/1‑91 (MQ=255) ttATGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTa < 1:1561958/91‑1 (MQ=255) tATGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTAc < 1:3747492/91‑1 (MQ=255) tGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTActt < 1:1135562/91‑3 (MQ=255) gTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAAt > 1:1059685/1‑91 (MQ=255) 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tGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCaga > 2:159568‑M2/1‑88 (MQ=255) gAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCagac < 1:151194‑M2/91‑5 (MQ=255) aGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTgcatcctataatggaattgtagaca < 1:2266118‑M1/91‑26 (MQ=255) gTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCagacag > 1:2652153‑M2/1‑85 (MQ=255) cACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCagacagct > 1:878049‑M2/1‑83 (MQ=255) cACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTAAAATAAAAAAAAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCagacagct > 2:2679437‑M2/1‑83 (MQ=255) cttcttTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTa > 2:661088/1‑91 (MQ=255) tcttTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAAc < 1:1908491/91‑1 (MQ=255) tcttTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAAc < 1:3053849/91‑1 (MQ=255) tttGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCACTGTAGGATGCAGACAGCTTAACGa > 2:1586067/1‑91 (MQ=255) ttGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGAt < 1:2060971/91‑1 (MQ=255) tGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGAtt < 1:1885914/91‑1 (MQ=255) cacaGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACta > 1:1994390/1‑91 (MQ=255) cacaGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACta > 2:1040627/1‑91 (MQ=255) acaGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACtat < 2:813932/91‑1 (MQ=255) caGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACtata < 2:2004081/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |