| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2245364 = | 180 (0.880) | 19 (0.100) | 10/144 | NT | 10.7% | intergenic (‑223/+113) | pyrG/rpoE | CTP synthase/putative DNA‑directed RNA polymerase subunit delta |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2245398 = | 154 (0.840) | intergenic (‑257/+79) | pyrG/rpoE | CTP synthase/putative DNA‑directed RNA polymerase subunit delta | |||||
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
CCGTTTCCATACTGCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATAAAATTTTATCATCTTT > USA300TCH1516_ALE/2245274‑2245454 | ccGTTTCCATACTGCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAA > 1:2920838‑M1/1‑91 (MQ=255)ccGTTTCCATACTGCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAA > 2:176888‑M1/1‑91 (MQ=255) caacgattaattttttgtttgacttttagttgaaagatgataaaattttattcgggctcctttaaataggacacgtgtataaaatttatAc < 1:2538909‑M1/2‑1 (MQ=255) caacgattaattttttgtttgacttttagttgaaagatgataaaattttattcgggctcctttaaataggacacgtgtataaaatttatAc < 1:2367646‑M1/2‑1 (MQ=255) caacgattaattttttgtttgacttttagttgaaagatgataaaattttattcgggctcctttaaataggacacgtgtataaaatttatAc < 1:969186‑M1/2‑1 (MQ=255) cGTTTCCATACTGCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAAC > 2:1652781‑M1/1‑91 (MQ=255) tttCCATACTGCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGC < 2:3115136‑M1/91‑1 (MQ=255) tttCCATACTGCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGC < 1:1842682‑M1/91‑1 (MQ=255) acgattaattttttgtttgacttttagttgatagatgataaaattttattcgggctcctttaaataggacacgtgtataaaatttatACGc > 1:3165638‑M1/88‑91 (MQ=255) acgattaattttttgtttgacttttagttgaaagatgataaaattttattcgggctcctttaaataggacacgtgtataaaatttatACGc > 1:2523112‑M1/88‑91 (MQ=255) ttCCATACTGCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCT < 1:2846066‑M1/91‑1 (MQ=255) ttCCATACTGCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCT > 1:1526825‑M1/1‑91 (MQ=255) cgattaattttttgtttgacttttagttgaaagatgataaaattttattcgggctgctttaaataggacacgtgtataaaatttatACGCt < 2:801194‑M1/5‑1 (MQ=255) aTACTGCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCct > 1:3312427/1‑91 (MQ=255) gaCTGCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCctc < 2:1297464/90‑1 (MQ=255) aCTGCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCctct < 2:1051041/91‑1 (MQ=255) aCTGCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCctct < 2:2009528/91‑1 (MQ=255) aCTGCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCctct > 2:3058604/1‑91 (MQ=255) cTGCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCtctc < 2:969398/91‑1 (MQ=255) gCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTcac > 2:2772136/1‑91 (MQ=255) aTGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACaaa < 2:1705844/91‑1 (MQ=255) aTGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTAATCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACaaa > 1:3239716/1‑91 (MQ=255) tGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAAt < 1:3609919/91‑1 (MQ=255) tGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAAt > 2:2951447/1‑91 (MQ=255) tgacttttagttgaaagatgataaaattttattcgggctcctttaaataggacacgtgtataaaatttatACGCTCCCTCTCACAAATTCt > 1:727963‑M1/71‑91 (MQ=255) cTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGt < 1:508682/91‑1 (MQ=255) tATGTATATCATTTACAACTTTGATATTTGCGTTATCATTTCTAGAATTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTa < 2:174561/91‑1 (MQ=255) cttttagttgaaagatgataaaattttattcgggctcctttaaatagggcacgtgtataaaatttatACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTa > 2:796445‑M1/68‑91 (MQ=255) cttttagttgaaagatgataaaattttattcgggctcctttaaataggacacgtgtataaaatttatACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTa > 1:3194935‑M1/68‑91 (MQ=255) ttttagttgaaagatgataaaattttattcgggctcctttaaataggacacgtgtataaaatttatACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTaa > 2:2040124‑M1/67‑91 (MQ=255) aTGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTaa > 1:450522/1‑91 (MQ=255) tttagttgaaagatgataaaagtttattcgggctcctttaaataggacacgtgtataaaattgatACGCTCCCTCTCGCAAATTCTGCAAg > 2:1880515‑M1/66‑91 (MQ=255) ttagttgaaagatgataaaattttattcgggctcctttaaataggacacgtgtataaaatttatACGCCCCCTCTCACAAATTCTGTAAgg > 2:2285327‑M1/65‑91 (MQ=255) gTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTTAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCTCAAATCAAGTAAgg > 2:2712649/1‑91 (MQ=255) gTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGg < 1:2046843‑M2/91‑2 (MQ=255) tataTCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGgg > 1:3324689‑M2/1‑89 (MQ=255) tataTCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATCCTGTAAGgg < 2:3692903‑M2/91‑3 (MQ=255) tagttgaaagatgataaaattttattcgggctcctttaaataggacacgtgtataaaatttatACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAggg > 1:3861609‑M1/64‑91 (MQ=255) tagttgaaagatgataaaattttattcgggctcctttaaataggacacgtgtataaaatttatACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAggg > 1:1235712‑M1/64‑91 (MQ=255) atatCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCcttacagaatttgtgagaggg < 2:779638‑M1/91‑22 (MQ=255) tatCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGggga > 2:1528084‑M2/1‑87 (MQ=255) tCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGg < 1:859463‑M2/86‑2 (MQ=255) tttACAACTAAGATTTTTACGTTATCATTTCTTCATTCACTAAAAAAAAAAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGta < 2:1251593/91‑1 (MQ=255) ttACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGtat < 1:2498206/91‑1 (MQ=255) gatgataaaattttattcgggctcctttaaataggacacgtgtataaaatttatACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGtata > 1:3441773‑M1/55‑91 (MQ=255) aCAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATaa < 1:2585492/91‑1 (MQ=255) aaCTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTaa > 1:1392927/1‑76 (MQ=255) aaCTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTaa < 2:1392927/76‑1 (MQ=255) aaCTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAAt > 1:2704993/1‑91 (MQ=255) aCTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAAtt > 2:1097254/1‑91 (MQ=255) cTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATaaaatt < 2:2637727/91‑4 (MQ=255) cTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTAACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAAttt > 1:1013585/1‑91 (MQ=255) ttGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGTGCGTATAAATTTta < 2:3352606/91‑1 (MQ=255) tGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTtat < 1:3686432/91‑1 (MQ=255) tGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTtat > 2:3948871/1‑91 (MQ=255) aTTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATac > 1:2447068/1‑91 (MQ=255) aTTTATGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATac > 1:3120008/1‑91 (MQ=255) tttttGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATaca > 1:1272955/1‑91 (MQ=255) ttttGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTACGGGGAGCGTATAAATTTTATacac > 2:3840675/1‑91 (MQ=255) ttttGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATacac > 1:3940629/1‑91 (MQ=255) ttGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATGAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCGCAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACgt < 2:1443153/91‑1 (MQ=255) tGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACgtg > 1:1016255/1‑91 (MQ=255) gtgTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACgtgt > 1:1536603/3‑91 (MQ=255) gCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACgtgt > 2:2466213/1‑91 (MQ=255) cGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTc > 2:2329873/1‑91 (MQ=255) gTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTcc < 1:1751560/91‑1 (MQ=255) gTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTcc > 1:1912738/1‑91 (MQ=255) gTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTcc < 2:867155/91‑1 (MQ=255) ttATCATTTCTTGA‑TTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTa < 2:1286318/91‑1 (MQ=255) tATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTa > 1:1986754/1‑91 (MQ=255) tATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTa > 2:216410/1‑91 (MQ=255) aTCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTAt < 1:618055/91‑1 (MQ=255) aTTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTa < 1:2191239/91‑1 (MQ=255) cTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAgg > 1:3593159/1‑91 (MQ=255) ttGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGa > 2:2743893/1‑91 (MQ=255) gATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGc < 1:2916834/91‑1 (MQ=255) gATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGc > 1:1122663/1‑91 (MQ=255) aTTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGcc > 1:321825/1‑91 (MQ=255) tttACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGccc > 2:1136500/1‑91 (MQ=255) ttACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCg < 1:1641043/91‑1 (MQ=255) ttACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCg < 1:1077234/91‑1 (MQ=255) aTTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATaaaa < 1:1066267/91‑1 (MQ=255) aTTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATaaaa < 1:915372/91‑1 (MQ=255) aTTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATaaaa > 2:3656276/1‑91 (MQ=255) aTTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATaaaa > 2:2055682/1‑91 (MQ=255) aTTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGAGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATaaaa > 2:3258149/1‑91 (MQ=255) taaataaaAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATAAAAtt < 2:908948/91‑1 (MQ=255) taaataaaAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATAAAAtt < 2:658100/91‑1 (MQ=255) aataaaAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATAAAAtttt < 1:2466213/91‑1 (MQ=255) ttaaaAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATAAAATTTTa < 2:3911796/90‑1 (MQ=255) ataaaAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATAAAATTTTa < 1:2418268/91‑1 (MQ=255) ataaaAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATAAAATTTTa < 2:485103/91‑1 (MQ=255) ataaaAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATAAAATTTTa < 1:2956844/91‑1 (MQ=255) ataaaAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATAAAATTTTa > 2:1939853/1‑91 (MQ=255) aaaaaaaCGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATAAAATTTTatc < 1:1769841/91‑1 (MQ=255) aaaaaCGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATACATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATAAAATTTTatcat > 2:3003822/1‑91 (MQ=255) aaaaCGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGgggagcgtttttttatttaattgagtaaatcaagaaatgataacgcaaaaatcaaagttgta < 1:341834‑M2/91‑63 (MQ=255) aaCGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATAAAATTTTATCATCtt > 2:726988/1‑91 (MQ=255) aaCGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATAAAATTTTATCATCtt > 1:3777759/1‑91 (MQ=255) aCGCTCCCcttacagaatttgtgagagggagcgtttttttatttaattgagtaaatcaagaaatgataacgcaaaaatcaaagttgtaaat > 1:2280818‑M1/1‑8 (MQ=255) | CCGTTTCCATACTGCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATAAAATTTTATCATCTTT > USA300TCH1516_ALE/2245274‑2245454 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |