| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2245371 | 168 (0.820) | 11 (0.060) | 6/144 | NT | 6.7% | intergenic (‑230/+106) | pyrG/rpoE | CTP synthase/putative DNA‑directed RNA polymerase subunit delta |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2245389 | 154 (0.840) | intergenic (‑248/+88) | pyrG/rpoE | CTP synthase/putative DNA‑directed RNA polymerase subunit delta | |||||
Only 100 of 299 total aligned reads displayed.
CATACTGCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATAAAATTTTATCATCTTTCAACTAA > USA300TCH1516_ALE/2245281‑2245461 | cATACTGCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCC > 1:617478‑M1/1‑91 (MQ=255)cATACTCCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCACCC > 1:3069398‑M1/1‑91 (MQ=255) aTACTGCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCct > 1:3130327/1‑91 (MQ=255) gaCTGCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCctc < 2:1297464/90‑1 (MQ=255) aCTGCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCctct < 2:2009463/91‑1 (MQ=255) aCTGCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCctct > 2:3058604/1‑91 (MQ=255) aCTGCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCctct > 2:682034/1‑91 (MQ=255) cTGCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCtctc < 1:1822377/91‑1 (MQ=255) cTGCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCtctc < 2:969398/91‑1 (MQ=255) gCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTcac < 1:1074972/91‑1 (MQ=255) tggcACTATGTATATCATTTACAACTTTGATGTGTGCGTTAGCATTTCTTGATTTACGCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAAt < 2:628315/88‑1 (MQ=255) tGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAAt < 1:3609919/91‑1 (MQ=255) tGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAAt > 1:3251348/1‑91 (MQ=255) tGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAAt > 2:2951447/1‑91 (MQ=255) gTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAAtt > 1:1058319/1‑91 (MQ=255) tCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCTTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTc > 2:3941596/1‑91 (MQ=255) tCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTc < 1:1140411/91‑1 (MQ=255) tgacttttagttgaaagatgataaaattttattcgggctcctttaaataggacacgtgtataaaatttatACGCTCCCTCTCACAAATTCt > 1:727963‑M1/71‑91 (MQ=255) aCTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTg < 2:1381060/91‑1 (MQ=255) cTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAAAAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGt < 2:2643589/91‑1 (MQ=255) tATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTa < 1:1354274/91‑1 (MQ=255) tATGTATATCATTTACAACTTTGATATTTGCGTTATCATTTCTAGAATTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTa < 2:174561/91‑1 (MQ=255) cttttagttgaaagatgataaaattttattcgggctcctttaaataggacacgtgtataaaatttatACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTa > 2:2214317‑M1/68‑91 (MQ=255) cttttagttgaaagatgataaaattttattcgggctcctttaaataggacacgtgtataaaatttatACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTa > 1:3194935‑M1/68‑91 (MQ=255) gTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGg < 1:2046843‑M2/91‑2 (MQ=255) gTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGg < 2:2713810‑M2/91‑2 (MQ=255) gTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGg < 2:2298766‑M2/91‑2 (MQ=255) tataTCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGgg < 1:2429896‑M2/91‑3 (MQ=255) tataTCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGgg > 1:3324689‑M2/1‑89 (MQ=255) tataTCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATCCTGTAAGgg < 2:3692903‑M2/91‑3 (MQ=255) tagttgaaagatgataaaattttattcgggctcctttaaataggacacgtgtataaaatttatACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAggg > 1:3861609‑M1/64‑91 (MQ=255) atatCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCcttacagaatttgtgagaggg < 2:779480‑M1/91‑22 (MQ=255) atatCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGggg > 1:3947855‑M2/1‑88 (MQ=255) tatCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGggga > 2:1528083‑M2/1‑87 (MQ=255) ttgaaagatgataaaattttattcgggctcctttaaataggacacgtgtataaaatttatACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAg > 1:210496‑M1/61‑91 (MQ=255) atCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGgggag < 2:3306616‑M2/91‑6 (MQ=255) cATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGgggagcg > 1:855291‑M2/1‑84 (MQ=255) aTTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCcttacagaatttgtgagagggagcgt < 2:3690279‑M1/91‑27 (MQ=255) ttACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCTATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGtat > 2:3563781/1‑91 (MQ=255) gatgataaaattttattcgggctcctttaaataggacacgtgtataaaatttatACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGtata > 1:3441773‑M1/55‑91 (MQ=255) aCAACTTTGATTTTTTCGTTTTCTTTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATaa > 2:1149439/1‑91 (MQ=255) aaCTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAAt > 1:2705140/1‑91 (MQ=255) aCTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTACGGGGCGCGTATAAAtt > 2:1097238/1‑91 (MQ=255) aCTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGCGCGTATAAAtt > 1:3497401/1‑91 (MQ=255) cTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTAACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAAttt > 1:1013585/1‑91 (MQ=255) tGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTtat < 1:3686432/91‑1 (MQ=255) tGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTtat > 1:2537353/1‑91 (MQ=255) tGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTtat > 2:3948871/1‑91 (MQ=255) aTTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATac > 1:1999101/1‑91 (MQ=255) tttttGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATaca > 2:2036491/1‑91 (MQ=255) ttttGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTACGGGGAGCGTATAAATTTTATacac > 2:3840675/1‑91 (MQ=255) ttttGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATacac > 1:1544990/1‑91 (MQ=255) ttGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACgt < 2:918654/91‑1 (MQ=255) tGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACgtg > 1:1016255/1‑91 (MQ=255) 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aaCGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATAAAATTTTATCATCtt < 1:2643612/91‑1 (MQ=255) aaCGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATAAAATTTTATCATCtt > 1:3777759/1‑91 (MQ=255) aCGCTCCCcttacagaatttgtgagagggagcgtttttttatttaattgagtaaatcaagaaatgataacgcaaaaatcaaagttgtaaat > 1:2280818‑M1/1‑8 (MQ=255) cGCTCCCcttacagaatttgtgagagggagcgtttttttatttaattgagtaaatcaagaaatgataacgcaaaaatcaaagttgtaaatg < 1:256642‑M1/91‑85 (MQ=255) GCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATAAAATTTTATCATCTTTCa < 2:3071455‑M1/91‑1 (MQ=255) TCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATAAAATTTTATCATCTTTCAAc < 1:3916761‑M1/91‑1 (MQ=255) TCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATAAAATTTTATCATCTTTCAAc > 2:1703805‑M1/1‑91 (MQ=255) cccTCTCACAAATTCTGTAAGgggagcgtttttttatttaattgagtacctcaagaaccgataacgcaaacaacaaagttgtaaatgatat < 2:2545089‑M2/91‑71 (MQ=255) cccTCTCACAAATTCTGTAAGgggagcgtttttttatttaattgagtaaatcaagaaatgataacgcaaaaatcaaagttgtaaatgatat < 2:2834874‑M2/91‑71 (MQ=255) cccTCTCACAAATTCTGTAAGgggagcgtttttttatttaattgagtaaatcaagaaatgataacgcaaaaatcaaagttgtaaatgatat < 2:779638‑M2/91‑71 (MQ=255) CCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATAAAATTTTATCATCTTTCAACt > 1:1902057‑M1/1‑91 (MQ=255) CCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATAAAATTTTATCATCTTTCAACt < 1:481809‑M1/91‑1 (MQ=255) CCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATAAAATTTTATCATCTTTCAACTa < 2:3181894‑M1/91‑1 (MQ=255) ccttacagaatttgtgagagggagcgtttttttatttaattgagtaaatcaagaaatgataacgcaaaaatcaaagttgtaaatga > 2:859463‑M1/1‑1 (MQ=255) | CATACTGCTATGTCACTATGTATATCATTTACAACTTTGATTTTTGCGTTATCATTTCTTGATTTACTCAATTAAATAAAAAAACGCTCCCTCTCACAAATTCTGTAAGGGGAGCGTATAAATTTTATACACGTGTCCTATTTAAAGGAGCCCGAATAAAATTTTATCATCTTTCAACTAA > USA300TCH1516_ALE/2245281‑2245461 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |