| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2307822 | 153 (0.750) | 16 (0.100) | 9/128 | NT | 11.2% | intergenic (‑186/+50) | USA300HOU_RS11770/fecD_2 | hypothetical protein/Fe(3+) dicitrate transport system permease protein FecD |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2307835 | 131 (0.810) | intergenic (‑199/+37) | USA300HOU_RS11770/fecD_2 | hypothetical protein/Fe(3+) dicitrate transport system permease protein FecD | |||||
Only 100 of 367 total aligned reads displayed.
TTTATGTATGCAAAATAATGAATAATTACAGTTATTAAATATACGCTATTTCTTGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTTTTAAACTCTAATCATATGTTAGTTATTTCATTCTTCGTAATAATATTAAGAAGTATGGTGCAC > USA300TCH1516_ALE/2307732‑2307912 | tttATGTATGCAAAATAATGAATAATTACAGTTATTAAATATACGCTATTTCTTGTAATTTTTCATTATGAATTCAAAAAAAGTTAAGTAC > 2:3341628‑M1/1‑91 (MQ=255)tttATGTATGCAAAATAATGAATAATTACAGTTATTAAATATACGCTATTTCTTGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTAC > 2:675785‑M1/1‑91 (MQ=255) atgtatgCAAAATAATGAATAATTACAGTTATTAAATATACGCTATTTCTTGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAAt > 1:3222324/1‑91 (MQ=255) atgtatgCAAAATAATGAATAATTACAGTTATTAAATATACGCTATTTCTTGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAAt > 1:476346/1‑91 (MQ=255) atgtatgCAAAATAATGAATAATTACAGTTATTAAATATACGCTATTTCTTGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAAt < 2:1778608/91‑1 (MQ=255) tgtatgCAAAATAATGAATAATTACAGTTATTAAATATACGCTATTTCTTGTAATTTTTTAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAAtt > 2:203004/1‑91 (MQ=255) tgtatgCAAAATAATGAATAATTACAGTTATTAAATATACGCTATTTCTTGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAAtt > 2:60884/1‑91 (MQ=255) tgtatgCAAAATAATGAATAATTACAGTTATTAAATATACGCTATTTCTTGTAATTTTTCAAGATGAAATCAAAAAAGGTTAAGTACAAtt < 2:2452417/91‑1 (MQ=255) gtatgCAAAATAATGAATAATTACAGTTATTAAATATACGCTATTTCTTGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTa < 2:22768/91‑1 (MQ=255) tatgCAAAATAATGAATAATTACAGTTATTAAATATACGCTATTTCTTGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTAc > 2:1005238/1‑91 (MQ=255) tgCAAAATAATGAATAATTACAGTTATTAAATATACGCTATTTCTTGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTg > 1:1220492/1‑91 (MQ=255) tgCAAAATAATGAATAATTACAGTTATTAAATATACGCTATTTCTTGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTg < 1:1486423/91‑1 (MQ=255) tgCAAAATAATGAATAATTACAGTTATTAAATATACGCTATTTCTTGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTg > 1:1633353/1‑91 (MQ=255) tatcggtgcaccatacttcttaatattattacgaagaatgaaataactaacatatgattagagtttAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGa > 2:2848317‑M1/67‑91 (MQ=255) cAAAATAATGAATAATTACAGTTATTAAATATACGCTATTTCTTGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGAt > 1:3354675/1‑91 (MQ=255) atcggtgcaccatagttcttaatattattacgaagaatgaaataactaacatatgattagagtttAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGAt > 2:975343‑M1/66‑91 (MQ=255) aaaTAATGAATAATTACAGTTATTAAATATACGCTATTTCTTGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGAttt < 1:3105665/91‑1 (MQ=255) gtgcaccagacttcttaatattattccgaagaatgaaataactaacatatgattagagtttTAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCg > 2:3433220‑M1/62‑91 (MQ=255) ataatGAATAATTACAGTTATTAAATATACGCTATTTCTTGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACgaaatcagtaattg < 2:2412218‑M1/91‑15 (MQ=255) ataatGAATAATTACAGTTATTAAATATACGCTATTTCTTGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACgaaatcagtaattg < 1:175962‑M1/91‑15 (MQ=255) ataatGAATAATTACAGTTATTAAATATACGCTATTTCTTGTAATTTTTCAAGATGAAAACAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCg > 2:3266897‑M2/1‑90 (MQ=255) tgcaccatacttcttaatattattacgaagaatgaaataactaacatatgattagagtttAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCGt > 2:2486704‑M1/61‑91 (MQ=255) taatGAATAATTACAGTTATTAAATATACGCTATTTCTTGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACgaaatcagtaattgt < 2:1763762‑M1/91‑16 (MQ=255) tGAATAATTACAGTTATTAAATATACGCTATTTCTTGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCgtact > 1:1055155‑M2/1‑86 (MQ=255) gAATAATTACAGTTATTAAATATACGCTCTTTCTTGTAATCTTTCAAGATGAATTCAAATAAGGTTAAGTACAATTTCTGATTTCgtactt > 1:778359‑M2/1‑85 (MQ=255) gAATAATTACAGTTATTAAATATACGCTATTTCTTGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCgtactt < 1:2061731‑M2/91‑7 (MQ=255) gAATAATTACAGTTATTAAATATACGCTATTTCTTGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCgtactt > 1:13734‑M2/1‑85 (MQ=255) ccatacttcttaatattattacgaagaatgaaataactaacatatgattagagtttAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCGTACtt > 1:2256152‑M1/57‑91 (MQ=255) aataatTTCAGTTATTAATTATACGCTATTTCTTGTCTTTTTTCGAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACTTTTCCTGATTTCGTACTTa < 2:3118604/91‑1 (MQ=255) aataatTACAGTTATTAAATATACGCTATTTCTTGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCgtactta > 2:2649908‑M2/1‑84 (MQ=255) aataatTACAGTTATTAAATATACGCTATTTCTTGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCgtactta > 1:2504394‑M2/1‑84 (MQ=255) aataatTACAGTTATTAAATATACGCTATTTCTTGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCgtactta < 1:187096‑M2/91‑8 (MQ=255) aataatTACAGTTATTAAATATACGCTATTTCTTGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCgtactta > 2:538313‑M2/1‑84 (MQ=255) ataatTACAGTTATTAAATATACGCTATTTCTTGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACgaaatcagtaattgtacttaa < 2:1982890‑M1/91‑22 (MQ=255) ataatTACAGTTATTAAATATACGCTATTTCTTGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACgaaatcagtaattgtacttaa < 1:2804277‑M1/91‑22 (MQ=255) taatTACAGTTATTAAATATACGCTATTTCTTGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCgtacttaac < 1:2893711‑M2/91‑10 (MQ=255) acttcttaatattattacgaagaatgaaataactaacatatgattagagtttAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAAcc > 1:2209274‑M1/53‑91 (MQ=255) ttcttaatattagtacgaagaatgaaataacaaacatatgattagagtttAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCtt > 2:2986209‑M1/51‑91 (MQ=255) ttACAGTTATTAAATATACGCTATTTCTTGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACgaaatcagtaattgtacttaacctt < 1:2046835‑M1/91‑26 (MQ=255) tACAGTTATTAAATATACGCTATTTCTTGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCgtacttaaccttt > 1:1841188‑M2/1‑78 (MQ=255) gTTATTAAATATACGCTATTTCTTGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTTTTa < 1:340715/91‑1 (MQ=255) ttaAATATACGCTATTTCTTGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTTTTAAAct < 2:1900088/91‑1 (MQ=255) aaaTATACGCTATTTCTTGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTTTTAAActct > 2:2575923/1‑91 (MQ=255) aaaTATACGCTATTTCTTGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTTTTAAActct > 1:1559914/1‑91 (MQ=255) aaTATACGCTATTTCTTGTAATTTTTTAATATTATTTCAAAAAAGGATATGTAAAATTATTGATTTCGTACTTAACCTTTTTTAAACTCTa > 2:2641777/1‑91 (MQ=255) aaTATACGCTATTTCTTGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTTTTAAACTCTa > 2:1538092/1‑91 (MQ=255) ataCGCTATTTCTTGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTTTTAAACTCTAATc > 1:1040757/1‑91 (MQ=255) ataCGCTATTTCTTGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTTTTAAACTCTAATc < 2:3574775/91‑1 (MQ=255) ataCGCTATTTCTTGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTTTTAAACTCTAATc < 1:2826816/91‑1 (MQ=255) ataCGCTATTTCTTGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAACTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTCTTAAACTCTAATc > 1:3952587/1‑91 (MQ=255) cGCTATTTCTTGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTTTTAAACTCTAATCata > 1:2932143/1‑91 (MQ=255) tATTCCTTGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTTTTAAACTCTAATCATATgt > 1:3125653/1‑91 (MQ=255) tCTAGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTCTTTTAAACTCTAATCATATgttagt < 1:3064196/91‑1 (MQ=255) cTTGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTTTGAAACTCTAATCATATgttagtt > 2:3182087/1‑91 (MQ=255) ttGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTTTTAAACTCTAATCATATgttagtta > 2:3619596/1‑91 (MQ=255) tGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTTTTAAACTCTAATCATATGTTAGTTAt > 1:159075/1‑91 (MQ=255) tAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTTTTAAACTCTAATCATATGTTAGTTAttt < 2:1851204/91‑1 (MQ=255) tAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTTTTAAACTCTAATCATATGTTAGTTAttt > 2:2042857/1‑91 (MQ=255) aTTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTTTTAAACTCTAATCATATGTTAGTTATTTCa < 2:1081921/91‑1 (MQ=255) ttCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTTTTAAACTCTAATCATATGTTAGTTATTTCCttct > 2:23201/1‑91 (MQ=255) ttCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTTTTAAACTCTAATCATATGTTAGTTATTTCAtttt > 2:3727384/1‑89 (MQ=255) ttCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTTTTAAACTCTAATCATATGTTAGTTATTTCAttct < 2:1394097/91‑1 (MQ=255) ttCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTTTTAAACTCTAATCATATGTTAGTTATTTCAttct < 1:2631766/91‑1 (MQ=255) tCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTTTTAAACTCTAATCATATGTTAGTTATTTCAttctt < 2:225062/91‑1 (MQ=255) cAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTTTTAAACTCTAATCATATGTTAGTTATTTCAttcttc > 1:2631161/1‑91 (MQ=255) aaGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTTTTAAACTCTAATCATATGTTAGTTATTTCATTCTTCg > 1:2308531/1‑91 (MQ=255) aGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTTTTAAACTCTAATCATATGTTAGTTATTTCATTCTTCGt > 2:494760/1‑91 (MQ=255) aTGAATTCAAAAAAGGCTAAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTTTTTAACTCTAATCATACTTAAGTTATTCCTTTCTTCTtaa > 2:3037837/1‑91 (MQ=255) gAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTTTTAAACTCTAATCATATGTTAGTTATTTCATTCTTCGtaata < 2:1609984/91‑1 (MQ=255) ttCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTTTTAAACTCTAATCATATGTTAGTTATTTCATTCTTCGTAataata > 2:1672020/1‑91 (MQ=255) tCAAACAAGGTTAAGTACAATTACTCATTTCGTACTTAATCTTTTTTAAACTCCAATCATATGTTAGTTATTTCATTCTTCGTAATAatat < 1:3683021/91‑1 (MQ=255) tCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTTTTATACTCTAATCATATGTTAGTTATTTCATTCTTCGTAATAatat > 2:2949306/1‑91 (MQ=255) cAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTTTTAAACTCTAATCATATGTTAGTTATTTCATTCTTCGTAATAATAtt < 1:2768997/91‑1 (MQ=255) AAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGGTTTCGTACTTAACCTTTTTTAAACTCTAATCATATGTTAGTTATTTCATTCTTCGTAATAATATTa < 1:943134‑M1/91‑1 (MQ=255) aaaaaGGTTAAGTACgaaatcagtaattgtacttaaccttttttgaattcatcttgaaaaattacaagaaatagcgtatatttaataactg < 2:3773194‑M1/91‑77 (MQ=255) AAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTTTTAAACTCTAATCATATGTTAGTTATTTCATTCTTCGTAATAATATTaa < 1:1636927‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTTTTAAACTCTAATCATATGTTAGTTATTTCATTCTTCGTAATAATATTaa > 2:3365403‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTTTTAAACTCTAATCATATGTTAGTTATTTCATTCTTCGTAATAATATTaa < 1:882629‑M1/91‑1 (MQ=255) aaaGGTTAAGTACgaaatcagtaattgtacttaaccttttttgaattcatcttgaaaaattacaagaaatagcgtatatttaataactgta < 2:111861‑M1/91‑79 (MQ=255) aaaGGTTAAGTACgaaatcagtaattgtacttaaccttttttgaattcatcttgaaaaattacaagaaatagcgtatatttaataactgta > 2:3939420‑M1/1‑13 (MQ=255) AAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTTTTAAACTCTAATCATATGTTAGTTATTTCATTCTTCGTAATAATATTaaga < 1:3521512‑M1/91‑1 (MQ=255) AAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTTTTAAACTCTAATCATATGTTAGTTATTTCATTCTTCGTAATAATATTaagaa > 1:2613146‑M1/1‑91 (MQ=255) AGGTTAAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTTTTAAACTCTAATCATATGTTAGTTATTTCATTCTTCGTAATAATATTaagaag > 2:127851‑M1/1‑91 (MQ=255) ggataagTACgaaatcagtaattgtacttaaccttttttgaattcatcttgaaaaattacaagaaatagcgtatatttaataactgtaatt > 1:1362992‑M1/4‑10 (MQ=255) ggTTAAGTACgaaatcagtaattgtacttaaccttttttgaattcatcttgaaaaattacaagaaatagcgtatatttaataactgtaatt > 2:1517425‑M1/1‑10 (MQ=255) gTTAAGTACAATTACTGATTTCgtacttaaccttttttgaattcatcttgaaaaattacaagaaatagcgtatatttaataactgtaatta < 2:3862113‑M2/91‑70 (MQ=255) tAAGTACgaaatcagtaattgtacttaaccttttttgaattcatcttgaaaaattacaagaaatagcgtatatttaataactgtaattatt > 2:63385‑M1/1‑7 (MQ=255) tAAGTACAATTACTGATTTCgtacttaaccttttttgaattcatcttgaaaaattacaagaaatagcgtatatttaataactgtaattatt < 1:2386500‑M2/91‑72 (MQ=255) TAAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTTTTAAACTCTAATCATATGTTAGTTATTTCATTCTTCGTAATAATATTAAGAAGTATg < 1:3783279‑M1/91‑1 (MQ=255) aaGTACgaaatcagtaagtgtacttaaccttttttgaattcatcttgaaaaattacaagaaatagcgtatatttaaaaactgtaattattc < 2:3797765‑M1/91‑86 (MQ=255) aaGCACgaaatcagtaattgtacttaaccttttttgaattcatcttgaaaaattacaagaaatagcgtatatttaataactgtaattattc > 2:3500349‑M1/1‑6 (MQ=255) AAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTTTTAAACTCTAATCATATGTTAGTTATTTCATTCTTCGTAATAATATTAAGAAGTATgg > 2:1300212‑M1/1‑91 (MQ=255) aGTACgaaatcagtaattgtacttaaccttttttgaattcatcttgaaaaattacaagaaatagcgtatatttaataactgtaattattca > 2:285231‑M1/1‑5 (MQ=255) aGTACgaaatcagtaattgtacttaaccttttttgaattcatcttgaaaaattacaagaaatagcgtatatttaataactgtaattattca > 2:2719130‑M1/1‑5 (MQ=255) aGTACgaaatcagtaattgtacttaaccttttttgaattcatcttgaaaaattacaagaaatagcgtatatttaataactgtaattattca > 2:349242‑M1/1‑5 (MQ=255) gTACgaaatcagtaattgtacttaacctttttttttttcttcttgaaaaattacaagaaatagcgtatatttaataaccgtacttattcat > 2:3296200‑M1/1‑4 (MQ=255) tACgaaatcagtaattgtacttaaccttttttgaattcatcttgaaaaattacaagaaatagcgtatatttaataactgtaattattcatt < 1:1464365‑M1/91‑89 (MQ=255) ACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTTTTAAACTCTAATCATATGTTAGTTATTTCATTCTTCGTAATAATATTAAGAAGTATGGTGCa > 1:594151‑M1/1‑91 (MQ=255) cAATTACTGATTTCgtacttaaccttttttgaattcatcttgaaaaattacaagaaatagcgtatatttactaactgtaattattcattat < 2:3797868‑M2/91‑78 (MQ=255) CAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTTTTAAACTCTAATCATATGTTAGTTATTTCATTCTTCGTAATAATATTAAGAAGTATGGTGCAc > 2:1167081‑M1/1‑91 (MQ=255) | TTTATGTATGCAAAATAATGAATAATTACAGTTATTAAATATACGCTATTTCTTGTAATTTTTCAAGATGAATTCAAAAAAGGTTAAGTACAATTACTGATTTCGTACTTAACCTTTTTTAAACTCTAATCATATGTTAGTTATTTCATTCTTCGTAATAATATTAAGAAGTATGGTGCAC > USA300TCH1516_ALE/2307732‑2307912 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |