| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2442806 = | 119 (0.580) | 17 (0.100) | 12/128 | NT | 14.2% | intergenic (+3/+55) | glvR/USA300HOU_RS12585 | HTH‑type transcriptional regulator GlvR/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2442855 = | 111 (0.680) | intergenic (+52/+6) | glvR/USA300HOU_RS12585 | HTH‑type transcriptional regulator GlvR/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 312 total aligned reads displayed.
TTCTAGCTTCATCAGTTATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACAT > USA300TCH1516_ALE/2442716‑2442896 | tCTAGCTTCATCAGTTATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAA > 1:819676‑M1/1‑91 (MQ=255) aatatcatgatgccctggtgcctggtttcgaactgatgttggataagatgtaccacggtatcgaaacatcaacacaacaataaaatgataa < 1:507561‑M1/2‑1 (MQ=255) cTAGCTTCATAAGTTATCATATAGTCGTTGAAACACTTGTAAAAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATAAAAAAATAAAAAAA < 2:910402‑M1/91‑1 (MQ=255) atatcatgatgccatggtgcatggtttcgaattgatgtttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgataaa > 1:1463679‑M1/89‑91 (MQ=255) atatcatgatgccatggtgcatggtttcgaattgatgtttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgataaa < 1:1661805‑M1/3‑1 (MQ=255) atatcatgatgccatggtgcatggtttcgaattgatgtttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgataaa > 1:1597136‑M1/89‑91 (MQ=255) atatcatgatgccatggtgcatggttgcgaattgatgtttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgataaa > 2:1488641‑M1/89‑91 (MQ=255) tAGCTTCATCAGTTATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGCGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAA > 2:2297118‑M1/1‑91 (MQ=255) aGCTTCATCAGTTATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAG > 2:2226373‑M1/1‑91 (MQ=255) aGCTTCATCAGTTATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAG > 2:3296282‑M1/1‑91 (MQ=255) gCTTCATCAGTTATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGG > 1:346035‑M1/1‑91 (MQ=255) gCTTCATCAGTTATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGG < 1:3088522‑M1/91‑1 (MQ=255) atgccatggtgcatggtttcgaattgatgtttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgatAAAAGGAAGtt < 1:103418‑M1/11‑1 (MQ=255) atgccatggtgcatggtttcgaattgatgtttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgatAAAAGGAAGtt < 2:588935‑M1/11‑1 (MQ=255) tgccatggtgcatggtttcgaattgatgtttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgatAAAAGGAAGTTa < 1:2767817‑M1/12‑1 (MQ=255) tcaGTTATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTA < 2:2374997‑M1/91‑1 (MQ=255) caGTTATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTAT < 1:3913799‑M1/91‑1 (MQ=255) caGTTATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTAAAATTAGAAAAAAGGAAGTTAT < 2:335503‑M1/91‑1 (MQ=255) caGTTATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTAAAAAATAGAAAAAAGGAAGTTAT < 2:1273369‑M1/91‑1 (MQ=255) aGTTATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATG > 2:244939‑M1/1‑91 (MQ=255) aGTTATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATG > 1:1892223‑M1/1‑91 (MQ=255) aGTTATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATG < 1:3046269‑M1/91‑1 (MQ=255) catggtgcatggtttcgaattgatgtttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgatAAAAGGAAGTTATGa > 1:2351588‑M1/77‑91 (MQ=255) tATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGAtt > 2:740971/1‑91 (MQ=255) aTCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGAttt < 1:2398591/91‑1 (MQ=255) cATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTaa > 2:2115256/1‑91 (MQ=255) cATANATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATANTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTaa < 2:2345018/91‑1 (MQ=255) atatatTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAAt > 2:3959337/1‑91 (MQ=255) tatatTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATg < 1:2616412/91‑1 (MQ=255) ttCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCt < 1:1949982/91‑1 (MQ=255) ttCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCt > 1:735609/1‑91 (MQ=255) tCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCtt < 1:2271550/91‑1 (MQ=255) cTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTg < 2:2498649/91‑1 (MQ=255) gAAGCACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATaggctcaaggccatta < 1:3118901‑M1/91‑17 (MQ=255) ttgatgtttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgatAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTa > 1:667841‑M1/58‑91 (MQ=255) tgatgtttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgatAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTAt > 1:994813‑M1/57‑91 (MQ=255) acacTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATaggctcaaggccattaaat < 2:2434548‑M1/91‑20 (MQ=255) acacTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTat < 2:366347‑M2/91‑3 (MQ=255) acacTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATCGCCTTAAGCATaa > 2:1786894/1‑90 (MQ=255) acTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatca < 1:2542763‑M2/91‑5 (MQ=255) tgtttgataagatgtactacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgatAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCAt > 1:3389468‑M1/54‑91 (MQ=255) cTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATaggctcaaggccattaaatcat < 1:1728497‑M1/91‑23 (MQ=255) cTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATaggctcaaggccattaaatcat < 1:1403149‑M1/91‑23 (MQ=255) cTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATaggctcaaggccattaaatcat < 1:1533275‑M1/91‑23 (MQ=255) cTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcat < 1:93751‑M2/91‑6 (MQ=255) cTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcat < 2:168002‑M2/91‑6 (MQ=255) cTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcat > 2:3061283‑M2/1‑86 (MQ=255) cTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcat < 2:3179104‑M2/91‑6 (MQ=255) ttGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATaggctcaaggccattaaatcata < 1:1295694‑M1/91‑24 (MQ=255) ttGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcata < 1:2164267‑M2/91‑7 (MQ=255) gtttgataagatgtaccacgttatcgaaacagcaacacaacaataaaatgatATAAGTAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATa > 1:3160103‑M1/53‑91 (MQ=255) tGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATaggctcaaggccattaaatcataa < 1:1086954‑M1/91‑25 (MQ=255) gTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataac < 2:320905‑M2/91‑9 (MQ=255) gTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataac > 2:1056296‑M2/1‑83 (MQ=255) tgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgatAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACt > 1:2707162‑M1/50‑91 (MQ=255) aaGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATaggctcaaggccattaaatcataactt < 1:1749198‑M1/91‑28 (MQ=255) aaaaTATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataacttcct > 2:1527679‑M2/1‑78 (MQ=255) aaaTATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataacttcctt > 2:3451029‑M2/1‑77 (MQ=255) aaaTATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAAAAAAAAGGAAGTTATGATaggctcaaggccattaaatcataacttcctt < 2:3468235‑M1/91‑32 (MQ=255) aaTATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataacttccttt > 1:3840227‑M2/1‑76 (MQ=255) ataATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTAt < 2:1602131/91‑1 (MQ=255) ataATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTAt > 1:3714394/1‑91 (MQ=255) 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aGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGt < 1:455089/91‑1 (MQ=255) aGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGt < 2:1853915/91‑1 (MQ=255) aaaaGGAAGTTATGATaggctcaaggccattaaatcataacttccttttttctaatttgaaatatcattatgtagtaaatagtcattgtat > 1:3551638‑M1/1‑16 (MQ=255) aaaaGGAAGTTATGATaggctcaaggccattaaatcataacttccttttttctaatttgaaatatcattatgtagtaaatactcattatat > 1:357784‑M1/1‑16 (MQ=255) aaaaGGAAGTTATGATaggctcaaggccattaaatcataacgtccttttttctaatttgaaatatcattatgtagtaaatactcattatat < 2:3474139‑M1/91‑76 (MQ=255) AAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACAt < 2:3716826‑M1/91‑1 (MQ=255) | TTCTAGCTTCATCAGTTATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACAT > USA300TCH1516_ALE/2442716‑2442896 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |