New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2442806 = | 119 (0.580) | 17 (0.100) | 12/128 | NT | 14.2% | intergenic (+3/+55) | glvR/USA300HOU_RS12585 | HTH‑type transcriptional regulator GlvR/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 2442855 = | 111 (0.680) | intergenic (+52/+6) | glvR/USA300HOU_RS12585 | HTH‑type transcriptional regulator GlvR/hypothetical protein |
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
ATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAATTCGAAACCATGCACCATGGCATCATGATATTCT > USA300TCH1516_ALE/2442766‑2442945 | ataATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTAt < 2:1602131/91‑1 (MQ=255) ataATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTAt > 1:290526/1‑91 (MQ=255) taccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgaaAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATc > 1:999360‑M1/40‑91 (MQ=255) taATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATc < 2:1928595/91‑1 (MQ=255) aaTGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCa > 2:2600726/1‑91 (MQ=255) aTGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCAt < 2:2089269/91‑1 (MQ=255) aTGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCAt > 2:1171842/1‑91 (MQ=255) tGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCAtt > 2:933113/1‑91 (MQ=255) gcgaTTTACTACATAATGATATCACAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTACTGGCGTTGAGTATATCATAACTTCCTTTTATCAtttt < 2:3340626/88‑1 (MQ=255) aGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCAtttt < 1:3439877/91‑1 (MQ=255) aGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCAtttt < 1:740971/91‑1 (MQ=255) aGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCAtttt < 1:144321/91‑1 (MQ=255) ttatactacATAATGATATATCAAATGAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTCATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTAtt < 2:2312446/88‑1 (MQ=255) aTTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTAtt > 2:1021864/1‑91 (MQ=255) tttACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTAttg < 1:2702063/91‑1 (MQ=255) tttACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTAttg < 1:2715210/91‑1 (MQ=255) ttACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTAttgt < 2:1139108/91‑1 (MQ=255) ttACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTAttgt < 1:1565761/91‑1 (MQ=255) tactacATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTAttgtt > 2:660762/1‑91 (MQ=255) ctacATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATtgttgt > 2:2352282/1‑91 (MQ=255) ctacATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATtgttgt < 2:1310785/91‑1 (MQ=255) cATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATtgttgtgtt < 2:1944580/91‑1 (MQ=255) cATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATtgttgtgtt > 2:3307803/1‑91 (MQ=255) aTAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATtgttgtgttg < 2:2087620/91‑1 (MQ=255) tAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGa > 2:475263/1‑91 (MQ=255) tAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGa < 2:3581128/91‑1 (MQ=255) aTGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATg > 1:1297555/1‑91 (MQ=255) tGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGt > 1:2693171/1‑91 (MQ=255) atTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCg < 2:2028548/91‑1 (MQ=255) atTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCg < 1:2452141/91‑1 (MQ=255) atTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCg < 2:847399/91‑1 (MQ=255) cAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATaa < 2:2270946/91‑1 (MQ=255) cAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATaa < 1:3628097/91‑1 (MQ=255) aTTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGt < 1:3212677/91‑1 (MQ=255) ttAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTg < 2:1570164/91‑1 (MQ=255) tAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTgg < 2:3505331/91‑1 (MQ=255) tAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTgg > 1:495738/1‑91 (MQ=255) aGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGt < 1:455089/91‑1 (MQ=255) aGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGt < 2:1853915/91‑1 (MQ=255) aGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGt < 2:3878063/91‑1 (MQ=255) gAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTa < 1:2503405/91‑1 (MQ=255) aaaaaGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACa < 2:3834969/91‑1 (MQ=255) AAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACAt < 2:3716826‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATc < 2:557834‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCATATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATc < 2:436078‑M1/91‑1 (MQ=255) tAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATTACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCt > 2:3914801‑M1/2‑91 (MQ=255) AAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCt > 2:2245275‑M1/1‑91 (MQ=255) AAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCt < 2:2700209‑M1/91‑1 (MQ=255) AAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCCATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCt < 1:2952446‑M1/91‑1 (MQ=255) AGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCtt > 2:3625901‑M1/1‑91 (MQ=255) tatgataggctcaaggccattaaatcataacttccttttATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAAc > 2:3799445‑M2/40‑91 (MQ=255) tatgataggctcaaggccattaaatcataacttacttatATCATTTTATTGTTGTGTTGCTGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAAc > 1:3160103‑M2/40‑91 (MQ=255) TATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAAc > 2:2477889‑M1/1‑91 (MQ=255) atgataggctcaaggccattaaatcataacttccttttATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTAGTACATCTTATCAAACa > 1:3389468‑M2/39‑91 (MQ=255) tgataggctcaaggccattaaatcataacttccttttATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACAt > 2:2948201‑M2/38‑91 (MQ=255) gataggctcaaggccattaaatcataacttccttttATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATc > 1:3111330‑M2/37‑91 (MQ=255) GATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATc > 1:2337985‑M1/1‑91 (MQ=255) ataggctcaaggccattaaatcataacttccttttATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCa > 1:994668‑M2/36‑91 (MQ=255) ATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAATATCa > 1:1942683‑M1/1‑91 (MQ=255) ATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCa < 1:3714885‑M1/91‑1 (MQ=255) taggctcaaggccattaaatcataacttccttttATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCaa > 2:1121702‑M2/35‑91 (MQ=255) TTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCaa < 1:522600‑M1/91‑1 (MQ=255) 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tccttttATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAATTCGAAACCATGCACCATGGCATCATg > 1:2218743‑M2/8‑91 (MQ=255) ccttttATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAATTCGAAACCATGCACCATGGCATCATGa < 1:565891‑M2/85‑1 (MQ=255) tttATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAATTCGAAACCATGCACCATGGCATCATGatat < 1:1661805‑M2/88‑1 (MQ=255) tttATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAATTCGAAACCATGCACCATGGCATCATGatat > 1:1463679‑M2/4‑91 (MQ=255) ttATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAATTCGAAACCATGCACCATGGCATCATGATAtt < 2:2765805‑M2/89‑1 (MQ=255) ttATCATTTTATCGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAATTCGAAACCATGCACCATGGCATCATGAGAtt > 1:3058820‑M2/3‑91 (MQ=255) | ATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAATTCGAAACCATGCACCATGGCATCATGATATTCT > USA300TCH1516_ALE/2442766‑2442945 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |