| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2499443 = | 168 (0.820) | 9 (0.050) | 5/142 | NT | 5.6% | intergenic (‑20/‑163) | treP_2/USA300HOU_RS12875 | PTS system trehalose‑specific EIIBC component/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2499482 = | 153 (0.850) | intergenic (‑59/‑124) | treP_2/USA300HOU_RS12875 | PTS system trehalose‑specific EIIBC component/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
GCCATTGCATCTAAATTCTCTTCTCCGCCTATCGCGTTCAAAATTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCAAAAATATTTGCAACACTCTATTATCATTTTATATAAACACCTACACCATT > USA300TCH1516_ALE/2499353‑2499533 | gcatgtagtatagcaataaaaatgaatgcgctatcaaaaatggtgtaggtgtttatataaaatgataatagagtgttgcaaatatttttgg < 1:3859063‑M1/1‑1 (MQ=255)gCCATTGCATCTAAATTCTCTTCTCCGCCTATCGCGTTCAAAATTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAG > 1:2314257‑M1/1‑91 (MQ=255) ccATTGCATCTAAATTCTCTTCTCCGCCTATCGCGTTCAAAATTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGA > 1:2241665‑M1/1‑91 (MQ=255) ccATTGCATCTAAATTCTCTTCTCCGCCTATCGCGTTCAAAATTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGA > 1:2910106‑M1/1‑91 (MQ=255) ccATTGCATCTAAATTCTCTTCTCCGCCTATCGCGTTCAAAATTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGA > 2:1609438‑M1/1‑91 (MQ=255) atgtagtatagcagtaaaaatgaatgcgctatcaaaaatggtgtaggtgtttatataaaatgataatagagtgttgcaaatatttttgGaa > 1:2721013‑M1/89‑91 (MQ=255) tgtagtatagcaataaaaatgaatgcgctatcaaaaatggtgtaggtgtttatataaaatgataatagagtgttgcagatatttttgGAAc < 1:3955042‑M1/4‑1 (MQ=255) aTTGCATCTAAATTCTCTTCTCCGCCTATCGCGTTCAAAATTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAAC > 2:1630035‑M1/1‑91 (MQ=255) aTTGCATCTAAATTCTCTTCTCCGCCTATCGCGTTCAAAATTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAAC < 2:1306123‑M1/91‑1 (MQ=255) ttGCATCTAAATTCTCTTCTCCGCCTATCGCGTTCAAAATTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACC < 1:3898215‑M1/91‑1 (MQ=255) ttGCATCTAAATTCTCTTCTCCGCCTATCGCGTTCAAAATTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACC < 2:521751‑M1/91‑1 (MQ=255) gtagtatagcaataaaaatgaatgcgctatcaaaaatggtgtaggtgtttatataaaatgataatagagtgttgcaaatatttttgGAAcc > 2:3353158‑M1/87‑91 (MQ=255) tagtatagcaataaaaatgaatgcgctatcaaaaatggtgtaggtgtttatataaaatgataatagagtgttgcaaatatttttgGAACCg < 1:702025‑M1/6‑1 (MQ=255) agtatagcaataaaaatgaatgcgctatcaaaaatggtgtaggtgtttatataaaatgataatagagtgttgcaaatatttttgGAACCgg < 2:639632‑M1/7‑1 (MQ=255) agtatagcaataaaaatgaatgcgctatcaaaaatggtgtaggtgtttatataaaatgataatagagtgttgcaaatatttttgGAACCgg > 1:3307132‑M1/85‑91 (MQ=255) tatagcaataaaaatgaatgcgctatcaaaaatggtgtaggtgtttatataaaatgataatagagtgttgcaaatatttttgGAACCGGtt > 1:2642568‑M1/83‑91 (MQ=255) tCTAAATTCTCTTCTCCGCCTATCGCGTTCAAAATTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTc < 1:69346/91‑1 (MQ=255) tCTAAATTCTCTTCTCCGCCTATCGCGTTCAAAATTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTc > 1:1729181/1‑91 (MQ=255) tCTAAATTCTCTTCTCCGCCTATCGCGTTCAAAATTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTc > 1:2586501/1‑91 (MQ=255) tCTAAATTCTCTTCTCCGCCTATCGCGTTCAAAATTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTc < 1:1335277/91‑1 (MQ=255) tAAATTCTCTTCTCCGCCTATCGCGTTCAAAATTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCa < 1:2106036/91‑1 (MQ=255) tAAATTCTCTTCTCCGCCTATCGCGTTCAAAATTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCa > 1:316869/1‑91 (MQ=255) tAAATGCTCGTCTCCGCCTATCGCGTTCAAAAGTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATGCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCa < 2:3534812/91‑1 (MQ=255) aaTTCTCTTCTCCGCCTATCGCGTTCAAAATTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCAtt < 1:1123383/91‑1 (MQ=255) ttctcttctcCGCCTATCGCGTTCAAAATTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTa < 1:815163/91‑1 (MQ=255) tctcttctcCGCCTATCGCGTTCAAAATTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTAt < 2:3018087/91‑1 (MQ=255) tctcttctcCGCCTATCGCGTTCAAAATTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTAt < 1:1384122/91‑1 (MQ=255) ctcttctcCGCCTATCGCGTTCAAAATTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTAtt > 1:3532925/1‑91 (MQ=255) tcttctcCGCCTATCGCGTTCAAAATTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTc < 2:3109953/91‑1 (MQ=255) tctcCGCCTATCGCGTTCAAAATTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCAc > 2:2600620/1‑91 (MQ=255) ctcCGCCTATCGCGTTCAAAATTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGACCCGGTTCCATTTATTCCACt > 2:1495714/1‑91 (MQ=255) ctcCGCCTATCGCGTTCAAAATTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACt > 2:3747419/1‑91 (MQ=255) gcgctatcaaaaatggtgtaggtgtttatataaaatgataatagagtgttgcaaatatttttgGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTAtt > 2:537016‑M1/64‑91 (MQ=255) ccTATCGCGTTCAAAATTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTAtt < 1:863393/91‑1 (MQ=255) ccTATCGCGTTCAAAATTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTAtt > 2:243427/1‑91 (MQ=255) cgctatcaaaaatggtgtaggtgtttatataaaatgataatagagtgttgcaaatatttttgGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTg > 1:2190852‑M1/63‑91 (MQ=255) tATCGCGTTCAAAATTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTacaataaagtggaataaatgg < 1:1423651‑M1/91‑22 (MQ=255) tATCGCGTTCAAAATTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGt > 2:3834363/1‑91 (MQ=255) gctatcaaaaatggtgtaggtgtttatataaaatgataatagagtgttgcaaatatttttgGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGt > 2:763775‑M1/62‑91 (MQ=255) aTCGCGTTCAAAATTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTacaataaagtggaataaatgga < 2:2376392‑M1/91‑23 (MQ=255) tCGCGTTCAAAATTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTaa < 1:2392864‑M2/91‑3 (MQ=255) cgcgTTCAAAATTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTaac < 2:3196648‑M2/91‑4 (MQ=255) cgcgTTCAAAATTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTaac < 2:3262430‑M2/91‑4 (MQ=255) atcaaaaatggtgtaggtgtttatataaaatgctaagagagtgttgcaaatatttttgGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAAc > 2:2217482‑M1/59‑91 (MQ=255) tCAAAATTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTaaccggtt > 1:1621406‑M2/1‑83 (MQ=255) cAAAATTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTaaccggttc < 1:1892705‑M2/91‑10 (MQ=255) aaaaTTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTcc > 1:2887639/1‑91 (MQ=255) aaaTTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCa > 1:2660889/1‑91 (MQ=255) aaaTTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCa < 1:159673/91‑1 (MQ=255) aaTTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCaa < 1:2021488/91‑1 (MQ=255) aaTTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCaa < 2:3289705/91‑1 (MQ=255) aTTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCaaa > 1:100725/1‑91 (MQ=255) aTTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCaaa < 1:3419751/91‑1 (MQ=255) aTTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCaaa > 1:537176/1‑91 (MQ=255) aTTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCaaa < 1:3666480/91‑1 (MQ=255) ttcttcTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCaaaaa > 2:1088913/1‑91 (MQ=255) ttcttcTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCaaaaa < 2:1294356/91‑1 (MQ=255) tcttctGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCAAAAat > 2:2927579/1‑91 (MQ=255) cttctGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCAAAAata < 2:2124192/91‑1 (MQ=255) cttctGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCAAAAata > 2:1927622/1‑91 (MQ=255) ttctGCGGATTGCTTATTATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCaaaaggat < 2:3509858/91‑5 (MQ=255) ttctGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCAAAAatat > 2:2523464/1‑91 (MQ=255) tctGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCAAAAATAtt > 2:2163518/1‑91 (MQ=255) cGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCAAAAATATTTGCa < 2:3067627/91‑1 (MQ=255) aTTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCAAAAATATTTGCAaca > 2:422759/1‑91 (MQ=255) ttGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCAAAAATATTTGCAacac > 1:1199071/1‑91 (MQ=255) ttGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCAAAAATATTTGCAacac > 1:1410546/1‑91 (MQ=255) ttGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCAAAAATATTTGCAacac > 2:681244/1‑91 (MQ=255) cTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCAAAAATATTTGCAACActct > 2:143606/1‑91 (MQ=255) cTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCAAAAATATTTGCAACActct < 1:3790604/91‑1 (MQ=255) cTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCAAAAATATTTGCAACActct > 1:1501674/1‑91 (MQ=255) ttATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCAAAAATATTTGCAACACTCta > 2:2678952/1‑91 (MQ=255) tataATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCAAAAATATTTGCAACACTCtat > 2:2714025/1‑91 (MQ=255) tataATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCAAAAATATTTGCAACACTCtat > 1:46762/1‑91 (MQ=255) tataATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCAAAAATATTTGCAACACTCtat < 2:492903/91‑1 (MQ=255) ataATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACGGGTTCCAAAAATATTTGCAACACTCtatt > 1:3175232/1‑91 (MQ=255) ataATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCAAAAATATTTGCAACACTCtatt < 1:971728/91‑1 (MQ=255) taATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCAAAAATATTTGCAACACTCtatta < 1:100376/91‑1 (MQ=255) tCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCAAAAATATTTGCAACACTCTATTATCAt > 1:781889/1‑91 (MQ=255) cATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGNTTCCNTTTATTCCACTNTATTGTAACCGGTTNCAAAAATATTTGCNACACTCTATTATCAtt < 1:1935219/91‑1 (MQ=255) cATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCAAAAATATTTGCAACACTCTATTATCAtt > 1:1023911/1‑91 (MQ=255) cATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCAAAAATATTTGCAACACTCTATTATCAtt > 1:1154129/1‑91 (MQ=255) atatatTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCAAAAATATTTGCAACACTCTATTATCAttt > 2:2978192/1‑91 (MQ=255) tatatTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCAAAAATATTTGCAACACTCTATTATCAtttt < 2:377919/91‑1 (MQ=255) atTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCAAAAATATTTGCAACACTCTATTATCATTTtata < 2:1714148/91‑1 (MQ=255) atTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCAAAAATATTTGCAACACTCTATTATCATTTtata > 1:1220690/1‑91 (MQ=255) tttAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCAAAAATATTTGCAACACTCTATTATCATTTtatat > 1:586746/1‑91 (MQ=255) tttAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCAAAAATATTTGCAACACTCTATTATCATTTtatat < 1:3730074/91‑1 (MQ=255) tttAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAAACGGTACCAAAAATATTTGCAACACTCTATTATCATTTtatat < 2:1858969/91‑1 (MQ=255) tttAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACATTATTGTAACCGGTTCCAAAAATATTTGCAACACTCTATTATCATTTtatat < 2:1782043/91‑1 (MQ=255) ttAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTaaccggttctaattaggaggctaaatatatgaattataagcaatcc < 1:2357697‑M2/91‑47 (MQ=255) tAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCAAAAATATTTGCAACACTCTATTATCATTTTATATaa > 2:2206525/1‑91 (MQ=255) aGCCACCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCAAAAATATTTGCAACACTCTATTATCATTTTATATaaa < 2:3701153/91‑1 (MQ=255) ctcctAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCAAAAATATTTGCAACACTCTATTATCATTTTATATAAacac < 2:928570/91‑1 (MQ=255) tcctAATTAGAACCGGTTCCATTTGTTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCAAAAATATTTGCAACACTCTATTATCATTTTATATAAACAcc > 2:331686/1‑91 (MQ=255) ctAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACTGGTTCCAAAAATATTTGCAACACTCTATTATCATTTTATATAAACACCTa < 1:2546971/91‑1 (MQ=255) ttAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCAAAAATATTTGCAACACTCTATTATCATTTTATATAAACACCTACAcc < 1:2184849/91‑1 (MQ=255) tAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCAAAAATATTTGCAACACTCTATTATCATTTTATATAAACACCTACACCa > 1:1668690/1‑91 (MQ=255) tAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCAAAAATATTTGCAACACTCTATTATCATTTTATATAAACACCTACACCa < 1:1795705/91‑1 (MQ=255) aGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCAAAAATATTTGCAACACTCTATTATCATTTTATATAAACACCTACACCAt > 1:2821241/1‑91 (MQ=255) | GCCATTGCATCTAAATTCTCTTCTCCGCCTATCGCGTTCAAAATTTCTTCTGCGGATTGCTTATAATTCATATATTTAGCCTCCTAATTAGAACCGGTTCCATTTATTCCACTTTATTGTAACCGGTTCCAAAAATATTTGCAACACTCTATTATCATTTTATATAAACACCTACACCATT > USA300TCH1516_ALE/2499353‑2499533 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |