| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2573677 = | 229 (1.120) | 15 (0.090) | 9/138 | NT | 8.0% | intergenic (‑203/+91) | norB_5/opuCD | Quinolone resistance protein NorB/Carnitine transport permease protein OpuCD |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2573715 = | 146 (0.830) | intergenic (‑241/+53) | norB_5/opuCD | Quinolone resistance protein NorB/Carnitine transport permease protein OpuCD | |||||
Only 100 of 290 total aligned reads displayed.
TTTTTACAATAATTAACGCTTTTTATCCAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCTTGAGTAGCCTCATTTTTTATAAATCATGAAACGAAATCGCTAAATTATAAACATCTTCTACTA > USA300TCH1516_ALE/2573587‑2573767 | tttttACAATAATTAACGCTTTTTATCCAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATaaaaa > 1:2944395/1‑91 (MQ=255) tttACAATAATTAACGCTTTTTATCCAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAgg < 2:2064288/91‑1 (MQ=255) aatctaatcatcggccgcaaagtattaatatgtaatagtagaagatgtttataatttagcgatttcgtttcatgatttataaaaaatgAgg > 1:2908937‑M1/89‑91 (MQ=255) aatctaatcatcggccgcaaagtattaatatgtaatagtagaagatgtttataatttagcgatttcgtttcatgatttataaaaaatgAgg > 1:3015889‑M1/89‑91 (MQ=255) ttACAATAATTAACGCTTTTTATCCAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGc < 1:1225907/91‑1 (MQ=255) atctaatcatcggccgcaaagtattaatatgtaatagtagaagatgtttataatttagcgatttcgtttcatgatttataaaaaatgAGGc < 2:739215‑M1/4‑1 (MQ=255) atctaatcatcggccgcaaagtattaatatgtaatagtagaagatgtttataatttagcgatttcgtttcatgatttataaaaaatgAGGc > 2:2485426‑M1/88‑91 (MQ=255) tACAATAATTAACGCTTTTTATCCAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCt < 2:2470838/91‑1 (MQ=255) aCAATAATTAACGCTTTATATCCAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTa < 2:1877487/91‑1 (MQ=255) taatcatcggccgcaaagtattaatatgtaatagtagaagatgtttataatttagcgatttcgtttcatgatttataaaaaatgAGGCTAc < 1:1043644‑M1/7‑1 (MQ=255) cAATAATTAACGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTCATGATAATAATTGCTATTTTATTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAATGCTAc > 2:831308/1‑91 (MQ=255) cAATAATTAACGCTTTTTATCCAAAAACTTTCCTGATAATAAATGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAACCACAACCTATAAAAAGTCTAc > 2:922188/1‑91 (MQ=255) aatcatcggccgcaaagtattaatatgtaatagtagaagatgtttataatttagcgatttcgtttcatgatttataaaaaatgAGGCTACt > 2:2340047‑M1/84‑91 (MQ=255) aatcatcggccgcaaagtattaatatgtaatagtagaagatgtttataatttagcgatttcgtttcatgatttataaaaaatgAGGCTACt < 1:3251138‑M1/8‑1 (MQ=255) aataatTAACGCTTTTTATCCAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACt > 1:885509/1‑91 (MQ=255) atcatcggtcgcaaagtattaatatgtaatagtagaagatgtttataatttagcgatttcgtttcatgatttataaaaaatgAGGCTACTc > 2:3461995‑M1/83‑91 (MQ=255) ataatTAACGCTTTTTATCCAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTc > 1:2097626/1‑91 (MQ=255) taatTAACGCTTTTTATCCAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCa < 2:1550875/91‑1 (MQ=255) aatTAACGCTTTTTATCCAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCaa > 1:661725/1‑91 (MQ=255) aatTAACGCTTTTTATCCAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCaa < 1:3941022/91‑1 (MQ=255) aatTAACGCTTTTTATCCAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCaa < 1:3381692/91‑1 (MQ=255) aatTAACGCTTTTTATCCAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCaa < 2:1092008/91‑1 (MQ=255) 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ccAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACGCATCCTAGAAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTcc < 2:502545/91‑1 (MQ=255) ccAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACCCAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTGACCTcc > 2:1086244/1‑91 (MQ=255) ccAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTcc > 2:2085197/1‑91 (MQ=255) atatgtaatagtagaagatgtttataatttagcgatttcgtttcatgatttataaaaaatgAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCTTg > 1:966494‑M1/62‑91 (MQ=255) aaaCTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCTTGa > 2:1442932/1‑91 (MQ=255) atgtaatagtagaagatgtttataatttagcgatttcgtttcatgatttataaaaaatgAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCTTGAg > 1:559637‑M1/60‑91 (MQ=255) tgtaatagtagaagatgtttataatttagcgatttcgtttcatgatttataaaaaatgAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCTTGAGt > 1:3412407‑M1/59‑91 (MQ=255) cTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCTTGAGTa < 1:2819717/91‑1 (MQ=255) 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tataAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCTTGAGTAGCCTCATTTTTTATAAATCATGAAACGAAATCGCTAAATTATAAACAtct > 2:2643384/1‑91 (MQ=255) ataAAAAGACTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCTTGAGTAGCCTCATTTTTTATAAATCATGAAACGAAATCGCTAAATTATAAACAtctt > 2:2160791/1‑91 (MQ=255) taAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCTTGAGTAGCCTCATTTTTTATAAATCATGAAACGAAATCGCTAAATTATAAACAtcttc > 2:3329839/1‑91 (MQ=255) aaaaaGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCTTGAGTAGCCTCATTTTTTATAAATCATGAAACGAAATCGCTAAATTATAAACAtcttct < 1:3841918/91‑1 (MQ=255) aaaGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCTTGAGTAGCCTCATTTTTTATAAATCATGAAACGAAATCGCTAAATTATAAACATCTTctac > 1:1590317/1‑91 (MQ=255) AGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCTTGAGTAGCCTCATTTTTTATAAATCATGAAACGAAATCGCTAAATTATAAACATCTTctacta > 2:2899596‑M1/1‑91 (MQ=255) | TTTTTACAATAATTAACGCTTTTTATCCAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCTTGAGTAGCCTCATTTTTTATAAATCATGAAACGAAATCGCTAAATTATAAACATCTTCTACTA > USA300TCH1516_ALE/2573587‑2573767 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |