New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2577878 | 153 (0.750) | 26 (0.150) | 11/140 | NT | 15.5% | intergenic (‑599/+71) | opuCA/USA300HOU_RS13285 | Carnitine transport ATP‑binding protein OpuCA/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2577890 | 149 (0.840) | intergenic (‑611/+59) | opuCA/USA300HOU_RS13285 | Carnitine transport ATP‑binding protein OpuCA/hypothetical protein |
Only 100 of 314 total aligned reads displayed.
CCTTTTGCTAACATTTTCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCTTGTATGTTGTTGTATAACCGGTATGCTTTACTCATTAATTACTTATCATGCATCCCTT > USA300TCH1516_ALE/2577788‑2577968 | ccTTTTGCTAACATTTTCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAA > 1:1158154‑M1/1‑91 (MQ=255) ttttGCTAACATTTTCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACa < 2:3596084/91‑1 (MQ=255) ttGCTAACATTTTCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGc > 1:3445849/1‑91 (MQ=255) tGCTAACATTTTCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCa > 1:1124608/1‑91 (MQ=255) tGCTAACATTTTCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCa < 2:1323066/91‑1 (MQ=255) gCTAACATTTTCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCAt > 1:286325/1‑91 (MQ=255) gCTAACATTTTCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCAt < 2:2517064/91‑1 (MQ=255) aaCATTTTCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAg > 2:238199/1‑91 (MQ=255) aCATTTTCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAAtggctcatgc < 1:36618‑M1/91‑11 (MQ=255) cATTTTCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGcc < 2:2167330/91‑1 (MQ=255) aTTTTCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCa < 1:862661/91‑1 (MQ=255) ttttCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCAt > 2:913204‑M2/1‑90 (MQ=255) tttCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAAtggctcatggtgtt < 1:3128098‑M1/91‑15 (MQ=255) tttCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAAtggctcatgctgtt < 1:451614‑M1/91‑15 (MQ=255) tttCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAAtggctcatgctgtt < 2:20466‑M1/91‑15 (MQ=255) tttCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCAtt > 1:3209271‑M2/1‑89 (MQ=255) ttCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAAtggctcatgctgttg < 1:3115688‑M1/91‑16 (MQ=255) tCTACTCCCAGGCCTGTAACGGAATTCCAGCGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCGAAAAAAGCAACCAACAGCATGAGCCAttgg > 2:1496271‑M2/1‑87 (MQ=255) tCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTGAAAGTGTTGCCCGTGACAGACACACCTAAAGAAACAACCAACAGCATGAGCCAttgg > 2:396661‑M2/1‑87 (MQ=255) tCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCAttgg > 2:3124889‑M2/1‑87 (MQ=255) tCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCAttgg > 1:2158833‑M2/1‑87 (MQ=255) tCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCAttgg < 1:3251732‑M2/91‑5 (MQ=255) 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cTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCAttggttgt > 2:2371259‑M2/1‑83 (MQ=255) cTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCAttggttgt < 1:2564480‑M2/91‑9 (MQ=255) ccAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTc < 2:2647323/91‑1 (MQ=255) cAATCCTGTAACGGAAGTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCACCAGCATGAGCCAttggttgttgcg > 2:861822‑M2/1‑79 (MQ=255) cAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCg < 2:1993053/91‑1 (MQ=255) aGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCgtg < 1:1492735/91‑1 (MQ=255) aGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCgtg < 1:1491918/91‑1 (MQ=255) gCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCgtgt > 2:1834148/1‑91 (MQ=255) 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acacCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCTTGTATGTTGTTGTATAACCGGTATGCTTTACTCattaat < 1:2264039/91‑1 (MQ=255) cacCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCTTGTATGTTGTTGTATAACCGGTATGCTTTACTCattaatt < 2:3167145/91‑1 (MQ=255) aaaaaCAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCTTGTATGTTGTTGTATAACCGGTATGCTTTACTCATTAATTACTTATc < 1:966123/91‑1 (MQ=255) aaaCAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCTTGTATGTTGTTGTATAACCGGTATGCTTTACTCATTAATTACTTATCAt < 1:1873327/91‑1 (MQ=255) aacaacCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCTTGTATGTTGTTGTATAACCGGTATGCTTTACTCATTAATTACTTATCATg > 1:3885497/1‑91 (MQ=255) acaacCAAtggctcatgctgttggttgtttttttaggtgtgtctgtcatgggcaacactttgacgttggaattccgttacaggcttgggag > 1:3082733‑M1/1‑8 (MQ=255) acaacCAAtggctcatgctgttggttgtttttttaggtgtgtctgtcatgggcaacactttgacgttggaattccgttacaggcttgggag > 1:3042639‑M1/1‑8 (MQ=255) acaacCAAtggctcatgctgttggttgtttttttaggtgtgtctgtcatgggcaacactttgacgttggaattccgttacaggcttgggag > 1:104370‑M1/1‑8 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |