| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2577878 | 153 (0.750) | 26 (0.150) | 11/140 | NT | 15.5% | intergenic (‑599/+71) | opuCA/USA300HOU_RS13285 | Carnitine transport ATP‑binding protein OpuCA/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2577890 | 149 (0.840) | intergenic (‑611/+59) | opuCA/USA300HOU_RS13285 | Carnitine transport ATP‑binding protein OpuCA/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
ATTTTCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCTTGTATGTTGTTGTATAACCGGTATGCTTTACTCATTAATTACTTATCATGCATCCCTTTACCTTCTAGTA > USA300TCH1516_ALE/2577800‑2577980 | aTTTTCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCa < 1:1334778/91‑1 (MQ=255) ttttCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCAt > 2:913204‑M2/1‑90 (MQ=255) tttCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCAtt > 2:1051818‑M2/1‑89 (MQ=255) tttCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCAtt < 2:2036049‑M2/91‑3 (MQ=255) tCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTGAAAGTGTTGCCCGTGACAGACACACCTAAAGAAACAACCAACAGCATGAGCCAttgg > 2:396661‑M2/1‑87 (MQ=255) tCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCAttgg < 1:3251732‑M2/91‑5 (MQ=255) tCTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCAttgg > 2:3124889‑M2/1‑87 (MQ=255) tCTACTCCCAAGCCTCTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCAttgg > 2:1561049‑M2/1‑87 (MQ=255) cTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCAttggt < 1:1839799‑M2/91‑6 (MQ=255) cTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCAttggt < 2:2485233‑M2/91‑6 (MQ=255) cTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCAttggt < 1:2134747‑M2/91‑6 (MQ=255) cTACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACATAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCAttggt < 1:3357041‑M2/91‑6 (MQ=255) tACTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCAttggtt < 2:463145‑M2/91‑7 (MQ=255) aCTCCCAAGCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCAttggttg < 2:3620469‑M2/91‑8 (MQ=255) 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gCCTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCgtgt > 1:1672238/1‑91 (MQ=255) ccTGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGCTTGTTTAGTGTc > 2:3637851/1‑91 (MQ=255) tGTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCAt > 1:3628560/1‑91 (MQ=255) gTAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATc < 1:3390912/91‑1 (MQ=255) tAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACCCCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCt > 2:644375/1‑91 (MQ=255) tAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCt > 1:2853896/1‑91 (MQ=255) tAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCt < 1:3903297/91‑1 (MQ=255) tAACGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATCGGTTGTTTCGTGTCATCt > 2:1942531/1‑91 (MQ=255) aaCGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCtt > 2:1899154/1‑91 (MQ=255) aCGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCTTg < 2:747962/91‑1 (MQ=255) cGGAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCTTGt < 2:3840465/91‑1 (MQ=255) ggAATTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCAGGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCTTGTa < 2:2543217/91‑1 (MQ=255) aTTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCTTGTAtgt < 2:2367332/91‑1 (MQ=255) aTTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCTTGTAtgt > 2:2680373/1‑91 (MQ=255) aTTCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAAAACAACCAACAGCATGAGCCATTGGTTGTTTCGTGTCATCTTGTAtgt > 1:940134/1‑91 (MQ=255) tCCAACGTCAAAGTGTTGCCCATGACAGACACACCTAAAAGAACAACCAACAGCATGAGCCAttggttgtttttttaggtgtgtctgtcat > 2:977541‑M2/1‑62 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |