| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2661803 | 156 (0.770) | 12 (0.070) | 7/128 | NT | 8.2% | intergenic (‑196/‑125) | ybiV/yydI | Sugar phosphatase YbiV/putative peptide export ATP‑binding protein YydI |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2661815 | 146 (0.900) | intergenic (‑208/‑113) | ybiV/yydI | Sugar phosphatase YbiV/putative peptide export ATP‑binding protein YydI | |||||
Only 100 of 385 total aligned reads displayed.
GCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGT > USA300TCH1516_ALE/2661713‑2661893 | agggatttattacaccgatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtA‑TATCACACTATAttt > 2:968672‑M1/76‑91 (MQ=255) cATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCAt < 2:1177459/91‑1 (MQ=255) atatatGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCAtt < 1:2004335/91‑1 (MQ=255) atatatGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCAtt < 2:1643334/91‑1 (MQ=255) atatatGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCAtt > 2:2781879/1‑91 (MQ=255) tattacaccgatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtA‑TATCACACTATATTTATCAttt > 1:1822339‑M1/69‑91 (MQ=255) 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taGCATTCAGTGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAAt > 2:1865788/1‑91 (MQ=255) taGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAAt > 1:3709932/1‑91 (MQ=255) taGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAAt > 1:3770352/1‑91 (MQ=255) gCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAAttt < 1:12371/91‑1 (MQ=255) cATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTta > 2:365529/1‑91 (MQ=255) ttCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTtata > 1:1799603/1‑91 (MQ=255) tCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATaa < 1:3939510/91‑1 (MQ=255) cAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAAc < 1:2380270/91‑1 (MQ=255) gagGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACAt > 2:3893818/1‑91 (MQ=255) agGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATc > 1:2677697/1‑91 (MQ=255) gCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCta < 1:3592626/91‑1 (MQ=255) aaCATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATAc > 2:1339118/1‑91 (MQ=255) aCATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACa > 1:3042420/1‑91 (MQ=255) cATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACAt > 2:2184064/1‑91 (MQ=255) aTAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATa > 1:2815155/1‑91 (MQ=255) tAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATaa > 1:908943/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |