| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2661803 | 156 (0.770) | 12 (0.070) | 7/128 | NT | 8.2% | intergenic (‑196/‑125) | ybiV/yydI | Sugar phosphatase YbiV/putative peptide export ATP‑binding protein YydI |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2661815 | 146 (0.900) | intergenic (‑208/‑113) | ybiV/yydI | Sugar phosphatase YbiV/putative peptide export ATP‑binding protein YydI | |||||
Only 100 of 324 total aligned reads displayed.
GCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCC > USA300TCH1516_ALE/2661725‑2661905 | gCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACa > 1:1467191/1‑91 (MQ=255) cAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAa > 1:328541‑M2/1‑90 (MQ=255) accgatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACaa > 2:3083189‑M1/63‑91 (MQ=255) ccgatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACaaa > 2:855015‑M1/62‑91 (MQ=255) ccgatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACaaa > 1:1493492‑M1/62‑91 (MQ=255) aaaCACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaa < 2:3310863‑M2/91‑4 (MQ=255) gatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAat > 1:1002132‑M1/60‑91 (MQ=255) aaCACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaat < 1:1842158‑M2/91‑5 (MQ=255) acacATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaata < 2:3604258‑M2/91‑6 (MQ=255) acacATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaata > 2:2519004‑M2/1‑86 (MQ=255) acacATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaata < 2:2316347‑M2/91‑6 (MQ=255) cacaTTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaatat > 2:1833141‑M2/1‑85 (MQ=255) acaTTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaatata < 1:380675‑M2/91‑8 (MQ=255) acaTTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaatata < 2:1041361‑M2/91‑8 (MQ=255) acaTTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaatata < 1:1108062‑M2/91‑8 (MQ=255) ttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAgt > 1:2039231‑M1/55‑91 (MQ=255) aTTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATACATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATAATTACCATTTAGACAaaatatagt < 2:797005‑M2/91‑10 (MQ=255) ttACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATTATTTAGACAaaatatagtg < 2:3322030‑M2/91‑11 (MQ=255) ttACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaatatagtg < 1:1806152‑M2/91‑11 (MQ=255) ttACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaatatagtg > 2:1108348‑M2/1‑81 (MQ=255) ttACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATAAAGTAAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaatatagt > 2:469320‑M2/1‑82 (MQ=255) taattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAgtg > 1:3557958‑M1/54‑91 (MQ=255) acacTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaatatagggtg < 2:292468‑M2/91‑13 (MQ=255) cTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaatatagtgtgata > 2:1112427‑M2/1‑76 (MQ=255) tGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaatatagtgtgatat < 1:3083649‑M2/91‑17 (MQ=255) gATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATAc > 2:2872758/1‑91 (MQ=255) gATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATAc < 1:3611375/91‑1 (MQ=255) atatAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACt < 1:704059/91‑1 (MQ=255) taGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAAt > 1:3770352/1‑91 (MQ=255) aGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAAtt > 2:2624941/1‑91 (MQ=255) aGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAAtt > 1:2171464/1‑91 (MQ=255) gCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAAttt < 1:12371/91‑1 (MQ=255) cATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTta > 2:365529/1‑91 (MQ=255) cATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTta < 1:2349429/91‑1 (MQ=255) aTTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTtat < 1:469729/91‑1 (MQ=255) ttCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTtata > 1:1799603/1‑91 (MQ=255) tCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATaa < 2:1968110/91‑1 (MQ=255) cAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAAc < 1:2380270/91‑1 (MQ=255) agagGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACa > 2:2101923/1‑91 (MQ=255) gagGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACAt > 1:1362664/1‑91 (MQ=255) agGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATc > 1:2677697/1‑91 (MQ=255) agGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATACATCATTTAGACAAAATCTAGTGTGATATACTAATTTATAACATc > 2:1167944/1‑91 (MQ=255) aaCATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATAc > 2:1339118/1‑91 (MQ=255) cATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACAt > 2:2184064/1‑91 (MQ=255) cATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACAt > 2:947415/1‑91 (MQ=255) cATAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACAt < 1:3637234/91‑1 (MQ=255) aTAAATTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATa > 1:2815884/1‑91 (MQ=255) aaTTTCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAAtg > 1:154239/1‑91 (MQ=255) tCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGaa < 1:1915715/91‑1 (MQ=255) tCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGaa > 2:3731132/1‑91 (MQ=255) tCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGaa < 1:1653610/91‑1 (MQ=255) tCAGAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGaa < 1:1655627/91‑1 (MQ=255) gAATATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGa > 2:2424754/1‑91 (MQ=255) aaTATTGTAAAAA‑TATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGaa > 2:3046141/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |