| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2693379 | 154 (0.760) | 20 (0.120) | 13/136 | NT | 13.1% | intergenic (+50/+306) | mtrR/rocA | HTH‑type transcriptional regulator MtrR/1‑pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2693404 | 134 (0.780) | intergenic (+75/+281) | mtrR/rocA | HTH‑type transcriptional regulator MtrR/1‑pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase | |||||
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
ATAACATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATAAACT > USA300TCH1516_ALE/2693289‑2693469 | aaCATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAgtgt > 1:1573406/1‑91 (MQ=255) aCATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTa > 2:2614408/1‑91 (MQ=255) cATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTac < 1:206873/91‑1 (MQ=255) aTTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTaca > 1:626269/1‑91 (MQ=255) tttCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTagtacac < 1:162698‑M1/91‑8 (MQ=255) tttCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACg < 2:1148741/91‑1 (MQ=255) tttCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACg > 1:914184/1‑91 (MQ=255) ttCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGt > 1:3040828/1‑91 (MQ=255) tCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGtt > 1:1227574/1‑91 (MQ=255) tCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGtt > 2:296054/1‑91 (MQ=255) tCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGtt < 2:2017733/91‑1 (MQ=255) caaaGATAAATCATTATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGTTaa < 1:3462178/88‑1 (MQ=255) cATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGTTaa < 1:1096179/91‑1 (MQ=255) cATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGTTaa < 1:647268/91‑1 (MQ=255) tAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGTTAATg < 1:2683655/91‑1 (MQ=255) tAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGTTAATg > 1:2923107/1‑91 (MQ=255) tAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGTTAATg < 2:1103436/91‑1 (MQ=255) aTTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAAt > 2:396970/1‑91 (MQ=255) ttAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACTAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAAtt > 2:3476665/1‑91 (MQ=255) aaTCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTgtacacgaattcattaacg < 2:910154‑M1/91‑20 (MQ=255) aTCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCgt > 1:3907314/1‑91 (MQ=255) tCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCgtg > 2:2663425/1‑91 (MQ=255) 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tagtttatgtgttgtgtatcagttgttttaatagcgataagcacgataaaaataAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGtact > 1:2277997‑M1/55‑91 (MQ=255) ttAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTac > 1:3355073‑M2/1‑89 (MQ=255) gtttatgtgttgtgtatcagttgttttaatagcgataagcacgataaaaataAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGtactac > 1:3547012‑M1/53‑91 (MQ=255) gtttatgtgttgtgtatcagttgttttaatagcgataagcaagataaaaaaaAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGtactac > 2:1798813‑M1/53‑91 (MQ=255) aaGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTacta < 2:2811780‑M2/91‑5 (MQ=255) aaGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTacta > 2:18093‑M2/1‑87 (MQ=255) gATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTactatc > 1:1486044‑M2/1‑85 (MQ=255) aTTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTactatcg > 2:2287421‑M2/1‑84 (MQ=255) aTTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTactatcg < 1:949658‑M2/91‑8 (MQ=255) tAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAAACGATAGTagtacacgaattcattaacgtgtacactatcgt < 1:3014173‑M1/91‑34 (MQ=255) tgttgtgtatcagttgttttaatagcgataagcacgataaaaataAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGtt > 1:1840897‑M1/46‑91 (MQ=255) aTAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTactatcgttttt < 1:154125‑M2/91‑13 (MQ=255) tagtagATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGtttttt > 1:1449811/1‑91 (MQ=255) tagtagATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGtttttt > 1:3099665/1‑91 (MQ=255) tagATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTtttttatt > 2:3849152/1‑91 (MQ=255) agATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTtttttattt < 2:1336485/91‑1 (MQ=255) agaAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATc < 1:2113929/91‑1 (MQ=255) agaAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATc < 2:2259196/91‑1 (MQ=255) gaAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AATAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCg < 1:3233742/91‑1 (MQ=255) aaaCTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGCGTACCCGTTAATGAATTCGTGGACTCCCATCGTCTATTATTCTCATctt > 2:1657671/1‑89 (MQ=255) aCTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGc < 1:1434162/91‑1 (MQ=255) aTGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTAt > 1:2595514/1‑91 (MQ=255) aGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGc > 2:2434111/1‑91 (MQ=255) gCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCt > 2:482241/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |